简介:摘要目的应用甲基化芯片与生物信息技术,筛选大气污染细颗粒物(PM2.5)对人支气管上皮(HBE)细胞的差异甲基化位点及其包含的基因和通路,为进一步研究PM2.5对HBE细胞毒理学机制提供科学依据。方法于2020年8月,用10 μg/ml和50 μg/ml PM2.5水溶物染毒HBE细胞24 h,即PM2.5 10 μg/ml染毒组(低剂量组)和PM2.5 50 μg/ml染毒组(高剂量组);用未染毒的HBE细胞作为对照组,将DNA片段与芯片进行杂交,芯片扫描读取数据后分析数据,筛选差异甲基化位点,进行差异甲基化位点的GO分析和KEGG分析,功能表观遗传模块(FEMs)分析整体差异甲基化位点的相互作用关系。结果与对照组比较,低剂量组共筛选出127个差异甲基化位点,包含89个基因,其中甲基化水平升高的有55个位点,甲基化水平降低的有72个,甲基化差异位点主要集中在Body区域和UTR区域。与对照组比较,高剂量组共筛选出238个差异甲基化位点,包含168个的基因,其中甲基化水平升高的有127个位点,甲基化水平降低的有111个,其差异位点也主要集中在Body区域和UTR区域。通过FEMs分析,筛选出8个相互作用最多的基因,其中6个基因有明显甲基化水平变化。在低剂量组的甲基化差异位点中找到与细胞凋亡相关的MALT1基因;在高剂量组的甲基化差异位点中找到与癌变相关的PIK3CA、ARID1A基因;在FEMs分析结果中找到与肿瘤抑制相关的TNF基因。结论PM2.5染毒HBE细胞后,引起DNA甲基化水平明显变化,筛选出细胞凋亡和癌变相关基因,提示PM2.5致癌致突变作用可能与DNA甲基化有关。
简介:摘 要:骨骼肌是参与人体活动的重要组织,骨骼肌的生长发育是人类健康成长与生活的重要保障。组蛋白(histones)有多种修饰形式,其中, 组蛋白H3亚基第27位赖氨酸三甲基化 (histone H3 lysine27 tri-methylation, H3K27me3) 是抑制性组蛋白修饰, 在骨骼肌发育过程中扮演着重要角色。本文将对组蛋白H3K27me3对骨骼肌生长发育的调控进行讨论。
简介:摘要目的探讨BRAF激活的长链非编码RNA(BANCR)调控甲状腺乳头状癌(PTC)促甲状腺激素受体(TSHR)基因甲基化及其表达的作用及其机制。方法应用实时定量荧光聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测PTC细胞中BNACR表达;应用慢病毒载体构建ihBANCR、绿色荧光蛋白(GFP)和isBANCR的PTC细胞株并应用甲基化特异性聚合酶链式反应(MSP)法检测BANCR对TSHR甲基化水平的影响;通过细胞计数试剂盒(CCK-8)细胞增殖和细胞划痕实验探讨BANCR对PTC细胞增殖和迁移能力的影响;使用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库分析PTC数据集中TSHR甲基化相关酶,并通过蛋白质印迹法(Western blot)实验进行验证。组间比较采用t检验,χ2检验及方差分析。结果BANCR在PTC细胞系(TPC-1和IHH-4)中高表达(F=7.410,P<0.05);BANCR可显著上调THSR基因甲基化水平(t=8.072,P<0.05);ihBANCR组的PTC细胞较GFP组其增殖能力(232.7±107.7比165.8±68.6,F=11.100,P<0.05)和迁移能力(0.058±0.041比0.307±0.033,t=4.669,P<0.05)显著增强,进一步应用甲基化酶抑制剂后可削弱上述结果;ihBANCR组的PTC细胞株中TSHR的表达水平较GFP组显著降低(2.095±0.045比3.375±0.191,F=51.540,P<0.05),进一步应用甲基化酶抑制剂后可减弱BANCR对TSHR表达的抑制作用(0.646±0.149比1.564±0.493,F=51.540,P<0.05)。生物信息学分析显示PTC中TSHR表达减低与TSHR基因甲基化水平(r=-0.351,P<0.05)及甲基化酶EZH2(r=-0.313,P<0.05)和DNMT1(r=-0.224,P<0.05)表达呈负相关,进一步上调BANCR后可显著增加甲基化酶EZH2(0.689±0.099比1.326±0.221,t=2.634,P<0.05)和DNMT1(0.617±0.068比1.427±0.066,t=8.500,P<0.05)。结论BANCR在PTC细胞中表达上调,并可通过TSHR基因甲基化促进PTC的增殖和迁移。
简介:摘要目的研究阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)患者血液中mRNA N6-甲基腺苷甲基化水平以及甲基转移酶3(methyltransferase-like 3,METTL3)和去甲基化酶脂肪与肥胖相关基因(fat mass and obesity-associated gene,FTO)蛋白的变化情况。方法选取2020年1月至2021年6月在济宁医学院附属医院神经内科门诊及住院就诊的40例AD患者作为患者组,另选40例健康志愿者作为对照组。采集所有被试血样,提取血浆和外周血单个核细胞,采用酶联免疫吸附测定(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)、蛋白质印迹(Western blot,WB)、实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)以及m6A甲基化定量等实验对METTL3、FTO和m6A甲基化水平进行检测,所得数据采用SPSS 23.0统计软件进行t检验。结果两组被试血浆METTL3、FTO蛋白浓度比较,AD组均小于对照组[METTL3:(22.33±3.01)ng/mL,(25.63±1.70)ng/mL,t=6.055,P<0.01;FTO:(63.51±4.95)pg/mL,(69.60±4.60)pg/mL,t=5.704,P<0.01]。两组外周血单个核细胞METTL3、FTO蛋白条带灰度值比较,AD组均小于对照组[METTL3:(0.399 5±0.028 7),(0.676 6±0.053 3),t=7.935,P=0.001;FTO:(0.439 4±0.017 8),(0.782 6±0.087 6),t=6.652,P=0.003]。两组外周血单个核细胞RNA中METTL3、FTO表达水平比较,AD组均小于对照组[METTL3:(0.387 8±0.020 3),(1.010 0±0.177 0),t=6.041,P=0.004;FTO:(0.442 8±0.037 1),(1.003 0±0.090 4),t=9.931,P=0.001]。两组外周血单个核细胞RNA中m6A水平比较,AD组小于对照组[(0.000 571±0.000 167)%,(0.002 514±0.001 284)%,t=6.041,P=0.004]。结论AD患者血浆和外周血单个核细胞中METTL3、FTO和m6A甲基化水平均下降,表明mRNA N6-甲基腺苷甲基化与AD的存在一定的关联。
简介:摘要N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)甲基化作为真核生物中最常见的RNA修饰,通过甲基化转移酶、去甲基化酶、甲基化识别蛋白三种调控因子参与多种细胞进程和疾病进展。近年来的研究表明m6A甲基化修饰参与了精子发生的整个过程,其失调造成的生精障碍可能导致男性不育。本文就m6A调控因子在睾丸中的时空表达、m6A甲基化在精子发生中的作用机制以及m6A甲基化调控异常与男性不育等方面的研究进展作一综述,旨在为男性不育的基础研究和临床治疗提供参考。
简介:摘要目的分析广西汉族儿童IFNG基因DNA甲基化与乙型肝炎(乙肝)疫苗(HepB)免疫应答水平的关联性。方法采用非匹配病例对照方法,招募广西3家医院就诊的263名已完成HepB免疫程序的8~9月龄汉族儿童作为研究对象,将乙肝表面抗体浓度(抗-HBs)<100 mIU/ml设为病例组,≥100 mIU/ml设为对照组。采用多重PCR技术、重亚硫酸盐测序、使用Illumina平台对IFNG基因目标区域及其CpG位点进行DNA甲基化高通量测序。采用非条件logistic回归模型分析IFNG基因18个位点胞嘧啶-磷酸-鸟苷酸 DNA甲基化情况与HepB免疫应答水平的关联。结果病例组(104名)和对照组(159名)抗-HBs[M(Q1,Q3)]分别为62.34(30.06,98.88)mIU/ml和1 089.10(710.35,1 233.45)mIU/ml。病例组IFNG_1基因44和93位点甲基化水平差异高于对照组(P<0.05),非条件logistic回归模型显示,IFNG_1基因44位点(OR=1.18,95%CI:1.03~1.35)和93位点(OR=1.21,95%CI:1.07~1.38)DNA甲基化水平与HepB应答水平具有相关性。结论IFNG_1基因44和93位点DNA甲基化水平改变可能是影响广西汉族儿童HepB应答水平的相关因素。
简介:摘要目的探讨DNA甲基化与职业性噪声听力损失的关联。方法采用病例对照研究方法,从2006年建立的某钢铁厂噪声作业工人研究队列中,选择职业性噪声暴露听力损失病例为病例组,职业性噪声暴露听力正常人群为对照组。共纳入60例调查对象,其中病例组和对照组各30例。应用850K全基因组DNA甲基化芯片技术检测甲基化水平,采用R包champ进行差异甲基化位点(DMP)的显著性检验,采用R包champ的Bumphunter算法,进行差异甲基化区域(DMR)分析。采用clusterProfiler对基因列表进行GO和KEGG通路富集分析。结果两组研究对象在双耳高频平均听阈差异具有统计学意义(P<0.05),在年龄、吸烟情况、饮酒情况、高血压情况、体育锻炼和累积噪声暴露量方面差别均无统计学意义。DMP和DMR分析结果显示,病例组和对照组中检测了713875个位点,差异显著的甲基化位点439个,占比0.06%;检测了650个区域,差异显著的甲基化区域72个,占比11.08%。GO富集分析结果显示,与对照组相比,病例组在中枢神经系统投射神经元轴突发生、中枢神经系统神经元发育、中枢神经系统神经元轴索发生和中枢神经系统神经元分化4个通路差异具有统计学意义。KEGG富集分析结果显示,与对照组相比,病例组和对照组在鞘脂代谢、醛固酮的合成和分泌、初级胆汁酸生物合成通路差异具有统计学意义。结论职业性噪声听力损失的发生可能与中枢神经系统投射神经元轴突发生、中枢神经系统神经元发育、中枢神经系统神经元轴索发生、中枢神经系统神经元分化、鞘脂代谢、醛固酮的合成和分泌、初级胆汁酸生物合成等通路相关的基因表达调控或代谢有关的基因甲基化状态有关。
简介:摘要DNA甲基化是指通过DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine,SAM)作为甲基供体,再将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶的过程,目前已有研究表明DNA甲基化等表观遗传因素在糖尿病肾脏病(diabetic kidney disease,DKD)的发生发展中起着重要作用。DKD是糖尿病严重的微血管病变之一,其特征是肾小球和肾小管间质中细胞外基质蛋白的过度合成和沉积,最终导致肾小球硬化和间质纤维化。而肾脏纤维化是组织学水平上最终导致终末期肾衰竭的共同途径。DNA甲基化通过调控肾脏纤维化影响DKD的发展进程,本文旨在对DNA甲基化促进DKD中肾脏纤维化的研究进展进行综述。
简介:摘要目的基于m6A甲基化调节基因对肝癌进行聚类分型并构建模型评估预后风险。方法基于13个m6A甲基化调节基因在肝癌中的表达情况,使用一致性聚类分析对来自TCGA数据库的肝癌患者进行分型,并对所得亚型的功能和预后意义进行研究。进一步筛选标记基因构建风险预测模型,用于评估肝癌患者的预后。结果基于m6A甲基化调节基因进行分型所得到的2个亚组在肝癌患者预后方面差异具有统计学意义(P=0.048),并在预后较差的亚组中筛选得到了38个在肝癌中与m6A甲基化相关的预后标志物;利用单因素cox分析鉴定出2个与肝癌不良预后有关的m6A调节基因:YTHDF1和YTHDF2(风险比>1,P<0.05);通过Lasso回归构建了风险预测模型能够有效预测肝癌患者4年内的预后状态(4年和3年的曲线下面积分别为0.685、0.669),并使用来自亚洲肝癌患者的数据集对该模型进行了验证。结论此研究为基于m6A甲基化的肝癌诊断和治疗提供新思路,且风险预测模型可以用于评估肝癌患者的短期预后情况。
简介:【摘要】目的 浅析胃癌早期筛查使用血清抑制癌基因甲基化联合窄波光胃镜(NBI)胃镜的临床应用效果。方法 抽取2019年12月~2021年12月本院检测的高危胃癌患者200例进行回顾性分析,均开展常规胃镜检查、NBI胃镜检查以及血清CDKN2A、CDH1、DAPK1抑癌基因的甲基化水平联合NBI胃镜对早期胃癌的诊断敏感度、特异度及准确性。结果 200例患者经病理检查检出47例早期胃癌患者;与常规胃镜、NIB胃镜相比,血清抑制癌基因甲基化+NBI胃镜检验的敏感度、准确度均提升,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 NBI胃镜检查方式对早期胃癌筛查的准确性以及敏感度较高,可以有效减少误诊与漏诊情况, 而联合血清抑制癌基因甲基化检查则能够进一步提高检查敏感度,可以提升诊断准确率。
简介:摘要目的观察微小RNA(miR)-137-3p对赖氨酸特异性去甲基化酶4A基因(KDM4A)的调控在坐骨神经慢性压迫损伤(CCI)引起的神经病理性痛中的作用。方法将大鼠随机分为假手术组(Sham)、CCI模型组、2 mg/kg miR-137-3p模拟物(mimic)鞘内注射组、4 mg/kg miR-137-3p mimic鞘内注射组。术后的第14天,实时定量聚合酶链反应(Real-time PCR)法检测大鼠背根神经节(DRG)和脊髓(SC)中miR-137-3p及KDM4A的表达变化。于注射前及注射后的第1、3、7、14天,采用von Frey检测大鼠机械撤足阈值(PWT)和热撤足潜伏期(PWL)。蛋白质印迹法(Western blot)检测DRG和SC中KDM4A的表达变化;酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测脊髓L4~L5组织中脑源性神经营养因子(BDNF)的含量;双荧光素酶报告基因法检测miR-137-3p与KDM4A的靶向关系。应用GraphPad Prism 8.2.1软件,对数据进行配对t检验、ANOVA单因素方差分析及双因素方差分析等方法分析。结果(1)与Sham组比较,miR-137-3p在CCI大鼠DRG和SC中的表达水平(0.363±0.130、0.490±0.099)显著低于Sham组(1.013±0.164、0.950±0.120),且差异有统计学意义(t=8.772、8.425,P<0.05),但KDM4A在CCI大鼠DRG和SC中的表达水平(3.113±0.083、3.613±0.136)高于Sham组(1.025±0.158、0.975±0.198),差异有统计学意义(t=33.020、31.060,P<0.01)。(2)与Sham组大鼠机械撤足阈值(1 d,23.220±5.262;3 d,22.790±5.764;7 d,23.220±5.262)和热撤足潜伏期(1 d,11.617±0.518;3 d,11.345±0.867;7 d,11.645±0.588)比较,CCI组机械撤足阈值(1 d,10.269±2.422;3 d,6.484±2.314;7 d,4.434±2.273)热撤足潜伏期(1 d,8.061±0.123;3 d,6.661±0.298;7 d,5.067±0.335)显著下降(F=7.841,P<0.05;F=162.900,P<0.01);而与CCI组比较,鞘内注射miR-137-3p mimic可显著促进大鼠机械撤足阈值(1 d,15.302±8.044;3 d,13.891±5.894;7 d,11.006±2.284)和热撤足潜伏期(1 d,10.995±0.139;3 d,9.972±0.336;7 d,8.522±0.322)的上升(F=12.420,P<0.01;F=80.300,P<0.01),抑制KDM4A的表达(DRG中,1.554±0.071比2.698±0.160,t=15.672,P<0.05;SC中,1.684±0.059比3.006±0.088,t=5.223,P<0.05)。(3)与Sham组(153.600±15.600;150.900±6.302)比较,CCI组大鼠DRG和SC中BDNF表达水平(354.400±13.020;350.700±26.850)显著上升(t=4.673,P<0.05;t=1.981,P<0.05);而与CCI组比较,鞘内注射miR-137-3p mimic可显著抑制BDNF的产生(188.000±5.685,t=5.767,P<0.05;182.200±4.983,t=20.034,P<0.05)。(4)与miR-scramble组相比,miR-137-3p mimic转染可显著降低KDM4A野生型载体的荧光素酶报告基因的荧光强度(1.002±0.080比0.486±0.063,t=11.290,P<0.05)。结论miR-137-3p通过调控大鼠背根神经节和脊髓背角中KDM4A的表达参与神经病理性痛。
简介:摘要糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)是糖尿病的主要并发症之一,也是终末期肾功能衰竭的主要原因。代谢记忆,即之前存在的高血糖增加了发生DN的风险,造成了长期的代谢紊乱。已有研究显示,表观遗传学与代谢记忆存在一定的相关性。表观遗传学是指在不改变核苷酸序列的前提下,引起基因表达模式的可遗传性变化,包括DNA甲基化、组蛋白的共价修饰和非编码RNAs。最近发现一些基因,AFF3、RGMA-MCTP2、SP3-CDCA7及其变异体与糖尿病肾病的相关性,已经达到全基因组性显著,更加说明表观遗传对糖尿病肾病发生发展的影响。本综述主要讨论糖尿病肾病患者的体液(包括唾液、尿液及外周血液)以及肾组织中DNA甲基化改变的发现和进展,进一步了解表观遗传在人类DN中的机制作用,并为DN表观遗传学的新兴课题提供新观点。