简介：摘要目的运用生物信息学方法探讨甲型流感病毒所致肺损伤的可能机制。方法从Gene Expression Ominbus（GEO）数据库中选择基因表达谱GSE57455、GSE63786和GSE64800，通过GEO2R工具在线分析，筛选出差异表达基因（DEGs），基于STRING构建蛋白互作网络图，筛选出显著模块；并对获取的DEGs进行Gene Ontology（GO）分析和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）通路富集分析。通过Cystoscape软件筛选出具有高度连接性的关键基因，并构建生物学功能图。结果筛选得到119个交集DEGs，其中上调基因有106个，下调基因13个。GO分析显示，DEGs显著富集于免疫应答、细胞分裂等生物学过程中；显著富集于细胞外间隙、胞外区部分等细胞组成上；显著富集于趋化因子活性、细胞因子受体结合等分子功能上。KEGG通路富集显示，DEGs显著富集于细胞因子及受体相互作用信号通路、趋化因子等信号通路。同时，共筛选得到7个关键基因：FIGNL1、GBP5、ICOS、ARG1、IRF7、CYSLTR1和SLMAF8，其富集作用主要在免疫应答、精氨酸代谢、B细胞反应等生物学功能。结论FIGNL1介导的肺组织细胞受损、IRF7和GBP5介导的Ⅰ型IFN反应、ARG1介导的精氨酸代谢以及ICOS、CYSLTR1和SLAMF8介导的趋化因子和炎性因子的活化与甲型流感病毒所导致的肺损伤密切相关。

简介：猪流感病毒主要引起一种急性高度接触传染性的群发性呼吸道疾病。本文主要论述了猪流感病毒分子生物学特性、基因组结构及其功能等方面的研究。

简介：摘要目的探讨儿童甲型流感病毒感染的临床特征，为早期识别重症患儿提供参考依据。方法选取2017年10月至2019年5月因流感样症状在我院就诊的病例，并经Xpert-Xpress流感/呼吸道合胞病毒检测平台诊断为甲型流感病毒感染的114例患儿，分为轻症甲型流感组(47例)和重症甲型流感组(均合并肺炎，67例)，比较两组患儿各项临床特征。结果114例患儿中，男女比例为1.28∶1，年龄1个月12 d～12岁，中位年龄3.00(4.27)岁。最常见的临床表现为发热、咳嗽、喘息，分别占79.82%、68.42%、43.00%。混合感染率为24.56%，腺病毒、呼吸道合胞病毒、肺炎支原体混合感染率占前3位，分别为5.26%、4.39%、3.51%；混合细菌感染率为12.28%。重症甲型流感组患儿中位年龄1.00(3.58)岁，轻症甲型流感组为4.00(5.00)岁，两者差异有统计学意义(Z＝-3.81，P<0.001)；重症甲型流感组混合感染率为38.80%(26/67)，轻症甲型流感组为4.26%(2/47)，两者差异有统计学意义(χ2＝17.8，P<0.001)；重症甲型流感组患儿外周血中性粒细胞/淋巴细胞比例中位数为2.64(3.37)，轻症甲型流感组为1.17(2.02)，两者差异有统计学意义(χ2＝-2.46，P＝0.01)。结论小年龄儿童、发生混合感染、高外周血中性粒细胞/淋巴细胞比值患儿易进展为重症病例，Xpert-Xpress流感/呼吸道合胞病毒检测系统是一种简单、快速、准确的流感检测手段，为诊断及治疗提供了良好依据。

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简介：【摘要】流行性病毒通常在特定的季节或区域呈现广泛传播趋势，这对于公共社会卫生安全带来巨大挑战，因此针对这种情况，积极做好病毒的检测和早期诊断是防控流感大范围传播的关键。目前，针对流感病毒的诊断技术主要包括病毒培养、免疫学检测免疫吸附荧光技术等方法，随着医疗水平的不断进步，一些新的检测技术也在不断更新，基于核酸、生物传感器等新兴诊断方法也在快速发展，而且这些新兴的检测技术相对于传统的方法也展现了一定优势。本文将重点介绍在甲、乙型流感病毒诊断中新兴的检测技术方面的研究进展，并阐述其各自的优势和不足。

简介：摘要目的通过对地区慢性乙型肝炎患者HBV病毒基因分型、耐药突变基因的检测，明确其基因型，确认患者是否耐药，从而指导临床抗病毒治疗。方法采用荧光定量PCR和基因芯片反向斑点杂交技术检测102例慢性乙型肝炎患者血清HBV基因型和耐药突变基因型。结果102例慢性乙型肝炎患者中（1）血清HBVDNA定量为（4.5±2.3）×103～（5.8±1.5）×108copies/ml（2）HBV基因型C型77例占77.5％，B型24例占23.5％，D型1例约占1％（3）其中79例未采取过核苷（酸）类药物抗病毒治疗的患者未出现耐药，23例使用过核苷（酸）类药物抗病毒治疗一个疗程以上的，耐药突变点变异为M204V/I型的13例，L180M型的为5例，L180M+M204VI的为5例，未检出其他突变基因型。23例耐药基因型中HBV-C基因型占20例，3例为HBV-B基因型。结论本地区HBV基因型以C型为主，核苷（酸）类药物抗病毒治疗过程中HBV-C基因型容易发生基因突变而耐药，且以M204V/I突变型为主。检测HBV基因型和耐药突变型是指导临床抗病毒治疗的重要指标。

简介：摘要流感病毒持续而广泛地影响全球人类健康，其广泛的动物宿主特性、高度变异的特点导致抗原不断漂移，易感人群更迭，引起全球流感流行反复发生，也影响着季节性流感疫苗的保护效果。本研究以多种亚型的甲型流感病毒为例，从抗原性漂移对抗原性的影响、季节性流感疫苗株与流行株的匹配度、广谱流感疫苗研发的思路等方面，对相关的研究进展作一综述，以加深对流感病毒抗原性进化的理解，为流感疫苗未来研发思路提供参考。

简介：联合国与世界银行11月29日所发表的一份报告指出，尽管全球大规模控制高致病性的禽流感的努力使得去年许多国家抵抗禽流感的能力有所改善，但禽流感病毒发生变异进而引发人类大流感的危险依然存在。

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简介：摘要新型冠状病毒肺炎疫情正成为全球关注的焦点。作为一种新发现的病毒，新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的来源、是否变异、感染途径等问题尚待研究。此文通过对GISAID平台发布中的SARS-CoV-2核苷酸序列进行分析，并就目前关于SARS-CoV-2的病毒起源、核酸序列、遗传关系、传播途径和感染机制等分子生物学方面的研究结合笔者对基因组序列分析进行了综述。

简介：摘要在HBV感染的过程发生的基因变异，主要分布在L链的开放读码区，变异株的产生影响着HBV抗原的表达、逃避疫苗免疫、引起耐药、改变病理过程等，故应引起临床诊断、治疗、预防、预后等方面的足够重视。

简介：摘要冠状病毒基因组资源库(Coronavirus Tracing，CoVTrac)是通过2019新型冠状病毒信息库(2019 novel coronavirus resource, 2019nCoVR)、全球流行性感冒病毒数据库(Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID)和美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)等多个数据平台及自测方式收集冠状病毒基因组序列(包括2019新型冠状病毒)，利用Java、Spring、Angular和MySQL等技术搭建的在线数据平台。CoVTrac数据库整合了包含α、β、γ、δ 4个冠状病毒属共456条基因组序列，实现了数据提交、数据展示、进化溯源分析、基因功能注释和辅助分子实验设计等功能。CoVTrac数据平台可为包括新型冠状病毒在内的冠状病毒基因组的科学研究、流行病学调查和快速检测、药物研发等行业应用提供支持。

简介：随着核苷（酸）类似物广泛、长期应用，HBV在抗病毒药物选择压力下导致耐药基因突变的问题亦日益凸显。本文重点介绍了核苷（酸）类似物在抗HBV治疗过程中病毒耐药的产生机制、耐药率及耐药检测的方法。

简介：摘要目的通过对74例丙型肝炎病毒（HCV）基因分型实验室检测结果并结合临床资料进行分析，探讨HCV基因分型的临床应用价值。方法收集我院住院患者抗-HCV和丙型肝炎病毒RNA核酸定量均为阳性的标本，采用丙型肝炎基因分型特异性引物及荧光探针，应用一步法聚合酶链式反应（RT-PCR）结合Taqman技术对HCV进行Ⅰ型和非Ⅰ型的荧光PCR分型检测。结果检测74例标本共检出两种基因型，分别为Ⅰ型基因30例，非Ⅰ型基因44例；74例感染者有输血者40例。结论74例感染者各基因型男女感染的比例差异无统计学意义，通过输血感染丙型肝炎病毒无性别差异。综合分析，HCV基因分型对丙型肝炎的预防、诊断、治疗、个体化用药以及愈后评估都具有重要意义。

简介：摘要目的分析2013—2020年人感染H7N9禽流感密码子使用偏好及其影响因素。方法通过NCBI数据库获得病毒全基因组序列，使用CodonW、EMBOSS、R、Origin 9.0、SPSS 20.0等软件分析病毒的碱基构成、密码子偏好性参数等。结果H7N9病毒全基因组AU含量高于GC，且AU多出现在密码子末位。2013—2020年AU含量逐渐升高，而GC含量逐渐降低。病毒有效密码子数在48.71~56.17之间，提示病毒密码子使用偏性总体较弱。有效密码子数绘图和密码子适应指数分析显示病毒密码子使用偏好受自然选择和突变压力双重影响，自然选择因素更为明显。结论人感染H7N9禽流感病毒密码子使用偏好仍处在不断适应人类宿主的演化过程中，第五波疫情及后续毒株与既往毒株相比存在更加适应宿主的变化。

简介：摘要目的分析淮南市2016年2—4月外环境标本中H9N2亚型禽流感病毒基因组特征。方法选取H9N2亚型荧光PCR检测核酸阳性标本(Ct值≤30)，经鸡胚分离培养提取RNA，扩增8个基因节段进行全基因序列测定，分析淮南株各基因节段分子特征，构建进化树进化分析。结果淮南市外环境2株H9N2禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)基因和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因与A/Anhui-Lujiang/39/2018/H9N2人源株核苷酸同源性分别为98.2%～98.3%/97.2%～94.9%，氨基酸序列同源性为98.9%～98.8%/99.2%～98.6%，其余6个内源基因与A/Anhui/1/2013/H7N9、A/Anhui/33163/2016/H5N6高度同源；基因进化分析显示，2016年淮南市2株H9N2亚型禽流感毒株为G57基因型，淮南市2株H7N9分离株、安徽人感染A/Anhui/1/2013/H7N9和A/Anhui/33163/2016/H5N6内源基因均为G57-like基因型；HA蛋白受体结合域氨基酸S132D、K138T、T189D、V/A190T、Q226L变异，NA茎区缺失了"TEI"序列，H274Y、R292K、N294S耐药位点未发生变异，PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V，NS1基因P42S，M1基因N30D、T215A，M2基因耐药S31N位点均发生突变。结论淮南市活禽市场H9N2病毒与人感染H9N2安徽株A/Anhui-Lujiang/39/2018/H9N2高度同源，处于同一进化分支，均为G57基因型，可提供内源基因与人感染H7N9、H5N6亚型禽流感病毒重组；HA受体结合域氨基酸位点、NA茎区缺失序列、聚合酶活性增加，均加强病毒感染人类的能力，M2离子通道抑制剂(金刚烷烃类)耐药，NA抑制剂(磷酸奥司他韦)仍为敏感药物。

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