简介：摘要目的分析甲状腺乳头状癌组织标本的分子特征，探究其基因突变谱与其临床特征的相关性。方法收集2020年7月至2021年5月于苏州大学附属第二医院手术且病理确认为甲状腺乳头状癌的71例患者(共79份)新鲜肿瘤组织标本，并统计其临床及病理学资料。应用二代测序技术对肿瘤组织标本进行检测，研究其病理性突变基因特征，并使用Fisher精确概率检验方法分析其与临床病理特征之间的相关性。结果95%的新鲜肿瘤组织标本被检测到不同的病理性突变或融合，15%的新鲜肿瘤组织标本存在至少2种不同的病理性基因共突变或融合；甲状腺乳头状癌患者中，有病理性突变或融合组的中央组淋巴结转移率明显高于无病理性突变或融合组(62.7%比0，P<0.05)。结论具有病理性基因突变或融合的患者更容易出现中央组淋巴结转移，据此我们认为术前对肿瘤组织进行二代测序分析其分子特征有利于准确判断中央组淋巴结转移情况、方便制定精准的手术方案。

简介：摘要感染性疾病是临床常见疾病，发病率和病死率高，快速明确致病病原微生物，以指导合理的治疗方案仍是临床急需解决的重要课题。随着宏基因组二代测序(mNGS)技术在感染性疾病病原微生物检测方面的广泛应用，血浆游离DNA(cfDNA)mNGS作为一种无创性检测手段在病原微生物检测方面显示出巨大的潜力，成为诊断感染性疾病和指导治疗的新兴手段，但目前仍在研究的早期阶段。本文介绍了血浆cfDNA的生物学特点、血浆cfDNA mNGS在感染性疾病诊断中的研究进展及其在感染性疾病诊断中的应用和挑战。

简介：摘要目的探讨急性淋巴细胞白血病（ALL）的基因突变表达谱及基因突变对患者预后的影响。方法收集2016年6月至2017年6月于苏州大学附属第一医院就诊的128例初治ALL患者DNA标本，采用靶向特异的二代测序技术，针对恶性血液疾病相关的51种基因突变进行分析，描述其发生频谱。由于基因突变频谱因疾病亚型而异，基因突变涉及8类通路，包括DNA甲基化、染色体修饰、转录调节、肿瘤抑制、信号转导、RNA剪接、黏着复合物及其他通路。通过Kaplan-Meier法、Cox回归模型分析临床因素及突变基因对患者总生存（OS）和无复发生存（RFS）的影响。结果二代测序结果显示，128例患者中86例（67.2%）发生至少1种基因突变，27例（21.1%）患者发生≥3种基因突变；突变率较高的基因为JAK（10.9%，14/128）、NOTCH1（10.1%，13/128）、KRAS（8.6%，11/128）、SETD2（7.0%，9/128）、CSMD1（7.0%，9/128）、ETV6（7.0%，9/128）、RUNX1（7.0%，9/128），其中急性B淋巴细胞白血病（B-ALL）患者中突变率较高的基因为KRAS（9.4%，10/106）、CSMD1（7.5%，8/106）、JAK（7.5%，8/106）、PTPN11（6.6%，7/106）、SETD2（5.7%，6/106）、TET2（5.7%，6/106）、TP53（5.7%，6/106）、PAX5（5.7%，6/106），急性T淋巴细胞白血病（T-ALL）患者中突变率较高的基因为NOTCH1（54.5%，12/22）、PHF6（27.3%，6/22）、JAK（27.3%，6/22）、RUNX1（22.7%，5/22）、ETV6（18.2%，4/22）。128例ALL患者基因突变总发生频次181次，其中信号转导、转录调节、肿瘤抑制和染色体修饰相关的调节基因突变发生较多，在T-ALL和B-ALL中均如此。在临床特征上，男性患者更易发生多种基因共突变（P=0.002），参与肿瘤抑制通路的基因突变在男性患者中更好发（P=0.054）；年龄大的患者参与转录调节和DNA甲基化调节通路的基因更易发生突变（P=0.067，P=0.009）；T-ALL较B-ALL更易发生基因突变（P=0.002），也更容易出现基因共突变（P<0.01），且以参与信号转导、转录调节、肿瘤抑制和染色体修饰的基因发生突变为主（均P<0.05）。Cox回归单因素分析发现，发病年龄小和异基因造血干细胞移植能延长ALL患者OS时间（P=0.005，P=0.003），而对RFS无影响（均P>0.05），8类调控通路对患者的OS及RFS均无影响（均P>0.05），JAK基因突变ALL患者OS短（P=0.024）。结论基因突变在ALL患者中普遍存在，发生频谱因疾病亚型而异，涉及多种信号通路，其中以参与信号转导、转录调节、肿瘤抑制和染色体修饰相关的调节基因发生突变较多。ALL患者突变基因之间的共存现象频繁，提示ALL患者的遗传复杂性和不稳定性。JAK家族基因突变常提示ALL患者预后较差，但其他各类基因突变对预后的影响有待进一步研究。

简介：摘要基于宏基因组学测序（mNGS）的病原学诊断技术是一种非靶向的广谱病原学筛查技术，近几年越来越多的研究表明其在重症感染领域，特别是疑难、罕见病导致的重症感染中发挥了关键性作用。由于mNGS高昂的成本及较高的实验条件要求，目前尚未纳入常规临床检验中。可以预见，随着测序成本的下降及我国医疗水平的不断提高，基于mNGS的病原学诊断技术在临床大规模开展的条件已经逐步成熟。本文从检测、规则和应用等方面阐述了基于mNGS技术在临床中重症感染患者病原学诊断中应用的专家共识，并对其未来在临床应用改进方面提出了展望。

简介：目的通过全基因组测序研究利奈唑胺（LZD）敏感株和诱导耐药耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）之间基因变异位点差异,了解LZD耐药基因变异位点。方法采用不同浓度梯度的LZD对遗传背景清晰的MRSA-MS4母株进行诱导,获得LZD耐药菌株MRSA-MS4-LZD100,测定最低抑菌浓度（MIC）,采用普通聚合酶链反应（PCR）扩增MRSA-MS4-LZD10023SrRNAV区及核糖体蛋白L3/L4基因,测序后与野生株比较,获得相应的突变位点;采用IlluminaHiSeq2000测序技术对样品DNA进行paired-end（PE）测序,构建IlluminaPE文库,利用生物信息学完成该菌株的全基因组测序。结果经过32代诱导,获得MRSA-MS4-LZD100菌株,其LZDMIC为96μg/mL。PCR测序分析提示其V区多拷贝基因均存在G2447T突变,L3蛋白存在Gly113Val突变;全基因组包含2744315bp碱基对,注释后共有2509个基因,11个tRNA编码基因,以及2个完整的rRNA基因编码操纵子,获得PubMed全基因序列号（JXMJ00000000）;共找出101个SNP和6个Smallindel突变,发生于外显子的SNP占16个,SNP后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括IstBATP结合区域包含蛋白、凝集因子A及转座子IS1272等,而发生于外显子的Smallindel占3个,Smallindel突变后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括假设蛋白、30S核糖体蛋白S1、凝集因子A。结论经LZD诱导获得LZD耐药MRSA-MS4-LZD100菌株,测序分析提示该菌株存在除23SrRNAV区及L3蛋白基因以外的突变位点,为进一步研究隐性LZD耐药机制指明了方向。

简介：由于分子生物学近年来的迅速发展，很多临床实验室开展了分子诊断实验项目。虽然目前由于操作复杂和高昂成本的原因，DNA测序技术尚没有大规模走进临床实验室，但是在众多分子诊断方法中，DNA序列测定和分析无疑是最权威的金标准。DNA测序技术在这几十年来从手工到自动化，从复杂到简单，但是近几年的高通量测序技术使之重新复杂起来，本文将介绍一下DNA测序技术与仪器的历史沿革与最新进展。

简介：

简介：摘要目的对1株致下肢气性坏疽肺炎克雷伯菌（KPN）进行全基因组测序及毒力特性分析，为认识致社区获得性重症感染KPN分子毒力特征提供参考。方法患者于2018年3月13日进入急诊科治疗，主要临床症状为高热、左下肢气性坏疽及糖尿病酮症酸中毒。取患者脓液标本进行分离培养、菌株鉴定、高黏表型及药敏检测。对菌株进行全基因组测序并分析其多位点序列分型、荚膜分型、质粒分型、毒力及耐药基因。通过接合及消除试验分析质粒特征。血清杀菌试验及大蜡螟感染模型分析菌株毒力表型，双样本t检验比较待测菌株和对照菌株对大蜡螟幼虫半数致死率（LD50）差异。结果检出菌株KPN41053，仅对氨苄西林耐药，高黏表型阴性。KPN41053染色体总长5 377 071 bp，属于ST660型，荚膜型为K16；携带一个IncFIB（K）/HI1B型毒力质粒（207 506 bp），质粒包含多种毒力因子且序列与pLVPK高度相似，但其中rmpA和rmpA2均为假基因。该质粒接合试验阴性。通过质粒消除获得变异株KPN41053_PC。毒力表型分析显示，KPN41053为血清抗性（6级），而KPN41053_PC为血清中度敏感（3级），KPN41053对大蜡螟幼虫的lgLD50与高毒力对照株（ST23-K1型）差异无统计学意义（t=0.32，P=0.765），低于KPN41053_PC（t=5.97，P=0.004）。结论KPN41053为1株属于ST660型且高黏表型阴性的非典型高毒力KPN，毒力质粒为其关键毒力因子。KPN可导致糖尿病患者发生社区获得性气性坏疽。

简介：摘要目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71, EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16, CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测，并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析，为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》，对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理，提取病毒RNA后，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序，编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别，再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序，通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列，Mega5.2软件构建基因进化树，分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本，两地皆以A组肠道病毒为主，B组肠道病毒有少量报告，CVA16居病原谱第一位。其中CVA2 5份，检出率为0.67%(5/749)，为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明，昆明市3株为基因型A，曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%，CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明，两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测，对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。

简介：摘要目的探讨宏基因组测序（mNGS）在艾滋病合并耶氏肺孢子菌感染患者中的诊断价值。方法回顾性研究。收集2019年1月至2021年6月长沙市第一医院艾滋病科诊断为艾滋病合并感染共236例患者的呼吸道和其他体液标本及其病例背景资料，同时进行传统病原学六胺银染色、血清G试验和mNGS检测。采用Fisher精确检验统计分析其结果，比较mNGS与六胺银染色和血清G试验的诊断性能差异。结果共收集艾滋病合并肺部感染的患者236例，临床初步诊断耶氏肺孢子菌肺炎患者77例，非耶氏肺孢子菌肺炎患者159例。艾滋病合并肺部感染患者中，mNGS检测出耶氏肺孢子菌阳性者77例，检出率为32.63%（77/236），六胺银染色法检测，耶氏肺孢子菌阳性者10例，检出率为4.24%（10/236），血清G试验阳性者146例，检出率为61.86%（146/236）。以临床治疗性诊断为标准，77例耶氏肺孢子菌肺炎患者中，mNGS检测的敏感度为100%（77/77），高于六胺银染色［12.99%（10/77），P=0.046］和血清G试验［58.44%（45/77），P=0.038］。mNGS检测具有良好的特异度，与六胺银染色的特异度相同，均为100%（159/159），高于血清G试验［36.48%（58/159），P=0.026］。以治疗性临床诊断为参考方法，mNGS检测的符合率为100%（236/236）。结论mNGS检测对艾滋患者合并耶氏肺孢子菌感染诊断的敏感度和特异度高，对耶氏肺孢子菌感染有较好的诊断价值。

简介：摘要目的探讨宏基因组测序(mNGS)在神经外科重症患者中枢神经系统感染(CNSI)中的应用价值。方法前瞻性连续纳入自2019年10月至2021年4月收治于河南省人民医院神经外科重症监护室的52例疑似CNSI患者，将采集的脑脊液标本同时行mNGS及传统培养，以CNSI临床诊断标准为依据，对比2种方法的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值以及留取标本送检至结果反馈所用时间。采用受试者工作特征(ROC)曲线分析mNGS与传统培养对CNSI的诊断价值。结果最终临床诊断CNSI患者25例，其中mNGS阳性23例，包括细菌感染16例、病毒感染4例、真菌感染1例、混合感染2例(细菌+病毒+真菌1例、细菌+病毒1例)；传统培养阳性8例，均为细菌感染。mNGS的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为92.0%、85.2%、85.2%和92.0%，传统培养的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为32.0%、100.0%、100.0%和61.4%。mNGS的结果反馈时间为(31.77±5.23) h，传统培养的结果反馈时间为(101.83±9.15) h，差异有统计学意义(P<0.05)。ROC曲线显示mNGS诊断CNSI的曲线下面积(AUC)为0.886(95%CI：0.786~0.986，P<0.001)，传统培养诊断CNSI的AUC为0.660(95%CI：0.508~0.812，P=0.002)。结论对于神经外科重症CNSI患者，mNGS具有良好的诊断效能和应用价值，可有效弥补传统脑脊液培养的不足。

简介：摘要流行性斑疹伤寒是由普氏立克次体引起的急性传染病。该病发作突然，临床表现不典型，易漏诊、误诊，病死率高。本研究报道1例以高热、头痛、乏力起病的患者，经验性抗感染治疗无效后，经血清学和宏基因组学第二代测序确诊为普氏立克次体感染，单用多西环素治疗后病情好转。

简介：摘要目的分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法，扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组，并应用高通量测序技术对其基因组测序，对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果利用初步建立的GⅡ组基因组扩增方法，8株GⅡ.4 Sydney[P31]株中，6株扩增成功并获得基因组序列。通过系统进化分析表明，本研究获得的自2017—2020年6株毒株和2015—2019年的GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇，2013年我国毒株GZ20 133 135株与2012—2014年GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇。血型抗原受体结合位点(HBGAs)分析表明2014年以后的毒株在Site Ⅱ发生了氨基酸突变Asp372Asn。通过抗原表位分析，2017年以后的毒株，在A表位(297、372和373)、B表位(333)、E表位(414)和H表位(309、310)都发生了变化；2020年的毒株20HN261和20HN253株在A表位(368)和G表位(355)较之前的毒株出现了新变化。结论本研究确定了我国流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因组关键位点变异情况，跟踪新毒株的出现提供了科学依据，为针对我国流行株疫苗研发设计提供了基础数据。

简介：摘要目的探讨上皮-间充质转化(EMT)关键基因与结直肠癌(CRC)预后的关系，构建个体化预后风险评分模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分别获取416例和532例信息完整的CRC样本数据，从基因集富集分析(GSEA)数据库下载200个EMT相关基因。分析TCGA的测序数据得到肿瘤和正常组织中的差异表达基因，与EMT基因集取交集得到62个差异表达的EMT基因，包括23个上调基因，39个下调基因。通过单因素Cox分析筛选出7个预后相关基因。进一步通过最小收缩与选择算子(LASSO)回归筛选出4个预后价值最高的基因构建风险评分模型。根据评分模型将患者分为高、低风险组，Kaplan-Meier生存曲线分析高、低风险组的生存差异。用GEO数据集对EMT风险评分模型进行验证，分析高、低风险组生存差异。通过单因素和多因素Cox分析计算风险评分模型的风险死亡比。依据风险评分模型和临床病理特征构建临床列线图。高、低风险组间比较生存差异采用Log-rank检验。结果TCGA下载的CRC样本信息经过分析得到4个与预后相关的EMT基因[胶原C-蛋白酶增强剂2(PCOLCE2)、催产素受体(OXTR)、脑源性神经营养因子(BDNF)以及丝氨酸蛋白酶抑制剂E家族1(SERPINE1)]，用于构建风险评分模型，低风险组的总生存优于高风险组，差异有统计学意义(χ2＝13.9，P<0.01)，ROC曲线提示风险评分模型具有良好的准确性，1、3、5年曲线下面积(AUC)分别为0.815、0.863、0.870。GEO数据集验证风险评分模型的预测能力，高、低风险组的生存差异有统计学意义(χ2＝ 8.4，P<0.01)。单因素和多因素分析结果显示风险评分模型是独立的预后因子。列线图可有效评估CRC患者1年、3年和5年的预后。结论基于EMT关键基因的风险评分模型可以准确预测CRC患者的总生存期，基于该模型的列线图有助于评估患者的预后。

简介：摘要本例患者是以发热、头痛为主要表现的神经梅毒病例。该患者有艾滋病基础，腰椎穿刺前并未将神经梅毒作为主要诊断。脑脊液检查示：有核细胞计数为116×106/L，多核细胞占35%；快速血浆反应素试验效价为1∶2，梅毒螺旋体明胶凝集试验阳性；宏基因组学第二代测序发现密螺旋体序列52条，诊断为神经梅毒。提示宏基因组学第二代测序技术或许能辅助诊断脑膜炎型神经梅毒。

简介：目的基于焦磷酸测序技术建立甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因裂解位点突变的快速检测方法．探讨其临床应用价值。方法采用RT-PCR扩增甲型H1N1病毒血凝素基因中的HA片段．在生物信息学分析的基础上，针对甲型H1N1病毒血凝素基因含有裂解位点序列片段．分别设计一套生物素标记的PCR引物和测序引物．运用焦磷酸测序技术对含甲型H1N1病毒裂解位点基因片段进行序列测定，同时分析青岛地区甲型H1N1流感病毒流行株的裂解位点基因特征。结果建立了基于焦磷酸测序技术检测甲型H1N1流感病毒裂解位点突变方法．实现甲型H1N1流感病毒HA基因裂解位点的高通量检测，青岛地区甲型H1N1流感病毒裂解位点344氨基酸序列没有发生变异。结论本研究所建立的方法具有自动化程度高和结果准确等特点，适用于甲型H1N1流感病毒裂解位点进行快速高通量检测。

简介：摘要目的了解宏基因组测序技术（metagenomic next generation sequencing，mNGS）和传统细菌培养联合荧光定量PCR（qPCR）两种检测方法在儿童中枢神经系统（central nervous system，CNS）感染性疾病诊治方面的指导意义。方法收集2019年4月至2020年1月考虑CNS感染性疾病的55例患儿为观察组，进行脑脊液mNGS检测，2018年5月至2019年4月疑似CNS感染并进行了脑脊液常规培养和qPCR检测的51例患儿为对照组。观察组年龄5个月～9岁，对照组年龄1个月～11岁。对比两组病原检测阳性率和住院时间。结果观察组中24例患儿脑脊液标本的高通量测序结果为阳性，灵敏度为43.6%，其中11例（20.0%）检测为细菌，2例（3.6%）检测为真菌，9例（16.4%）检测为病毒，2例（3.6%）检测为分枝杆菌；在总阳性率上高于对照组，差异有统计学意义（P＜0.05）。观察组患儿住院时间为（17.19±13.3）d，对照组患儿住院时间为（24.90±14.8）d，差异有统计学意义（t＝2.825，P＝0.006）。结论mNGS在脑脊液病原菌检测方面优于传统细菌培养联合qPCR，可以缩短CNS感染性疾病患儿的住院时间。

简介：摘要目的验证脓毒症中特异分化的单核细胞亚群，并筛选及构建用于早期诊断脓毒症的单核细胞差异基因集。方法选择广东省人民医院2020年6月至2021年3月收治的脓毒症患者，提取外周血单个核细胞（PBMC），应用单细胞测序技术和拟时序分析对单核细胞差异亚群进行验证。利用生物信息学手段分析差异亚群中的基因表达，并筛选出差异基因用于初步构建候选差异基因集。利用数字聚合酶链反应（PCR）技术分别在脓毒症患者PBMC以及脓毒症人髓系白血病单核细胞株（THP-1）模型中对候选差异基因进行验证，并利用韦恩图构建最终的单核细胞差异基因集。使用基因表达数据库（GEO）对差异基因集进行外部数据验证。结果①细胞注释及拟时序分析结果显示，NEAT1+CD163+单核细胞的分化明显区别于其他亚群，并在脓毒症早期就已经出现，是脓毒症病理过程中的特征亚群。②从NEAT1+CD163+单核细胞的基因表达中筛选出22个与脓毒症相关的差异基因，经过数字PCR进一步验证后，最终筛选出碱性亮氨酸拉链ATF样转录因子（BATF）、原癌基因JUNB、癌胚抗原相关细胞黏附分子4（CEACAM4）、第9号染色体上95开放阅读框（C9orf95）、G蛋白α亚基15（GNA15）、补体C3A受体1（C3AR1）、转录生长因子β1（TGFB1）、线粒体载体同源物1（MTCH1）8个基因，用于构建最终的单核细胞差异基因集。③外部验证结果显示，由于C9orf95基因在GEO数据库的GSE154918及GSE133822两个数据集中均无数据，因此在验证时将其排除。在GSE154918数据集，单核细胞差异基因集中BATF、JUNB、CEACAM4、GNA15、C3AR1、TGFB1、MTCH1的表达在脓毒症组均较健康对照组明显升高（log2表达量：BATF为12.78±0.08比11.39±0.35，JUNB为16.88±0.07比16.04±0.03，CEACAM4为14.73±0.08比13.77±0.05，GNA15为13.16±0.06比12.30±0.04，C3AR1为14.62±0.13比12.87±0.05，TGFB1为16.95±0.05比16.57±0.36，MTCH1为14.80±0.02比14.61±0.15，均P<0.05）；在GSE133822数据集，基因集中BATF、CEACAM4、GNA15、C3AR1的表达在脓毒症组明显高于健康对照组（log2表达量：BATF为8.66±0.16比7.92±0.14，CEACAM4为9.20±0.16比8.36±0.20，GNA15为10.66±0.18比10.13±0.16，C3AR1为11.49±0.27比10.48±0.16，均P<0.05），而JUNB、TGFB1、MTCH1的表达在两组人群中差异无统计学意义。基因集差异分析（GSVA）显示，在GSE154918及GSE133822两个数据集中，脓毒症组单核细胞差异基因集的富集分数均显著高于健康对照组（GSE154918：0.38±0.04比-0.44±0.02，GSE133822：0.56±0.02比0.20±0.05，均P<0.01）。受试者工作特征曲线（ROC曲线）分析显示，单核细胞差异基因集在GSE154918及GSE133822两个数据集中对脓毒症早期诊断的ROC曲线下面积（AUC）及95%可信区间（95%CI）分别为0.993（0.980～1.000）和0.944（0.873～1.000），提示其具有可靠的诊断价值。结论通过单细胞测序技术及数字PCR技术筛选得到的BATF、JUNB、CEACAM4、GNA15、C3AR1、TGFB1、MTCH1单核细胞差异基因集对脓毒症患者具有良好的早期诊断效能，或许能够为早期诊断脓毒症提供新思路。

简介：摘要目的初步探讨宏基因组二代测序（mNGS）在非结核分枝杆菌（NTM）骨关节感染病原学诊断中的应用价值。方法分析2014年1月至2019年10月间福建医科大学附属第一医院骨肿瘤与关节外科确诊的119例骨关节感染患者资料。所有患者均先采用传统培养，再进行mNGS筛选出病原学检测结果为NTM的患者，根据mNGS病原学检测结果进行优化培养。记录NTM患者的一般资料、传统培养、mNGS和优化培养的结果。结果119例骨关节感染患者中有12例（10.1%，12/119）mNGS结果为NTM感染，男6例，女6例；年龄31~82岁(平均51.1岁）；慢生长型NTM 5例，快生长型NTM 7例。采用传统培养方法的初次培养阳性率仅为16.7%（2/12），优化培养的阳性率为66.7%（8/12），其中快生长型NTM的优化培养阳性率为100%（7/7），慢生长型NTM为20.0%(1/5)。结论对于NTM骨关节感染患者而言，传统的培养方法阳性率较低，mNGS技术在病原学精准诊断上有其优势，尤其对于快生长型NTM感染患者。

简介：摘要目的探讨1例2q37缺失综合征患儿的临床及遗传学特征。方法采集患儿及其父母的外周血样，提取基因组DNA，进行全外显子组及全基因组低深度测序，并采用染色体核型分析及荧光定量PCR对基因组拷贝数异常区域进行验证。结果测序结果显示患儿在染色体2q37区存在6 Mb的杂合性缺失，涉及GBX2、LINC01881等98个基因。对其父母的检测提示，该缺失为新发变异。患儿染色体核型分析未发现异常。荧光定量PCR分析结果与测序结果一致。结论通过临床及基因测序分析，患儿被诊断为2q37缺失综合征。全外显子组测序结合全基因组低深度测序技术具有高分辨、高通量、高灵敏度等优点，能够显著提高智力障碍、多发畸形及临床疑似综合征患者的诊断率。