摘要目的了解宏基因组测序技术（metagenomic next generation sequencing，mNGS）和传统细菌培养联合荧光定量PCR（qPCR）两种检测方法在儿童中枢神经系统（central nervous system，CNS）感染性疾病诊治方面的指导意义。方法收集2019年4月至2020年1月考虑CNS感染性疾病的55例患儿为观察组，进行脑脊液mNGS检测，2018年5月至2019年4月疑似CNS感染并进行了脑脊液常规培养和qPCR检测的51例患儿为对照组。观察组年龄5个月～9岁，对照组年龄1个月～11岁。对比两组病原检测阳性率和住院时间。结果观察组中24例患儿脑脊液标本的高通量测序结果为阳性，灵敏度为43.6%，其中11例（20.0%）检测为细菌，2例（3.6%）检测为真菌，9例（16.4%）检测为病毒，2例（3.6%）检测为分枝杆菌；在总阳性率上高于对照组，差异有统计学意义（P＜0.05）。观察组患儿住院时间为（17.19±13.3）d，对照组患儿住院时间为（24.90±14.8）d，差异有统计学意义（t＝2.825，P＝0.006）。结论mNGS在脑脊液病原菌检测方面优于传统细菌培养联合qPCR，可以缩短CNS感染性疾病患儿的住院时间。
