简介:摘要目的探究对结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB突变以PCR-反向点杂交法检测的效果。方法设计结核分歧杆菌rpoB基因引物,采用PCR-反向点杂交法对40例结核杆菌临床菌株耐药性进行检测,对照由DNA测序法检测的标准结核分歧杆菌(H37Rv)rpoB基因,确定rpoB基因的变异情况,对PCR-反向点杂交法的灵敏度和准确性作出评价。结果40株临床菌株中有11株利福平敏感株的基因序列与对照的H37Rv相同,剩下的29株耐药株中检测到变异基因27株,其特异性为100%,阳性率为93.1%。结论rpoB基因本身高度保守,但由于rpoB基因突变导致结核分枝杆菌对利福平耐药。本研究使用PCR-反向点杂交法针对rpoB基因高突变区设计引物,此方法快速、简便、准确,能有效监测临床标本中结核分枝杆菌,对临床早期诊治结核病有极大帮助。
简介:探讨霍夫变换(Houghtransform)在聚合酶链反应-反向点杂交(polymerasechainreaction-reversedotblotting,PCR-RDB)检测基因突变结果的自动化判读中的应用。以凯普HMM-2I医用核酸分子快速杂交仪检测基因突变为例,建立一种通过霍夫变换进行图像识别的方法,以快速判读PCR-RDB的检测结果,并提出一套基于移动终端的检测结果后处理方案。利用开发的软件,对113份地中海贫血常见突变以及86份人乳头瘤病毒分型的PCR-RDB检测结果进行了自动读取,并同人工判读结果进行了比较,二者的符合率均达100%。将霍夫变换应用于PCR-RDB检测图像的自动化判读符合实际需求,无需人工干预,可以降低肉眼判读的错误率并提高工作效率。
简介:目的评价PCR结合反向斑点杂交法检测福尔马林固定、石蜡包埋组织中曲霉感染的可行性。方法选取39例病理证实曲霉感染的患者活检标本(21例为鼻窦感染标本、18例为尸检标本),以1对真菌特有的28SrRNA保守序列结构作为真菌通用引物,以临床常见的4个曲霉菌种:烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉、土曲霉的种特异性序列为种特异性探针,与扩增产物进行反向斑点杂交。结果尸检标本阳性率为55.6%(10/18),鼻窦标本阳性率为76.2%(16/21),特异性均为100%。在这些曲霉所致的系统性感染中,烟曲霉是主要的致病真菌。结论该方法能对临床无法培养的石蜡组织块进行回顾性病原学研究,并可以鉴定常见的曲霉菌种,有良好的特异性和敏感性,适用于临床曲霉感染的检测。
简介:摘要目的探讨PCR-高分辨熔解曲线(HRM)法在Kidd血型基因分型中的应用。方法采用简单随机抽样法,选择2019年10月至11月,于深圳市血液中心参加无偿献血的256例献血者为研究对象。本组献血者年龄为18~60岁;男性献血者为142例,女性为114例。采用血型血清学试验方法对本组献血者全血标本的红细胞抗原表型进行检测。采用PCR-SSP和PCR-HRM法对本组献血者的DNA标本进行Kidd血型基因分型。对于基因分型与血型血清学检测结果不一致的标本,则通过JK基因第9外显子直接测序法进行确认。本研究遵循的程序符合2013年修订版《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求,并且于献血前与所有献血者签署《献血者知情同意书》。结果①本组256例无偿献血者全血标本的血型血清学检测结果显示,Jk(a-b+)、Jk(a+b+)和Jk(a+b-)表型献血者分别为86、109和61例。②本组256例献血者基因组DNA标本的PCR-SSP和PCR-HRM法的Kidd血型基因分型结果一致,JKB/JKB、JKA/JKB和JKA/JKA基因型献血者分别为82、115和59例。③ 22例(8.6%,22/256)献血者的血型血清学表型与基因分型结果不一致。其基因组DNA标本经JK基因第9外显子直接测序结果显示,JK基因第9外显子存在c.838 G>A突变,与JKA/JKB基因分型结果相符。结论本研究建立的PCR-HRM法可准确进行Kidd血型基因分型,该方法可以有效地辅助Kidd血型精准鉴定。在进行Kidd血型鉴定的实际工作中,可联合血型血清学和PCR-HRM法,以提高Kidd血型鉴定准确度。
简介:摘要目的评价PCR-流式荧光杂交技术在地中海贫血产前基因诊断中的诊断效能。方法回顾性分析2017年9月至2020年12月间于广东省妇幼保健院进行地中海贫血产前基因诊断的8 005份胎儿的样本,所有样本均经多重缺口-PCR、PCR-反向斑点杂交法、Sanger测序和多重连接依赖性探针扩增等方法确诊基因型,同时应用PCR-流式荧光杂交技术作为地中海贫血常见突变位点的验证平台进行平行检测。分析基因检测结果,并比较PCR-流式荧光杂交技术与传统方法对于地中海贫血常见突变位点的检测结果的诊断效能差异。结果传统方法共检出地中海贫血阴性样本1 939份,阳性样本6 066份,其中包括α-地中海贫血4 513份、β-地中海贫血1 475份以及αβ-地中海贫血78份。经软件首次判读,PCR-流式荧光杂交方法共判读成功7 845份,与传统方法比较,其敏感度、特异度和准确度均为100%。首次判读失败的160份样本经复检或人工复核数据后均可成功正确判读。结论PCR-流式荧光杂交方法与传统方法对于地中海贫血产前基因诊断中常见突变位点的诊断效能无差异。
简介:目的应用反向点杂交技术(RDB)建立敏感、特异、简便的检测方法来同时检测17种不同的β-珠蛋白基因突变。方法应用反向点杂交技术对734例来我院做产前检查的高危患者进行检测,发生突变位点共68例,占92.6%。其中,654/N18例占2.45%,41-42/N31例占4.22%,22-28/N5例占0.6%,BE/N5例占0.41%,-28/N4例占0.54%,17/N4例占0.5%,14-15/N1例占0.14%,-29/41-421例占14%,71-72/N1例占0.14%。结论反向点杂交方法应用于进行β-地中海贫血的血液学筛查、基因诊断、携带者检出具有简便、快捷、准确的特点。
简介:目的应用反向线点杂交技术(reverselineblothybridization,RLB)快速鉴定临床常见的曲霉属和毛霉目真菌。方法收集我院真菌和真菌病研究中心保存的5种曲霉菌(烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉、土曲霉、构巢曲霉)和7种毛霉目真菌(冻土毛霉菌、总状毛霉菌、卷枝毛霉菌、少根根霉、小孢根霉、微小根毛霉、伞状犁头霉),共计98株菌株。利用真菌通用引物ITS1和ITS4对菌株进行PCR扩增,用12个真菌种特异性探针与扩增后产物进行反向线点杂交。将RLB结果与真菌传统形态学鉴定结果、ITS区DNA测序结果进行比较。结果RLB可以正确鉴定98株实验菌株,与形态学方法和ITS区测序方法鉴定结果100%一致,种特异性探针之间未见交叉杂交,显示出该方法的高度敏感性和特异性。8株阴性对照菌株(白念珠菌、茄病镰刀菌、尖端赛多孢、马尔尼菲青霉、疣状瓶霉、棒曲霉、日本曲霉以及雅致小克银汉霉),使用RLB方法无法鉴定。通过烟曲霉基因组DNA浓度10倍倍比稀释法验证RLB的敏感性为1.8×10-3ng/μL。结论RLB技术为实验室早期快速诊断、鉴定临床常见的曲霉属和毛霉目真菌提供参考。
简介:摘要目的建立多重荧光PCR-熔解曲线法,并评价其同时检测假丝酵母菌、曲霉菌及新型隐球菌的诊断价值。方法建立多重荧光PCR-熔解曲线法并对其检测体系进行优化。收集临床高度怀疑为侵袭性真菌感染(IFI)的各类临床样本179例,其中血液65例、深部痰液35例、尿液30例、脑脊液18例、胸腹水12例、肺泡灌洗液10例、新鲜肺组织9例。通过敏感性、特异性、重复性实验验证多重荧光PCR-熔解曲线法的检测性能,并应用受试者工作特征(ROC)曲线评价该方法的诊断效能。结果建立的多重荧光PCR-熔解曲线法可同时检测8种常见病原真菌,包括4种假丝酵母菌(白假丝酵母菌、热带假丝酵母菌、光滑假丝酵母菌、克柔假丝酵母菌)、3种曲霉菌(烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉)和新型隐球菌。其最低检测限为1 × 104 cfu/mL,且常见细菌无扩增反应,重复性实验解链温度波动小于0.5 ℃。179例临床样本中,以培养法、镜检法、病理诊断等"金标准"方法诊断IFI阳性为112例,多重荧光PCR-熔解曲线法检测阳性为96例。多重荧光PCR-熔解曲线法同时检测假丝酵母菌、曲霉菌及新型隐球菌的敏感度为0.857,特异度为0.970,阳性预测值为0.980,阴性预测值为0.802,ROC曲线下面积为0.914,95%置信区间为0.868 ~ 0.959,P < 0.001。结论本研究建立的多重荧光PCR-熔解曲线法可快速、准确、高通量同时检测假丝酵母菌、曲霉菌及新型隐球菌,对于IFI的早期诊断具有重要意义。
简介:摘要目的比较多重荧光PCR-熔解曲线法与病理诊断法检测福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肺组织样本中病原真菌的价值。方法选择2014—2019年本院病理科病原真菌阳性患者的42份肺组织样本(念珠菌8份、曲霉菌23份、隐球菌11份)作为阳性组,病原真菌阴性的肺组织样本50份作为阴性组,均进行多重荧光PCR-熔解曲线法检测,并应用配对χ2检验和Kappa值对两种方法的检测结果进行比较。结果阳性组42份样本多重荧光PCR-熔解曲线法检出23份阳性,并可分辨至种水平,其中念珠菌4份(白色念珠菌2份、热带念珠菌1份、克柔念珠菌1份)、曲霉菌13份(烟曲霉11份、黄曲霉2份)、新型隐球菌6份。阴性组50份样本多重荧光PCR-熔解曲线法检测均阴性。Kappa值0.568,以病理诊断法为"金标准",多重荧光PCR-熔解曲线法检测病原真菌的灵敏度为54.8%(23/42)、特异性为100.0%(50/50)。结论多重荧光PCR-熔解曲线法检测FFPE样本中病原真菌的灵敏度不高,但可以将病原真菌鉴定至种,是病理诊断法的补充。
简介:目的:建立检测猪常见致病菌的反向斑点杂交方法。方法:将23SrRNA基因芯片用的针对12种细菌的25~30mer探针加长到30~38mer,2对通用引物序列不变。用地高辛标记下游引物,以尼龙膜为载体制备膜芯片,检验探针/膜杂交的特异性和敏感性;另外设计1条大肠杆菌K88基因探针、一段带K88探针的报告基因和1对报告基因的反向PCR引物,在PCR体系中增加封口的K88报告基因和反向引物对,被检样品扩增后进行膜杂交。结果:修改的13条探针与参考目标菌株在膜上成特异性杂交,对52个参考菌株和野外分离株的检测准确率为92%;膜杂交的敏感性与玻片芯片接近,最小检出量为100fgDNA;在尼龙膜上增加K88探针,与3重PCR产物杂交,可以检测到大肠杆菌K88毒力基因。结论:建立的反向斑点杂交方法简便快速,检测成本低,可用于仪器设备不足的实验室,同时可以加入检测如大肠杆菌K88等致病基因,提高基于保守基因的芯片的诊断能力。
简介:摘要目的探讨第二代杂交捕获法(HC2)和多重荧光聚合酶链反应(PCR)在口咽癌高危型人乳头状瘤病毒(HPV)中的检测性能。方法采用HC2和多重荧光PCR检测31例口咽癌患者中高危型HPV感染情况,通过统计学方法比较分析两种检测方法在检测结果中的一致性。结果HC2和多重荧光PCR两种方法检测高危型HPV一致性较好,总符合率为90.32%,总一致性指数(Kappa指数)为0.7364。结论在口咽癌患者中应用HC2技术进行高危型HPV检测有可行性。