简介:目的检测肝豆状核变性(Wilsondisease,WD)ATP7B基因启动子区的DNA序列,分析其结构,发现存在的突变,通过报告基因瞬时表达研究突变对启动子功能的影响.方法检测36个WD家系71名成员(其中48例WD患者)及20名正常人的基因组DNA序列并进行分析.对发现的突变,进行荧光素酶报告基因瞬时表达研究.结果(1)在正常对照、患者一级亲属和WD患者的启动子区-190、-78和+260位(转录起始点为+1)均发现存在单个碱基的不同;(2)在48例病人中发现3例存在-183位C→T突变,其中2例为纯合突变,另1例为杂合突变,在正常对照、患者一级亲属中未发现此改变;(3)通过荧光素酶报告基因瞬时表达研究,发现-183位C→T突变不影响ATP7B基因启动子的功能.结论本研究在ATP7B基因启动子区未发现存在致病突变,提示ATP7B基因启动子区存在致病突变在中国人群中是不常见的.
简介:目的建立可用于舌癌耐药蛋白1(TCRP1)基因启动子区CpG岛测序检测的反应体系。方法采用人肺癌A549细胞作为待测样品,以TCRP1启动子区CpG岛为靶片段设计特异扩增、测序引物,建立TCRP1启动子区CpG岛测序检测反应体系,并检测H1299、H460、Huh-7细胞株和2例患者肿瘤组织标本。结果建立了以P2-1[二甲基亚砜(DMSO)终浓度0%,降落聚合酶链反应(PCR)条件]联合P1-2(DMSO终浓度1%,常规PCR反应条件)为优选方案的TCRP1启动子区CpG岛测序检测体系,并成功检测了A549、H1299、H460、Huh-7细胞株和2例患者肿瘤组织标本。结论成功建立可用于TCRP1启动子区CpG岛测序的反应体系。
简介:目的:对精子发生RNA结合蛋白Boule基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从基因参考序列数据库获取Boule基因启动子区序列,使用TFSEARCH程序对启动子序列中的转录因子结合位点进行预测。结果:成功获得长度为2kb的人Boule基因启动子区序列。该启动子区Thresholdscore〉90的共有60个转录因子结合位点,涉及sox家族、GATA结合蛋白家族、热休克因子家族、锌指蛋白Kruppel家族、POU家族、runt家族、同源异型框基因家族、TALE类同源结构蛋白家族、转录因子螺旋环螺旋家族、IKAROS家族、FOX家族11个家族的转录因子和3个TATAbox。结论:Boule基因表达的调控是在一定时间或空间上、一种或多种调节蛋白作用的复杂过程。调控Boule基因表达的转录因子绝大部分与胚胎发育、性别决定、个体生长密切相关。
简介:摘要目的探讨4例ABO血型抗原表达减弱样本的分子生物学机制。方法采用微柱凝集法及盐水试管法进行ABO血型血清学检测,对ABO基因第1~7外显子及其上游启动子区域PCR产物直接测序进行ABO血型基因分型。结果4例样本(3例为患儿,1例为患儿的母亲)的红细胞与B抗体反应均出现混合视野(mf)现象,3例患儿表型为ABweak、例2母亲为Bweak。基因测序显示3例样本在ABO基因启动子区域发生-35至-18位的碱基缺失,通过家系分析,提示该变异发生在B等位基因;1例样本ABO基因在启动子区域发生-119位C>T新变异。结论启动子区域序列发生变异可导致ABO血型抗原的表达减弱。
简介:目的:在中国华东地区汉族人群中检测肾素基因启动子区的单核苷酸多态(SNPs)及单倍型分布,并探讨其与原发性高血压的关系。方法:应用聚合酶链反应(PCR)直接测序技术检测肾素基因启动子区以明确其SNPs分布。在192例原发性高血压患者(原发性高血压组)及185例健康对照者(对照组)中对所发现的SNPs开展病例-对照关联研究及基因单倍型分析。结果:所测肾素基因启动子区长度为1674bp,共发现5个SNPs,其中RENP/-1475(G/A)、RENP/-1447(T/G)、RENP/-1165(G/A)和RENP/-1135(T/G)几乎呈完全的连锁不平衡。RENP/-1475(G/A)和RENP/-1292(A/G)多态的基因型和等位基因分布在原发性高血压组与对照组之间差异无统计学意义(P〉0.05)。被检出的5个SNPs属同一单倍域,产生3种单倍型,各单倍型在原发性高血压组和对照组的分布频率差异亦无统计学意义(P〉0.05)。结论:肾素基因启动子区遗传变异可能并不是中国华东地区汉族人群原发性高血压的易感因素。
简介:目的探究TXNIP的基因多态性和启动子区甲基化CpG岛、转录因子结合位点。方法利用生物信息学在线软件获得TXNIP基因3′UTR多态性和mRNA的表达情况;利用相关软件获得TXNIP启动子区序列,预测甲基化CpG岛及转录因子结合部位。结果TXNIP基因3′UTR多态性位点rs7211、rs7212和rs4755的不同基因型与mRNA表达差异有统计学意义(P〈0.05);启动子区序列中甲基化CpG岛位于1763—1943bp处。结论利用生物信息学分析可以更有效地了解基因多态性和启动子区在基因表达调控中的作用。
简介:本研究旨在通过对广西省重型β地中海贫血患者和正常人外周血中γ珠蛋白基因启动子区CpG岛的甲基化位点的确认和对各个CpG位点甲基化率在重型β地中海贫血患者与正常人之间的差异性分析,初步筛选出可能影响γ珠蛋白表达的主要甲基化位点。采用重亚硫酸盐测序法修饰,递降PCR扩增,最后对PCR产物进行DNA克隆测序,得到目的片段中每个CG位点的甲基化情况,定量检测甲基化的确切位置与程度。结果表明:重型β地中海贫血患者与正常人γ珠蛋白基因启动子区存在4个CpG甲基化位点,在序列中分别位于28、122、231和234bp,均呈高度甲基化,其中122和231bp位点甲基化率明显低于正常对照组,差异均有统计学意义。28和234bp位点甲基化率与正常对照组均无显著性差异。结论:证实γ基因启动子区存在甲基化位点、明确位点位置且经定量分析证实无论地中海贫血患者还是正常人各个甲基化位点均呈高甲基化状态;初步筛选出影响γ珠蛋白表达的主要位点可能在122和231bp,为后续通过调节γ珠蛋白的表达缓解重型β地中海贫血的临床症状、靶向基因治疗研究提供了实验依据。
简介:目的观察我国北方汉族人β纤维蛋白原(BβFg)基因启动子区-455G/A多态性特点.方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法测定153名大1连地区汉族人BβFg基因启动子区-455G/A等位基因及基因型.结果G-455等位基因频率为0.781,A-455等位基因频率为0.219,基因型GG、GA、AA的频率分别为0.588、0.386、0.026.结论大连地区汉族人群βFg基因-455G/A多态的等位基因及基因型频率与南方汉族人有差别,但与欧美白种人群相近.
简介:摘要目的研究不明原因自然流产患者绒毛组织中H19启动子区域甲基化水平与正常早孕绒毛的差异,并分析其可能的发生机制。方法收集不明原因自然流产及正常早孕的绒毛组织各30例,对组织中H19基因启动区域甲基化水平进行检测及对照分析,并对两组绒毛组织中的三种甲基转移酶的表达水平进行对照分析。结果H19上游DMR中甲基化水平检测结果提示两组间绒毛组织中H19启动子区域甲基化水平存在差异,自然流产组中甲基化水平明显低于对照组,差异有显著性(P<0.01),自然流产组绒毛组织DNMT1mRNA及蛋白的表达量与正常早孕组无明显统计学差异(P>0.05),而自然流产组绒毛组织DNMT3a及DNMT3b的mRNA及蛋白的表达量明显低于正常早孕组,差异有显著性(P<0.01)。结论自然流产患者绒毛组织中H19DNA甲基化水平的明显下降,下调DNA甲基转移酶中DNMT3a与DNMT3b的表达可能是甲基化水平差异的重要机制之一。
简介:目的探讨miR-143/145启动子区rs4705341多态性与膀胱癌易感性的关系。方法收集106例临床确诊膀胱癌病例和162例年龄、性别相匹配的正常对照者的血液样本,采用聚合酶链反应-限制性长度片段多态性对miR-143/145启动子区rs4705341进行多态性分型。结果病例组中rs4705341的GG基因型和G等位基因频率显著低于对照组,差异具有统计学意义(GG与AA相比:OR=0.34,95%CI:0.15~0.78,P=0.007;G与A对比:OR=0.60,95%CI:0.41~0.87,P=0.007)。结论miR-143/145启动子区rs4705341多态性可能与膀胱癌易感性有关,GG基因型携带者膀胱癌发病风险明显降低。
简介:目的:对UGT1A1基因启动子区A(TA)nTAA多态性进行研究,探讨UGT1A1基因启动子区A(TA)nTAA多态性与血清胆红素水平间的关系。方法:收集205名深圳地区健康汉族个体的外周血,并抽提基因组DNA,通过聚合酶链反应扩增UGT1A1基因的启动子区,经DNA测序确定启动子区A(TA)nTAA多态性并采用偶氮反应法测定血清胆红素。结果:在研究对象中,UGT1A1基因启动子区存在A(TA)6TAA和A(TA)7TAA2种多态性,UGT1A1基因启动子区A(TA)6TAA单倍型频率为93.2%,A(TA)7TAA单倍型频率为6.8%,携带A(TA)6TAA纯合多态性个体占86.8%,携带A(TA)7TAA纯合多态性个体占0.5%,携带A(TA)6TAA/A(TA)7TAA杂合多态性个体占12.7%。携带A(TA)6TAA纯合多态性个体的血清总胆红素水平为(12.4±6.0)μmol/L,游离胆红素为(8.9±4.2)μmol/L;携带A(TA)6TAA/A(TA)7TAA杂合多态性个体的血清总胆红素为(15.6±5.9)μmol/L,游离胆红素为(11.9±4.7)μmol/L;携带A(TA)7TAA纯合多态性个体血清总胆红素为19.2μmol/L,游离胆红素为15.1μmol/L。携带A(TA)6TAA/A(TA)7TAA杂合多态性个体的血清总胆红素水平高于A(TA)6TAA纯合多态性个体(P〈0.01)。结论:A(TA)nTAA多态性与血清总胆红素相关,携带A(TA)6TAA/A(TA)7TAA杂合多态性个体的血清总胆红素水平高于A(TA)6TAA纯合多态性个体,升高的血清胆红素主要为游离胆红素。
简介:摘要目的探讨谷胱甘肽转移酶mu5(GSTM5)启动子区甲基化状态在骨髓增生异常综合征(MDS)发生发展中的作用,为MDS的早期诊断提供新的潜在分子标记物。方法收集2018年10月至2021年6月在解放军总医院血液科初诊的40例MDS[MDS伴单系发育异常(MDS-SLD)5例,MDS伴多系发育异常(MDS-MLD)7例,MDS伴环形铁粒幼红细胞(MDS-RS)6例,MDS伴原始细胞增多Ⅰ型(RAEB1)13例,MDS伴原始细胞增多Ⅱ型(RAEB2)9例]患者、8例MDS转化为急性髓系白血病(sAML)患者和6例对照(4例缺铁性贫血、2例营养性巨幼细胞性贫血)患者的骨髓血标本。采用Agena MassARRAY核酸质谱技术对3组标本进行GSTM5基因启动子区甲基化的定量检测。采用Wilcoxon非参数检验比较不同组GSTM5基因甲基化水平。采用受试者工作特征(ROC)曲线评价试验的特异度、敏感度和准确度。结果聚类分析结果显示,MDS组GSTM5甲基化率高于对照组[0.50(0.27,0.79)比0.29(0.10,0.45),P<0.05];sAML组GSTM5甲基化率明显高于MDS组[0.67(0.36,0.86)比0.50(0.27,0.79),P<0.05]。分析各CpG位点甲基化率的差异,在CpG_1、CpG_4,5、CpG_6,7,8、CpG_11、CpG_13,14、CpG_15、CpG_16、CpG_22和CpG_24位点,MDS组与对照组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,在CpG_6,7,8单位曲线下面积最大,AUC=0.861(95%CI 0.717~1.000,P<0.05),敏感度和特异度分别为85%和83%。分析GSTM5甲基化与MDS疾病发展的关系,在骨髓原始细胞较高组和高危亚组(RAEB)中GSTM5基因甲基化水平较高。结论GSTM5基因启动子区甲基化在MDS中较常见,并且在MDS发生发展过程中可能起重要作用,可作为诊断MDS的潜在肿瘤标志物。
简介:本研究通过对急性白血病病人及体外肿瘤细胞株的DNA甲基化及基因表达的实验,探讨死亡相关蛋白激酶(death-associatedproteinkinase,DAPK)基因在急性白血病中的表达情况及其启动子区域甲基化的状态,并分析两者之间的相关程度.应用RT-PCR检测DAPK基因在白血病细胞及正常骨髓细胞中的表达;用巢式甲基化特异性PCR(n-MSP)法检测急性白血病患者及细胞株DAPK基因启动子甲基化状况;从第二轮巢式MSP扩增出的随机产物中挑选2个随机引物,交予专业机构克隆后进行序列分析.结果表明:DAPK基因在10例正常对照者骨髓标本中均有表达,DAPKmRNA在急性白血病病人骨髓标本中表达平均值为0.61±0.40,低于正常对照者,差异有显著性(P<0.05),其中52.94%(9/17例)的急性淋巴细胞白血病病人骨髓标本DAPKmRNA表达降低或缺失,急性髓系白血病病人数据为41.18%(42/102);细胞株U-937显示基因表达正常,HL-60表达缺失;102例急性髓系白血病病人骨髓标本中33例存在DAPK启动子区甲基化,甲基化率为32.4%(33/102);17例急性淋巴细胞白血病病人骨髓标本中8例存在DAPK启动子区甲基化,甲基化率为47%(8/17);7例正常人骨髓标本DAPK启动子区均为非甲基化;细胞株U-937DAPK启动子区非甲基化,HL-60DAPK启动子区甲基化.ALL组与AML组患者骨髓细胞DAPKmRNA表达与其启动子甲基化均呈显著负相关(ALL组r=-0.855,P<0.05;AML组r=-0.343,P<0.05),提示两者有密切的关联.结论:急性白血病患者中DAPK基因启动区甲基化与其mRNA的异常表达或失表达有关.
简介:摘要目的本研究旨在通过检测乳腺癌组织中AXIN2基因启动子区甲基化状态,分析其与乳腺癌相关危险因素、临床病理特征及mRNA表达间的关系,探讨其在临床应用中的价值。方法选取2018年1月至2019年12月在山东第一医科大学附属肥城市人民医院普外科经手术切除治疗的84例女性乳腺癌患者的乳腺癌组织和癌旁组织,检测组织的AXIN2基因启动子的甲基化状态和mRNA表达量,使用不同浓度的甲基转移酶抑制剂(5-Azacytidine,5-Aza)处理人乳腺癌ZR-75-1细胞,且进行乳腺癌相关危险因素和临床病理特征的收集与分析。结果乳腺癌组织的AXIN2基因启动子甲基化阳性率(40.5%)显著高于癌旁组织的甲基化阳性率(19.0%)(χ2=10.401,P=0.001)。AXIN2甲基化阳性率与乳腺癌患者的初产年龄(χ2=5.467,P=0.019)、是否有人工流产史(χ2=8.372,P=0.006)有关;AXIN2甲基化阳性率与是否发生淋巴结转移(χ2=5.338,P=0.021)、ER表达状态(χ2=9.141,P=0.002)及PR表达状态(χ2=6.918,P=0.009)有关。此外,乳腺癌组织的AXIN2基因mRNA相对表达量(00.22±0.03)显著低于癌旁组织的mRNA相对表达量(0.46±0.06)(t=3.527,P<0.001);甲基化阳性乳腺癌组织的mRNA相对表达量(0.13±0.02)显著低于甲基化阴性乳腺癌组织的mRNA相对表达量(0.29±0.04)(t=3.616,P<0.001)。ZR-75-1细胞使用5-Aza处理后,AXIN2基因mRNA相对表达量显著升高(t=3.824,P<0.001)。结论AXIN2基因启动子区DNA甲基化与乳腺癌发生机制有关,在临床中有一定应用价值。
简介:目的检测HOXA7mRNA在胰腺癌细胞株中的表达及其启动子区的甲基化状态,探讨两者的相关性.方法采用RT-PCR法检测人胰腺癌细胞株BxPC3、CFPAC1、PANC1和SW1990细胞的HOXA7mRNA的表达水平.采用重亚硫酸盐测序PCR(bisulfitesequencingPCR,BSP)和结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法(combinedbisulfiterestrictionanalysis,COBRA)检测启动子区域甲基化状态.应用去甲基化药物5-氮杂-2'-脱氧胞苷(5-aza-2-deoxycytidine,5-aza-dC)处理各细胞株,检测处理前后细胞HOXA7mRNA表达和甲基化状态的变化.结果胰腺癌细胞株BxPC3、CFPAC1和SW1990细胞均表达HOXA7mRNA,而PANC1细胞不表达HOXA7mRNA.CFPAC1、BxPC3、PANC1和SW1990中HOXA7启动子甲基化率分别为93.16%、90.65%、90.09%、52.30%,SW1990细胞的HOXA7甲基化率较其他三株细胞均明显降低(P值均<0.01).经5-aza-dC处理后,PANC1细胞的HOXA7mRNA重新表达,BxPC3的HOXA7mRNA表达增强;而CFPAC1和SW1990细胞的HOXA7mRNA在5-aza-dC处理前后无明显变化.结论胰腺癌细胞株BxPC3和PANC1细胞的HOXA7mRNA表达与启动子区甲基化状态密切相关,而CFPAC1和SW1990细胞两者无明显相关性.
简介:摘要目的探讨凝血因子Ⅻ基因启动子区DNA甲基化水平与原因不明复发性流产的关系。方法选取2018年在新疆医科大学第二附属医院就诊的原因不明复发性流产患者15例,并选取同期产前检查正常的孕妇15例作为对照组;抽取血液标本进行DNA提取,应用亚硫酸氢盐PCR测序法分析凝血因子Ⅻ基因启动子区的DNA甲基化率。结果凝血因子Ⅻ基因启动子区胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤二核苷酸(CpG)1和CpG2两个位点的甲基化率在原因不明复发性流产组显著升高,分别为(36.7±9.8)%、(38.7±11.3)%,而对照组分别为(19.3±8.8)%、(16.7±2.2)%,分别比较,差异均有统计学意义(P均<0.01)。结论原因不明复发性流产可能与凝血因子Ⅻ基因启动子区DNA甲基化水平升高相关。
简介:目的研究乙型肝炎病毒(HBV)基因分型与前C基因及基本核心启动子(BCP)突变,为临床优化乙型肝炎治疗方案提供决策依据。方法征集98例未接受过抗病毒治疗的慢性乙型肝炎(CHB)患者为研究对象。通过乙肝表面抗原(HBsAg)基因测序进行基因分型。同时对前C基因及BCP进行测序分析。结果研究对象中HBV基因分型为:A:11例(11.2%);B:20例(20.4%);C:56例(57.1%);D:8例(8.2%);B/C混合型:3例(3.1%)。与其他基因型相比较,基因B和C型的患病率较高。基因型C的前C基因突变率为46.9%(46/98),较其他基因型的高,差异具有统计学意义(χ2=47.85,P<0.01);基因型C的BCP突变率为41.8%(41/98),较其他基因型的高,差异具有统计学意义(χ2=67.14,P<0.01)。结论HBV基因分型以B、C基因为主。基因型C与BCP和前C基因突变密切相关。