简介:摘要目的研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型(CV-A8)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列,采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间,与原型株比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%;与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析,可将CV-A8分为5个基因型:A、B、C、D和E,本研究11株CV-A8分属于C(1株)、D(2株)、E(8株)3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%,P2区进化树图显示,本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近,P3区进化树图显示,本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性,非衣壳区呈现重组多样性,提示CV-A8正在经历变异动态变化; CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体,因此需要进一步加强监测CV-A8。
简介:摘要目的通过转录组和蛋白组数据关联分析,筛选低剂量电离辐射效应相关基因,为低剂量辐射效应的分子机制研究提供新思路。方法于2018年3月,以健康人外周血为样本,分为照射组(150 mGy)和对照组(0 mGy),每组3个样本。提取两组样本总RNA和蛋白,对转录组和蛋白组数据进行关联分析,确定低剂量电离辐射效应相关表达基因,并进行生物过程及分子功能等的分析。结果照射组和对照组差异表达的基因、蛋白数量分别为486、266个,12个基因和蛋白关联(P<0.05)。定量蛋白和基因总体关联性低(rs=0.003 4),变化趋势相同的差异基因和蛋白表达呈正相关(rs=0.678 6),变化趋势相反的差异基因和蛋白表达呈负相关(rs=-0.100 0)。与差异蛋白表达趋势相同的差异基因有7个,其中FBXO7和SNCA表达上调,ORM1、ORM2、HIST1H4J、HBZ、LYZ表达下调;表达趋势相反的基因有5个,包括SLC4A1、BCAM、C4B_2、KEL、TGM2,均在基因水平上调,蛋白水平下调。差异基因涉及免疫系统调节、信号转导、酶活性调节、跨膜运输、防御、转录和DNA修复等方面功能。结论转录组和蛋白组数据关联研究筛选出12个低剂量电离辐射效应相关候选基因及其对应的表达蛋白,为深入研究低剂量辐射效应机制提供新线索。
简介:摘要分子诊断正在迅速发展,但许多尚未得到外部评价。Kelly Holloway及其同事发现目前监管体系的不足,并报告了近期做出的一些改革举措。
简介:摘要影像组学是通过多种技术从图像中提取病灶的纹理、形态等定量特征以量化肿瘤异质性的一种技术,已逐步运用于肝内胆管细胞癌的诊断、生物学行为预测及治疗后评估等方面。但肝内胆管细胞癌影像组学仍存在数据质量参差不齐、提取的特征缺乏一定稳定性和可重复性、推广适用性较差等局限。作者就影像组学在肝内胆管细胞癌中的应用展开综述。
简介:摘要目的通过检测不同时间点肺爆震伤小鼠肺蛋白质组学变化,探究肺爆震伤损伤机制。方法60只健康雄性C57BL/6小鼠,随机(随机数字法)分为对照组、爆震后12 h组、24 h组、48 h组、72 h组及1周组(每组10只)。在北部战区总医院动物实验室进行实验,利用自主研发的精准爆震装置建立小鼠肺爆震伤模型;通过大体观察和HE染色评价肺组织损伤情况;基于液相色谱-串联质谱联用(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)的蛋白质组学技术对小鼠肺组织蛋白进行定量分析,筛选出差异表达蛋白,在此基础上利用生物信息学工具分析蛋白质组学变化。结果肺爆震伤后,小鼠肺组织表面可观察到散在出血点,且随时间延长逐渐增多,24 h出血最为严重。HE染色可见爆震后12 h和24 h的肺泡正常组织结构消失,肺泡腔内弥漫性出血,大量炎细胞浸润,肺间质渗出液增多,肺泡壁增厚,肺泡腔萎陷融合。LC-MS/MS共鉴定到6 861个蛋白质,定量到608个差异表达蛋白,其中在12、24、48、72 h及1周分别有227个、140个、202个、258个和71个差异蛋白。基因本体论(gene ontology, GO)分析得到包括细胞粘附、细胞外基质组织及胶原原纤维组织等130个生物进程子类,外泌体、细胞外基质及细胞质等66个细胞组分子类,以及细胞外基质结构组成、肌动蛋白结合及抗氧化活性等43个分子功能子类。KEGG分析共得到细胞外基质受体相互作用、黏着斑及PI3K-Akt信号通路等24个子类。结论小鼠肺爆震后早期不同时间点差异表达蛋白组合亦不同,损伤机制复杂,特别是12~24 h肺损伤最为严重,炎症反应显著。
简介:摘要手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)是我国5岁以下儿童常见的丙类传染病,由多种肠道病毒引起。近年研究发现柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CVA10)逐渐成为HFMD主要病原体之一,其感染呈上升趋势,与肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)、柯萨奇A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)、柯萨奇A组6型(coxsackievirus A6,CVA6)呈共循环流行。CVA10细胞受体为含环状结构跨膜蛋白1(recombinant kringle containing transmembrane protein 1,KRM1),特异性中和抗体命名为2G8,相关动物模型中的疫苗主要为灭活疫苗及病毒样颗粒疫苗。该文就CVA10的细胞受体、中和抗体、疫苗与动物模型研究等方面做出阐述,为HFMD的防控提供一定思路。
简介:【摘要】目的:为提高编码质量,对疾病诊断相关分组未入组病案编码进行分析。方法:对我院于2019年3月至2020年3月共100份未入组病案编码进行回顾性分析。对分析原因实施针对性改进措施。结果:临床知识欠缺占总数
简介:摘要代谢组学是效仿基因组学、蛋白质组学研究思想,对生物体内所有代谢物质进行定量分析,并寻找其代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式,是系统生物学的组成部分。其研究对象大都是相对分子质量为1 000以内的小分子物质。恶性食管肿瘤是常见的消化道肿瘤,全世界每年约有30万人死于其疾病,且其发病率和死亡率各国差异很大。由于恶性食管肿瘤的早期症状常不明显,且其诊断在临床上难以实现,目前仍未有可靠技术手段对其进行早期诊断。而代谢组学出现又在其研究中越发深入,有望成为其诊断及疗效评价的可靠手段之一。因此,本文就代谢组学在恶性食管肿瘤的诊断及应用展开讨论,对其当前所存在的问题加以阐述,并提出一系列新的观点。
简介:摘要目的探索梅毒螺旋体在二期梅毒皮疹中的分布特点及其与组织病理的相关性。方法选取2008年1月至2018年12月在北京协和医院皮肤性病科通过组织病理检查,并根据临床表现和血清学检查确诊的二期梅毒患者41例,分析皮损组织切片的免疫组化结果,并以此为分组依据,分析不同组间临床及组织病理特点的差异。对连续数据使用t检验或Kruskal-Wallis检验评估两组间差异;对分类数据使用卡方或Fisher精确检验来评估组间差异。结果免疫组化检查显示,42份二期梅毒皮损切片中,68.3%存在梅毒螺旋体,主要分布于表皮下部及真皮浅中层。以斑疹为主的二期梅毒疹的梅毒螺旋体阳性率[80%(16/20)]较以丘疹为主的二期梅毒疹[50%(11/22)]高(P < 0.05)。在10种病理特征中,免疫组化阳性组较阴性组更常表现出皮突延长(P < 0.05)、基底细胞液化变性(P < 0.05)、角质层中性粒细胞浸润(P < 0.05)、苔藓样浸润模式(P < 0.05)、点状角质形成细胞坏死(P < 0.05)。免疫组化显示有较多数量梅毒螺旋体的切片表现出更多病理特征(H = 17.914,P < 0.001)。梅毒螺旋体免疫组化染色显示有大量(8份)、中量(14份)及少量(5份)梅毒螺旋体的切片分别平均有8种、7种及6种梅毒特异性组织病理特征;15份梅毒螺旋体免疫组化阴性的组织切片平均只有4种病理特征。结论免疫组化可以显示梅毒螺旋体在二期梅毒皮疹中的分布,梅毒螺旋体含量较多的组织切片显示更多的梅毒特异性病理特征。