简介:高通量测序技术速度快、成本低、通量高,广泛应用于miRNA领域研究。本研究基于高通量测序技术所产生的海量小RNA数据,结合已有的数据分析软件,开发了一套快速高效一键化的miRNA分析流程。该流程整合多个生物信息学数据分析软件,对多个miRNA高通量测序数据集进行标记、整合和去冗余分析,只需运行一次核心程序就可以实现对多个miRNA高通量测序数据的分析,避免每个样本单独数据分析的技术重复,精简后的数据集能大幅度减少软件计算量,显著提高软件运行效率。本研究利用快速高效miRNA分析流程分析黄颡鱼性腺XX卵巢、XY精巢、YY精巢的miRNA高通量测序数据,获得一批准确的黄颡鱼保守miRNA。在相同参数设置下,miRNA分析流程可以显著节约分析时间。该流程最终输出结果为多样本整合后的miRNA表达数据,便于研究者直接进行样本之间的比较和miRNA的表达差异,减少研究者手动整合分析结果的操作步骤。miRNA分析流程针对多样本miRNA测序数据具有明显的优势,样本越多测序量越大,软件运行效率越高。针对日益积累的海量小RNA测序数据,miRNA分析流程高效快速一键化数据处理优势将会越来越明显。
简介:在新疆维吾尔自治区某养殖场取患病虹鳟Oncorhynchusmykiss组织样本,进行传染性造血器官坏死病毒(Infectioushematopoieticnecrosisvirus,IHNV)分离鉴定、电镜观察、回归感染及遗传进化分析研究。细胞培养结果显示:患病虹鳟组织样本能够感染鲤Cyprinuscarpio上皮细胞(carpepithelialcell,EPC)产生典型细胞病变(cytopathiceffect,CPE),收集病毒悬液命名为XJ-13。滴度测定实验表明:该病毒为10-(6.15)TCID_(50)/mL。回归感染实验表明:该分离株在浓度为10-5PFU/尾的剂量使体质量5g的虹鳟死亡率达87.5%。通过透射电镜观察发现患病虹鳟组织悬液感染的EPC细胞内存在大量的子弹状病毒粒子,PCR鉴定结果表明该病毒为IHNV。XJ-13的糖蛋白氨基酸序列的聚类分析结果显示,该病毒株与我国IHNV-Sn1203株具有最高的同源性(99%),与美国参考株WRAC的同源性为94.6%。结果表明:IHNVXJ-13是造成该养殖场虹鳟大量死亡的病原。