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  • 简介:研究寡核苷酸芯片的重复性与间隔臂(spacer)和探针长度之间的相关性.设计12条不同长度的带有不同spacer的探针,与749bp荧光标记靶序列杂交.扫描分析三次杂交结果,用Quantarray定量分析软件进行分析.随探针长度的延长,杂交信号的变异系数逐步降低.15mer的探针杂交的信号较弱,杂交不够稳定,重复性也相对较差.20mer、25mer、30mer的探针的变异系数逐渐降低.spacer为15时变异系数最小.说明选择spacer为poly(dT)15的25mer和30mer的探针可以获得较好的重复性.

  • 标签: 间隔臂 探针长度 寡核苷酸芯片 相关性 杂交重复性 变异系数
  • 简介:核苷多态性(SNP)是继限制性片段长度多态性、微卫星标记之后的第三代分子标记,通常呈双等位基因多态.本文从SNP的特点、SNP的发现与检测、SNP数据库、SNP的频率及其与表型的关系等方面简述了SNP在鸡遗传变异中的研究及应用进展.

  • 标签: 单核苷酸多态性 遗传变异
  • 简介:目的:人肌球蛋白7A(MYO7A)基因是遗传性耳聋分子筛查的候选基因之一。从已知的MYO7A非同义单核苷多态性(nsSNPs)位点数据库中筛选可能与致病表型相关的nsSNPs位点,以提高MYO7A基因耳聋分子诊断的有效性和准确率。方法:首先,从NCBI数据中心的dbSNP数据库(dbSNP)和DeafnessVariationDatabase数据库获得MYO7A基因的SNPs数据和基因的相关信息;然后,通过SIFT、PolyPhen-2、PANTHER、PhD-SNP、MutationTaster、SNP&GO和MutPred软件进行nsSNPs表型致病性分析,预测潜在致病位点;接着,应用ClustalX2和GeneDoc软件进行同源氨基序列比对,分析潜在致病的nsSNPs位点保守性;最后,应用SwissModel平台选择性地对某些突变蛋白质的三维结构进行建模,并分析结构域的变化。结果:预测出MYO7A的104个高风险致病的nsSNPs位点,包括25个已报道的耳聋相关nsSNPs位点;高风险致病的nsSNPs位点中,有42个位于肌球蛋白马达(myosinmotor)结构域,其中12个预测有致病风险的nsSNPs位点与MYO7A基因致聋的突变研究报道一致。肌球蛋白马达结构域中包含30个新预测的潜在致病性nsSNPs位点,其中仅L366P位点在7个预测软件中具有高度一致性。通过对L366P位点位点突变前后的三维模型构建,发现存在蛋白结构的改变,且同源性比对结果显示了该位点的高度保守性。结论:MYO7A的L366P为潜在高风险致病性nsSNP位点,推测该基因突变可能与耳聋表型相关。本研究所采用的分析筛选方法对MYO7A基因突变的临床筛查及其他致病基因的nsSNPs筛选具有重要的参考价值。

  • 标签: 人肌球蛋白7A 非同义单核苷酸多态性 遗传性耳聋 基因型 表型
  • 简介:目的:探讨中国汉族人群甘露糖结合凝集素相关的丝氨酸蛋白酶(MASP2)基因单核苷多态性(SNP)的连锁不平衡和单体型,为相关研究提供更为详实的数据。方法:选取30例广州汉族无关个体,用重新测序的方法进行MASP2基因SNP的发掘,构建连锁不平衡(LD)模式,与HapMap公布的其他4个人群数据相比,并选择4个标签SNP(tagSNP)在232例北京汉族个体和291例广州汉族个体中分析MASP2的多态性和单体型。结果和结论:对MASP2的重测序共检测出16个SNP,LD分析显示来自中国不同地区人群的LD模式基本相同,与来自美国和日本的人群存在差异;北京和广州地区汉族人群tagSNP的等位基因和基因型频率分布不存在显著差异。

  • 标签: 甘露糖结合凝集素相关的丝氨酸蛋白酶 单核苷酸多态性 连锁不平衡 单体型
  • 简介:基因芯片是近年来产生的一项生物高技术。它是利用原位合成或合成后交联法,将大量的核酸片段有规则地固定在固相支持物如载玻片、金属片、尼龙膜上,制成芯片,然后将要检测的样品用荧光素或同位素标记,再与做成的芯片充分杂交,通过对杂交信号的检测来分析样品中的信息。基因芯片技术已在基因表达水平的检测、基因点突变及多态性检测、DNA序列测定、寻找可能的致病基因和疾病相关基因、蛋白质作图、基因组文库作图等方面显示出了广阔的应用前景。

  • 标签: 基因芯片 DNA芯片 DNA微阵列 基因组研究
  • 简介:生物芯片是上世纪末发展起来的一种微量分析技术,因具有准确、快速、信息量大等特点而发展迅速。简要介绍了生物芯片的基本原理、种类及其X-作原理与应用前景,并深入探讨了生物芯片在食品检测中的应用,包括对转基因食品、食品微生物、食品营养成分、食品原料等的检测;对现今生物芯片应用中存在的问题与未来的发展前景做了分析展望。

  • 标签: 生物芯片 食品检测 应用 展望
  • 简介:基因芯片技术是20世纪90年代中期在生命科学领域中发展起来的一种分子生物学新兴技术,是多学科的交叉融合。简要概述了基因芯片技术的产生、原理、特点、制作方法和类型,及其在新基因发现中的应用。

  • 标签: 基因芯片 新基因 应用
  • 简介:在VC生产中,为了使提取与转化传送物料自动化、连续化,那么就不能直接运输古龙固体物料,而是要把古龙转变成溶液形式,来便于运输和设计工业化方案。本文是自动化理念的前期工作,考察古龙甲醇溶液在不同配醇比下的稳定性,对外观、质量、杂质分析等进行充分研究考察,分析其变化规律,为连续化生产设计提供有效参数。

  • 标签: 古龙酸 古龙酸甲酯 古龙酸甲醇溶液 酯化 稳定性
  • 简介:一张指甲盖大小芯片,整合了6种常见的柑橘病虫害的近20个基因特征片段,只需要提取一点患病柑橘的样本,多种疾病可一次性被检测出来。7月25日,记者从重庆市科委获悉国内首款柑橘病虫害基因芯片已在重庆诞生。

  • 标签: 基因芯片 病虫害 重庆市 柑橘 基因特征 一次性
  • 简介:基因芯片是近年发展起来的一种高通量的核酸分析技术,已成为“后基因组时代”的重要分析工具之一。本文简述了基因芯片的概念、分类及特点,并对基因芯片技术在性传播疾病病原体淋球菌、沙眼衣原体、解脲脲原体和人乳头瘤病毒研究中的应用作了综述。

  • 标签: 基因芯片 性传播疾病 病原体 核酸分析技术
  • 简介:基因芯片又称DNA微阵列,分为cDNA微阵列和寡聚核苷微阵列.DNA微阵列技术是探索基两组功能的一种强有力工具.扼要介绍基因芯片、表达谱芯片技术和原理,以及基因芯片技术在肿瘤基因组学中的应用。

  • 标签: 基因芯片 DNA微阵列 表达谱芯片 肿瘤基因组学
  • 简介:根据Genbank中大肠杆菌嘌呤核苷磷酸化酶(PNP)基因的核苷序列,设计并合成了一对引物,以大肠杆菌基因组DNA为模板,进行PCR扩增,并将扩增产物定向连接到克隆、测序及真核表达载体PCDNA3中,进行酶切鉴定、测序及序列分析。结果表明PCR扩增出741bp大小的片段,通过酶切和序列分析证明含完整的PNP基因序列且基因插入方向正确,此序列与文献报道的PNP基因的同源性为99.7%。说明克隆的PNP基因与文献报道的基本一致,pcDNA3-PNP的构建成功为今后用其进行基因转染来研究PNP/Mep-dR自杀基因系统在肿瘤基因治疗中的应用打下了基础。

  • 标签: 大肠杆菌嘌呤核苷磷酸化酶 自杀基因 分子克隆
  • 简介:基因芯片实验要得到可靠的生物学结论,必须基于优化的实验设计和科学的数据分析。讨论了与基因芯片数据分析方法相关的实验设计方面的几个问题,简述了差异表达分析、聚类分析及功能富集分析等分析方法及其进展,并介绍了部分软件及应用。

  • 标签: 基因芯片 统计分析 聚类分析 基因注释
  • 简介:细胞电生理学对细胞生物学、医学和药物开发是极其重要的,美国普度大学的波特菲尔德等人新近开发了一种集成微电子器具(MEMS)系统,与目前的电生理学系统相比具有显著的优越性能,将对药物开发带来巨大影响。

  • 标签: 细胞生物学 电生理学 药物发现 革命性 芯片 药物开发
  • 简介:基因芯片技术具有高通量、高度平行性、高度自动化的特点。在对传染病病原体的研究中,基因芯片技术已应用于耐药性相关遗传多态性分析、基因分型、生物种系的遗传进化分析、宿主与病原体相互关系分析、病原体检测等。但在病原体检测方面,与检测细菌相比,基因芯片技术对病毒的高通量检测难度较大。简要介绍了目前基因芯片技术在病毒性病原体检测中的研究进展、所采用探针的类型及设计原则、基因芯片杂交结果的影响因素等。

  • 标签: 基因芯片 病毒 检测 鉴定
  • 简介:目的:分析血清中酞酯类浓度与肾透析的相关性,探究肾透析患者体内酞酯类的暴露情况.方法:从2013年6月至2015年6月期间我院内科透析室接收并治疗的肾透析患者中随机性抽取100例进行回顾性分析,探究其钛酯类浓度跟肾透析的关系.结果:每次透析时长为2h,3h和4h所测得的酞二丁酯(DBP)浓度分别为(1.05±0.13)x103ug/L、(1.06±0.12)x103ug/L和(1.05±0.11)x103ug/L,组间比较无显著差异(p〉0.05);每次透析时长为2h,3h和4h所测得的酞二辛酯(DEHP)中位浓度分别为(3.35±0.06)x103ug/L、(5.05±0.01)x103ug/L和(4.65±0.23)x103ug/L,组间比较存在显著差异(p〈0.05),具有统计学差异.结论:肾透析患者体内酞酯类主要有酞二丁酯(DBP)和酞二辛酯(DEHP),其中酞二辛酯(DEHP)浓度与肾透析每次的时长存在相关性.

  • 标签: 血清中 酞酸酯类浓度 肾透析 相关性
  • 简介:目的:利用基因芯片技术,以细菌16SrDNA和23SrDNA为靶序列筛选引物和探针,建立快速、准确的检测水产食品中肠道致病菌的方法。方法:将致病菌的16SrDNA和23SrDNA全序列进行软件比对,在可变区和恒定区分别设计特异性寡核苷酸探针和通用性引物,点样于玻片制成基因芯片。致病菌DNA经过通用引物扩增后与芯片上的探针杂交,然后通过扫描图像对结果进行判断。对基因芯片检测的灵敏度进行了评价,并对模拟污染样本进行了实际检测,以验证所建立的方法。结果:设计的4对通用引物在同一条件下能够扩增7种常见肠道致病菌。在均一的杂交条件下能够同时检测单核细胞增生利斯特菌、副溶血性弧菌、霍乱弧菌、金黄色葡萄球菌、弗氏志贺氏菌、鼠伤寒沙门氏菌和肠出血性大肠杆菌O157∶H7;以鼠伤寒沙门氏菌为对象,本方法的检测灵敏度可达到10^-3cfu/mL,实际检测模拟污染的样本的正确率达到100%。结论:建立的基因芯片系统可以准确而稳定地实现对7种水产食品中常见致病菌的通用检测,为食源性感染的诊治与预防提供了有效的技术手段和方法依据。

  • 标签: 基因芯片 食源性致病菌 水产食品
  • 简介:根据已发表的植酶基因phyA序列(GI:4815609和GI:22901877)设计引物,以米曲霉(AsperillusoryaeCohn,编号:ACCC30155)的总DNA为模板,利用PCR扩增得到目的片段.将此片段克隆到表达载体pPIC9K的EcoRⅠ酶切位点构建重组质粒,通过电转化方式将重组质粒转化毕赤酵母(Pichiapastoris).检测结果表明,植酶基因在毕赤酵母中得到了表达.

  • 标签: 米曲霉 植酸酶基因 PCR 毕赤酵母 基因表达 饲料添加剂
  • 简介:多不饱和脂肪(PUFA),尤其是n-3系的PUFA,可以降低脂肪以甘油三酯形式的沉积,同时促进脂肪氧化和葡萄糖合成糖原。其具体机制是PUFA通过激活过氧化物酶体活化增生因子受体α(PPARα)来控制氧化途径过程中的基因表达,而其对脂肪合成途径中有关基因的抑制则是通过降低能传递胰岛素和碳水化合物信息的转录因子与DNA的亲和力和转录因子的核内丰度。尤其是PUFA抑制了类固醇空单元结合蛋白-1(SREBP-1)的核内丰度和表达,降低了核因子Y(NF-Y)、Sp1和肝核因子-4(MNF-4)与DNA的亲和力。

  • 标签: 多不饱和脂肪酸 过氧化物酶体活化增生因子α受体 类固醇调控单元结合蛋白-1 转录
  • 简介:目的:构建人血清白蛋白(hSA)与小鼠乳清蛋白(mWAP)调控序列的杂合基因座。方法与结果:在pBR322载体上连入预先无痕连接的3对同源臂,利用基于Red同源重组系统的缺口修复(gap-repair)技术,分别对8kb的mWAP基因座3′调控区、16kb的hSA基因组编码序列及13kb的mWAP基因座5′调控区进行连续3次基因抓捕,最终将全长37kb的乳蛋白杂合基因座构入pBR322载体;通过PCR扩增、限制性内切酶消化和序列测定验证,确定mWAP基因座中的编码序列被精确地置换为hSA的基因组编码序列。结论:构建了整合有mWAP-hSA杂合基因座的pBR322载体,为研究杂合基因座在乳腺中的表达效果及置换型基因座表达的可行性提供了数据。

  • 标签: 小鼠乳清酸蛋白 人血清白蛋白 缺口修复 细菌人工染色体