简介：摘要目的分析2021年1月北京市某区一起新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组特征及变异情况，为疫情防控和风险评估提供参考。方法收集此次疫情相关呼吸道样本和外环境样本26份，使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析，对基因组数据拼接整理后进行一致性分析、变异位点分析及系统发生分析。结果共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列26条。26条病毒基因组之间高度一致，与参考株基因组（NC_045512）相比，核苷酸序列一致性中位数为99.896%，氨基酸序列一致性中位数为99.733%。26例病毒属于GR分支，共存在33个核苷酸突变位点，分布在ORF1ab、S、ORF8和N基因上，对应27个氨基酸突变位点，包括S蛋白69-70位缺失、N501Y、D614G等。病毒具有近期英国变异株（VOC 202012/01）的关键特征，属于英国变异株的类似株。结论此次聚集性疫情为同一传播链，疫情病毒为境外输入的英国变异株的类似株。

简介：摘要目的评估三种商业化试剂盒对新型冠状病毒奥密克戎变异株核酸检测的效果。方法收集2021年12月北京市监测发现的经测序分析确定为新型冠状病毒奥密克戎变异株的咽拭子标本8份，同时收集北京市2021年11月监测发现的新型冠状病毒德尔塔变异株咽拭子标本5份，用三种针对新型冠状病毒奥密克戎变异株的商业化荧光定量RT-PCR试剂盒进行检测，对检测效果进行比较分析。取其中两份Ct值较低的样本10倍系列稀释5个梯度，用于比较检测试剂的灵敏性。结果三种试剂盒均能特异性地检出8份奥密克戎变异株和5份非奥密克戎株（德尔塔变异株）。试剂A和B的灵敏性高于试剂盒C一个稀释度。结论三种试剂盒均能特异性地检测奥密克戎变异株。试剂盒A核酸用量最少，虽然只检测一个变异位点（Q498R），但该位点是奥密克戎变异株特有的，从而使实验操作和结果判定都更简便。

简介：摘要目的评估三种商用试剂盒对新型冠状病毒英国B.1.1.7变异株的检测效果。方法收集2021年1月北京市某区新冠肺炎聚集性疫情期间的10份鉴定为B.1.1.7变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本，同时收集2020年6—12月北京市监测发现的10份鉴定为非变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本做为对照。用三种可检测该变异株的商业化试剂盒分别进行检测，分析比较检测结果。结果三种试剂盒中，以B试剂盒的检测效果最差，C试剂盒的综合效果最好，其检测灵敏度可达1 000 copy/mL。结论部分检测试剂盒在灵敏度、稳定性等方面还有待进一步提高。为保证检测结果的质量，需要及时评估检测试剂对变异株的有效性，以使新冠病毒的检测更迅速，检测结果更可靠。

简介：摘要目的对延庆区新冠肺炎聚集性疫情进行流行病学调查和基因测序，分析病例的感染来源、传播链条、防控措施，为新冠疫情防控提供参考。方法对病例开展流行病学调查，应用大数据技术对病例的活动轨迹进行核查，对风险点位进行调查管控，判定和管理密切接触者，并对人员和环境开展核酸检测，对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测，对报告的病例进行全基因组测序、比对，分析感染来源和传播链。结果2022年7月4日至7月10日，延庆区聚集性疫情共涉及16例新冠病毒确诊病例（普通型1例、轻型15例），其中延庆区8例，顺义区5例，通州区、昌平区、丰台区各1例，毒株分型均为新冠病毒Omicron亚型变异毒株BA.5，潜伏期中位数为3 d。指示病例为1例从美国入境人员，6月15日至6月30日在上海隔离点隔离，7月1日隔离期满后返京，7月4日诊断为确诊病例，在工作单位传播给同工作、同餐人员引起的聚集性疫情。结论OmicronBA.5亚分支正成为全球主要流行毒株，要加强入境人员管理，做好口岸城市疫情防控工作。加强疫苗接种、核酸检测等常态化防控措施落实，早期发现疫情后，采取科学精准的防控措施。