摘要目的了解青海省自然疫源性病区小型兽类空间分布，并以线粒体细胞色素C氧化酶亚基I（COI）基因作为分子标记，对捕获的小型兽类进行分子水平的物种鉴定。方法2009 - 2016年，在青海省6个州的16个市（县），采集小型兽类标本为研究对象，分析小型兽类地区分布、不同海拔分布、生态环境类型分布；采用PCR扩增小型兽类的COI基因部分片段序列（长度约650 bp），并进行同源性比较、遗传距离和系统发育分析。结果共捕获小型兽类1 631只，分别隶属于3目7科21属30种；其中啮齿动物926只，分别隶属于5科19属25种，占56.78%。格尔木市采集的小型兽类数量最多（313只），2 800 ~ < 3 000 m的海拔段为小型兽类分布最高峰（532只），沙地草原捕获数量最多（612只）。共成功扩增292只小型兽类COI基因，同源性比对与目标序列一致。种内遗传距离为0.01% ~ 2.90%，种间遗传距离为4.00% ~ 12.00%，种间遗传距离大于种内遗传距离；属间遗传距离为13.00% ~ 21.00%，科间遗传距离为22.00% ~ 25.00%。邻接法（NJ）系统发育树显示，同种个体聚为有很高支持度的单一分支共形成20个，置信度为98% ~ 100%。结论青海省小型兽类空间分布受地区、海拔、生态环境等自然地理因素的综合影响，且分子鉴定法可弥补形态学鉴定中的不足。
