Existence of Microsatellites in Expressed Sequence Tags of Common Carp (Cyprinus carpio L. ) Available in GenBank dbEST Database

(整期优先)网络出版时间:2006-01-11
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表示顺序标注的普通鲤鱼(EST)为存在ofmicrosatellites,或简单顺序重复(SSR)被分析。在NCBIdbEST数据库,10612sequences的一个总数在2004年12月31日前被登记。2-6nucleotidemicrosatellites的完全的搜索导致了513包含SSREST的鉴定,为4.8%总数的财务。聚合分析显示包含SSREST的73个序列掉进27个组并且留下440EST是独立的。467唯一的包含SSREST的一个总数被识别。这些EST-SSRs包含了许多简单顺序类型,并且di-nucleotiderepeats和tri-nucleotiderepeats是最丰富的,为42.1%全部和27.9%的财务分别地。thedinucleotide重复,CA/TG是最丰富的,由GA/TC列在后面。BLASTx搜索证明SSRloci的that38.1%能与基因或蛋白质被联系知道或包含SSREST的未知function.BLASTx搜索也在zebrafishsequences上显示出点击的高频率(98/179)。