(二)组织模式
信用社改革的组织模式，不仅因产权模式的主张不同而不同，而且即使产权模式的主张相同，设计的组织模式也可能存在差异。目前，信用社组织模式的改革方案，主要集中在以下两个问题上。(1)是否取消基层社的法人地位。阎庆民、向恒(2001)主张合作形式仍应保持基层社一级法人制度不变，待社员合作意识增强、参与民主管理的积极性提高之后，再逐步取消基层社法人制度。但是，彭宇文(2004)、吴王番(2005)则主张，县级联社变为一级法人，取消基层社的法人地位，把基层农村信用社改制成为营业机构。(2)如何组建多层次组织机构。张长全、胡德仁(2003)认为，将农村信用社分别建成合作银行、以县级联社为一级法人、将多家农村信用社合并为一级法人、以单一农村信用社为一级法人的多层次产权形式。雷春柱(2004)则认为，合作制金融体制可以采取省联社、县市信用社、乡镇分社的组织形式，实行省联社、县市信用社两级法人体制；也可以采取省联社、县市联社、乡镇信用社的组织形式，实行省、县、乡三级法人体制。
(三)管理模式
对信用社管理模式的探讨，主要集中于是采取行政管理还是行业管理。陈剑波(2000建议，建立地方银行监管体系作为信用社管理体制设置的试点内容之一，并且提出两种具体方式：(1)将农村金融体制改革领导小组办公室变为独立的省级信用社管理局或办公室别人省政府行政序；(2)建立省联社进行业务管理。但是，张杰斌(2005)却论述了省级政府的行政管理对经济法基本原则的背离，以及省级联社行政化的危害，认为联社及基层社不可能建立起符合现代法人治理结构的组织模式。因此，建议防止省级联社行政化，而应确立协会的经济法主体地位，发挥信用社协会的作用。彭宇文(2004)、陈岷(2005)则认为，应建立农村信用社的自律机构——农村信用社协会。此外，欧阳仁根、张庆亮(2003)主张，建立金融监管为主、行业管理为辅、民主管理为基础、社会监管为约束的农村合作金融管理体系。
(四)金融监管
在金融监管方面，主要探讨农村合作金融市场准人、金融机构退出机制、金融危机处理机制、金融风险防范预警系统等内容。其中，对金融危机处理机制的讨论比较集中，而且主张建立下列三种应对措施。(1)存款保险制度。纪琼骁(2003)建议，农村合作金融存款保险制度的基本组织形式必须高度集中统一，权力集中于中央。欧阳仁根(2004)则建议中国的合作金融存款保险机构应当采用官民合办的模式，在投保方式上采取强制性投保方式；此外，欧阳仁根还设计了投保人、存款保险标的和最高赔偿额、保险费率的确定等具体内容。但是，陈林(2005)却从农村信用社信息不对称的问题较之于大型商业银行不是那么严重，以及存款保险制度能助长银行及其股东风险偏好两个方面，认为信用社不应充当存款保险制度先行者。(2)专项风险基金。陈剑波(2004)认为在金融风险分担机制方面，除了建立全国存款保险，还应建立专项风险基金。即中央、省政府每年从银行业新增税收中划出一定比例投入基金；基金在存款保险机构资金不足以进行破产清算或银行重组时，可以作为存款保险的借款来源之一。陈林(2005)也认为应借鉴美国和德国的基金制度，为合作金融体系提供信用保证。(3)最后贷款人。欧阳仁根、张庆亮(2003)建议中央银行作为最后贷款人，对出现暂时流动性困难的金融机构提供财务援助和救助行动，防止金融体系的动荡。
此外，陈岷(2005)还建议在信用社的责任形式方面，增加“保证责任形式”，并主张自然人人社且探讨了自然人人社的条件；欧阳仁根、黄永华、吴王番等学者还建议加快农村合作金融立法，并就立法内容进了探讨。
三、合会的合法化与农村合作金融组织创新
(一)合会的合法化
合会具有互助合作性质，是合作金融发展的雏形，至今在浙江、福建和广东等地仍然较兴盛。但是，合会并没有被纳人金融监管体系，仍属于非法金融组织。目前，陈剑波(2004)、吴王番(2005)、李伟毅和胡士华(2004)等绝大部分学者都主张合会合法化；乔桂明、陈晓敏(2004)还认为，将农村民间金融组织纳入农村金融体系建设的整体规划，可以有效控制农村金融风险，促进农村民间金融的健康发展。
在合会合法化的具体措施方面，安菁蔚、任大鹏(2005)认为，应借鉴日本或台湾地区的经验，制定《合会运作管理条例》或将合会纳入“民法典”中进行调整。对具有一定规模和管理制度的合会应允许其领取执照开展业务，短期内可限定其利率浮动范围，长期内则可以完全放开利率以自由浮动(郭沛，2004)；应该规范非正规金融活动范围、活动内容、审批程序以及风险处置方式等(陈剑波，2004)。
(二)农村合作金融组织创新
伴随着非正规金融的合法化，一些学者极力主张进行农村金融组织创新。陈剑波(2004)主张发育新的农村合作金融组织、互助性的存贷款机构等，并认为传统的组织资源的充分利用将大大降低实施改革的成本和风险。李昌平(2005)则极力推荐社区发展基金会，他不仅详细总结了社区发展基金会成功的四个基本要点，而且还设计了三种方案：(1)让社区发展基金会承担国家办的农村信用社的中介职能。(2)将国家的农村信用社改造为农民土地银行，将社区信用合作社或社区发展基金会改造成社区土地信用社。(3)让国家的农村信用社维持现状，同时支持社区信用合作社或社区发展基金会发展，形成竞争和合作的格局。
