大学学术同行评议中的利益冲突问题是影响同行评议公正性与客观性的重要因素。从新制度经济学的视角来看,设计一个良性的制度框架是规避大学学术同行评议利益冲突的有效策略。借鉴新制度经济学的分析框架,大学学术同行评议利益冲突治理,应构建正式制度和非正式制度相结合的制度体系。正式制度包括利益冲突的披露与回避相结合,评议专家的遴选与轮换相结合,双盲评审与事后公开评审专家名单相结合,评审意见反馈与评审结果申诉相结合,对同行评议的反评估与奖惩机制相结合等五大制度。非正式制度包括培育以“学术为本”的大学文化,建设良好的学术规范,提升学者的学术道德品质等三大制度。