简介：Microsatellitesorsimplesequencerepeats(SSRs)havebeenfoundinmostorganismsduringthelastdecade.Sincelarge-scalesequencesarebeinggenerated,especiallythosethatcanbeusedtosearchformicrosatellites,thedevelopmentofthesemarkersisgettingmoreconvenient.KeepingSSRsinviewingtheimportanceoftheapplication,availableCDS(codingsequences)orESTs(expressedsequencetags)ofsomeeukaryoticspecieswereusedtostudythefrequencyanddensityofvarioustypesofmicrosatellites.OnthebasisofsurveyingCDSorESTsequencesamountingto66.6Mbinsilkworm,37.2Mbinfly,20.8Mbinmosquito,60.0Mbinmouse,34.9Mbinzebrafishand33.5MbinCaenorhabditiselegans,thefrequencyofSSRswas1/1.00Kbinsilkworm,1/0.77Kbinfly,1/1.03Kbinmosquito,1/1.21Kbinmousey1/1.25Kbinzebrafishand1/1.38KbinC.Elegans.TheoverallaverageSSRfrequencyofthesespeciesis1/1.07Kb.Hexanucleotiderepeats(64.5％-76.6％)arethemostabundantclassofSSRintheinvestigatedspecies,followedbytrimeric,dimeric,tetrameric,monomericandpentamericrepeats.Furthermore,theA-richrepeatsarepredominantineachtypeofSSRs,whereasG-richrepeatsarerareinthecodingregions.

简介：ChengandChurchalgorithmisanimportantapproachinbiclusteringalgorithms.Inthispaper,theprocessoftheextendedspaceinthesecondstageofChengandChurchalgorithmisimprovedandtheselectionsoftwoimportantparametersarediscussed.Theresultsoftheimprovedalgorithmusedinthegeneexpressionspectrumanalysisshowthat,comparedwithChengandChurchalgorithm,thequalityofclusteringresultsisenhancedobviously,theminingexpressionmodelsarebetter,andthedatapossessastrongconsistencywithfluctuationontheconditionwhilethecomputationaltimedoesnotincreasesignificantly.

简介：Inordertostudythefunctionalstructureofthetranscriptionterminatorsandthemechanismoftemination,asurveyofthechromatinstructure,includingthelocationofDNaseIhypersensitivesitesandthenucleosomearrangement,ofyeastADH1andFLPterminatorswasmade.TheresultsshowthatthereisnorelationshipbetweenthefunctionoftheterminatorsandtheexistenceofDNaseIhypersensitivesites.However,itisfoundthatthereisalwaysanucleosmoeattheimmediateupstreamofthetranscriptionalterminationsites.Asacontrol,thechromatinstructuresofthepBR322DNAfragmentsontheyeastshuttervectorsarealsoinvestigatedatthesametime.TherandomnucleosomearrangementonthebacterialDNAinyesastagreeswiththepublishedreports.Anewhypothesis,aboutthemechanismoftranscriptionalterminationisputforwardandthereasonofdifferentnucleosomearrengementontheDNAswhichareoriginallyfromdifferentspeciesinyeastisdiscussed.

简介：Domesticpig(Susscrofadomestica)isoneofthemostimportantmammalstohumans.Alternativesplicingisacellularmechanismineukaryotesthatgreatlyin-creasesthediversityofgeneproducts.Expressionsequencetags(ESTs)havebeenwidelyusedforgenediscovery,expressionprofileanalysis,andalternativesplicingdetection.Inthisstudy,atotalof712,905ESTsextractedfrom101differentnon-normalizedESTlibrariesofthedomesticpigwereanalyzed.TheseESTlibrariescoverthenervoussystem,digestivesystem,immunesystem,andmeatproductionrelatedtissuesfromembryo,newborn,andadultpigs,makingcontributionstotheanalysisofalternativesplicingvariantsaswellasexpressionprofilesinvariousstagesoftissues.AmodifiedapproachwasdesignedtoclusterandassemblelargeESTdatasets,aimingtodetectalternativesplicingtogetherwithESTabundanceofeachsplicingvariant.Mucheffortsweremadetoclassifyalternativesplicingintodifferenttypesandapplydifferentfilterstoeachtypetogetmorereliableresults.Finally,atotalof1,223geneswithaverage2.8splicingvariantsweredetectedamong16,540uniquegenes.Theoverviewofexpressionprofileswouldchangewhenwetakealternativesplicingintoaccount.

简介：象从应用Biosys-tems的AB1700站台那样的新奇微数组技术在信号答应重要增加为微弱地表示的抄本的动态范围和更高的敏感。我们把AB1700数据的一个代表性的集合与同样代表性的AffymetrixHG-U133A数据集作比较。AB1700设计扩大信号在由一个数量级的更低的界限的动态察觉范围。这些高敏感的数据的日志正常信号分发侧面需要被二独立分布表示。另外的秒分发盖住将用Affymetrix技术变未被发现的那些抄本。在AB1700数据的信号依赖者变化分发是信号紧张的重要功能，用合成功能可记述。这些高敏感的transcriptome侧面的急速地不同的结构要求改编或甚至标准微数组分析方法的重新开发。基于统计性质，我们为为如此的开发是必要的AB1700数据导出一个信号变化分发模型。有趣地，在AB1700数据观察的双木头正常分发反映抄写开始的二根本上不同的生物学的机制。

简介：Apicomplexa是感染人和另外的动物的单细胞的有机体的一个极其多样的组。尽管有在在过去的世纪与传染疾病作斗争的大进展，这些寄生虫仍然在人的社会上有巨大的社会、经济的负担，特别地在世界的热带、副热带的区域。从apicomplexa的朊酶在分子、细胞的层次被描绘了，并且中央角色在多样的过程为朊酶被建议了。在这个工作，为胰岛素朊酶编码的16新基因被染色体宽的调查在8个apicomplexan染色体识别。种系发生的分析建议这些基因通过两细胞内部的基因转移和垂直基因转移被获得。调停朊酶的过程的进化起源的鉴定，描述和理解是关键的增加知识并且为新奇化学疗法的代理人和疫苗的发展改进策略。

简介：在Poaceae的钙举起，translocation和累积的机制充分还没被理解。处理这个问题，我们在钙(Ca2+)的silico分析进行了染色体宽的比较级二庄稼种，米饭和蜀黍的transporter基因家庭。基因注解，在上游的行动cis元素的鉴定，种系发生的树构造和基因家庭印射的syntenic用几个生物信息学工具被执行。31Ca2+transporters的一个总数，从12个染色体在9上散布了，从米饭染色体被预言，当除了染色体10，从蜀黍预言的28Ca2+transporters在所有染色体上是分布式的时(Chr10)。有趣地，大多数Chr1和Chr3上的基因显示出在米饭和蜀黍之间的一种反的syntenic关系。这些transporter蛋白质的多重顺序排列和主题分析揭示了在二种之间的高保存。种系发生的树能很好在基因家庭之中识别隧道，ATPases和exchangers的子类。在里面silicocis规章的元素分析建议了与光，应力和荷尔蒙应答以及内乳特定、分裂组织特定的基因表示联系的多样的功能。进一步的实验被保证验证在里面预言的transporter基因家庭的silico分析并且阐明在各种各样的生物进程的Ca2+transporters的函数。

简介：Protein-proteininteractions(PPIs)havebeenwidelystudiedtounderstandthebiologicalprocessesormolecularfunctionsassociatedwithdifferentdiseasesystemslikecancer.Whilefocusedstudiesonindividualcancershavegeneratedvaluableinformation,globalandcomparativeanalysisofdatasetsfromdifferentcancertypeshasnotbeendone.Inthiswork,wecarriedoutbioinformaticanalysisofPPIscorrespondingtodifferentiallyexpressedgenesfrommicroarraysofvarioustumortissues(belongingtobladder,colon,kidneyandthyroidcancers)andcomparedtheirassociatedbiologicalprocessesandmolecularfunctions(basedonGeneOntologyterms).Weidentifiedasetofprocessesorfunctionsthatarecommontoallthesecancers,aswellasthosethatarespecifictoonlyoneorpartialcancertypes.Similarly,proteininteractionnetworksinnucleicacidmetabolismwerecomparedtoidentifythecommon/specificclustersofproteinsacrossdifferentcancertypes.Ourresultsprovideabasisforfurtherexperimentalinvestigationstostudyproteininteractionnetworksassociatedwithcancer.Themethodologydevelopedinthisworkcanalsobeappliedtostudysimilardiseasesystems.

简介：Multisensordatafusion(MDF)isanemergingtechnologytofusedatafrommultiplesensorsinordertomakeamoreaccurateestimationoftheenvironmentthroughmeasurementanddetection.ApplicationsofMDFcrossawidespectruminmilitaryandcivilianareas.Withtherapidevolutionofcomputersandtheproliferationofmicro-mechanical/electricalsystemssensors,theutilizationofMDFisbeingpopularizedinresearchandapplications.ThispaperfocusesonapplicationofMDFforhighqualitydataanalysisandprocessinginmeasurementandinstrumentation.Apractical,generaldatafusionschemewasestablishedonthebasisoffeatureextractionandmergeofdatafrommultiplesensors.Thisschemeintegratesartificialneuralnetworksforhighperformancepatternrecognition.AnumberofsuccessfulapplicationsinareasofNDI(Non-DestructiveInspection)corrosiondetection,foodqualityandsafetycharacterization,andprecisionagriculturearedescribedanddiscussedinordertomotivatenewapplicationsintheseorotherareas.ThispapergivesanoverallpictureofusingtheMDFmethodtoincreasetheaccuracyofdataanalysisandprocessinginmeasurementandinstrumentationindifferentareasofapplications.

简介：codon和氨基酸用法的Multivariate分析为三利什曼原虫种被执行，包括L。donovani，L。infantum和L。主修。所有三种在mutational偏爱和翻译选择下面，这被揭示。在所有三个寄生虫的更低的GC12和更高的GC3S建议与低层的表示基因(腿)相比，祖先的高度表示的基因(HEG)可能富于在内容。这也建议肯定有在在腿的GC偏爱下面的进化的更快的率。它在HEG从synonymous/non-synonymous替换的评价被观察L的HEG数据集。donovani离L靠近得多。evolutionarily主修。这被更高的dN价值也作为与在L之间的dS相比支持。donovani和L。主修，建议同义的codon的保存在这之间放二种和在塑造编码蛋白质的基因的作文的翻译选择的角色。

简介：Inspiredbythecoarse-to-finevisualperceptionprocessofhumanvisionsystem,anewapproachbasedonGaussianmulti-scalespacefordefectdetectionofindustrialproductswasproposed.ByselectingdifferentscaleparametersoftheGaussiankernel,themulti-scalerepresentationoftheoriginalimagedatacouldbeobtainedandusedtoconstitutethemulti-variateimage,inwhicheachchannelcouldrepresentaperceptualobservationoftheoriginalimagefromdifferentscales.TheMultivariateImageAnalysis(MIA)techniqueswereusedtoextractdefectfeaturesinformation.TheMIAcombinedPrincipalComponentAnalysis(PCA)toobtaintheprincipalcomponentscoresofthemultivariatetestimage.TheQ-statisticimage,derivedfromtheresidualsaftertheextractionofthefirstprincipalcomponentscoreandnoise,couldbeusedtoefficientlyrevealthesurfacedefectswithanappropriatethresholdvaluedecidedbytrainingimages.Experimentalresultsshowthattheproposedmethodperformsbetterthanthegrayhistogram-basedmethod.Ithaslesssensitivitytotheinhomogeneousofillumination,andhasmorerobustnessandreliabilityofdefectdetectionwithlowerpseudorejectrate.

简介：Withtheincreaseinminingdepth,mineheatharmhasappearedtobemoreprominent.Themineheatharmcouldberesolvedorreducedbyicerefrigeration.Thus,icetransportationthroughpipelinebecomesacriticalproblem;typicallyflowresistanceoccursintheelbow.Inthepresentstudy,accordingtotheanalysisofthesurfacemorphologyoffishscale,abiomimeticfunctionalsurfacestructurefortheinteriorwallofelbowisdesigned.Basedonthetheoryofliquid-solidtwophaseflow,aCFDnumericalsimulationofice-watermixtureflowingthroughtheelbowiscarriedoutusingfiniteelementmethod.Conventionalexperimentsofpressuredropandflowresistanceforbothbionicandcommonelbowsareconductedtotesttheeffectofthebionicelbowonflowresistancereduction.Itisfoundthatwiththeincreaseintheicemassfractionintheice-watermixture,theeffectofbionicelbowonresistancereductionbecomesmoreobvious.

简介：

简介：ToobtainaprimaryoverviewofgenediversityandexpressionpatterninLycorislongituba,4,992ESTs(ExpressedSequenceTags)fromL.Longitubabudweresequencedand4,687cleanedESTswereusedforgeneexpressionanalysis.ClusteredbythePHRAPprogram,967contigsand1,343singletswereobtained.Blastsearchshowedthat179contigsand227singlets(totally1,066ESTs)hadhomologuesinGenBankand3,621ESTswerenovel.

简介：看到的翅膀果蝇，果蝇suzukii(Matsumura)(双翅目：Drosophilidae)是一个高度杂食的害虫许多野或栽培的果浆和石头水果。从东南亚洲发源，它最近在欧洲和北美洲入侵了大量区域。昆虫microbiotas可以显著地影响宿主生物学的几个方面并且在侵略的种介绍起一个重要作用进新区域，是众所周知的。然而，尽管有D的大经济重要性。suzukii，有限注意到目前为止被给了它的microbiota。在这研究，我们在场内脏的第一深入的描述来自地(本国、侵略的范围)和这只昆虫的labreared人口的细菌的差异。内脏地昆虫的细菌的社区被统治不管他们的起源，由门Proteobacteria的2个家庭：Acetobacteraceae和EnterobacteriaceaeFirmicutes，主要由家庭Staphylococcaceae代表了，在labreared占优势人口。地区是在塑造野生的苍蝇的microbiota的最重要的因素。而且，自从D的建立，在差异之间的否定关联和时间过去了。在一个新区域的suzukii被观察。总的来说，我们的结果显示那个产地，食物资源以及一个新区域的殖民阶段贡献接着，由更快速演变，能影响的侵略种类的细菌的社区招待的形状在新环境的改编。

简介：二维的polyacrylamide胶化电气泳动(2D页)并且帮助矩阵的激光解吸附作用/电离双人脚踏车time-of-flight团spectrometry(MALDI-TOF/TOF-MS)，与联机数据库寻找合并了，被执行调查乳癌和邻近的正常的微分蛋白质胸纸巾。考虑到那浆液白朊富有地在正常被介绍，控制样品，从12在11检测的15个微分点(91.7%)乳癌样品被联机SIENA-2DPAGE数据库寻找和MALDI-TOF/TOF-MS分析识别。结果显示乳癌的病理学的变化涉及物质新陈代谢的扩大，解朊的活动的提升，酶的一些禁止者的活动的衰落等等。与改变的表示涉及乳癌的病理学的进程的一些重要蛋白质可以是有用简历标记，例如alpha-1-antitrypsin，EF-1-beta，组织蛋白酶D，TCTP，SMT3A，RPS12，和PSMA1，SMT3A，RPS12，和PSMA1首先在这研究为乳癌在之中被报导。

简介：增加的证据证明丝氨酸，threonine和酷氨酸残余上的蛋白质phosphorylation是在细菌的主要规章的translational以后修正。这评论在细菌的致病力集中于细菌的phosphoproteome的含意并且在phosphoproteomics和phosphorylation网络的连接加亮方法的最近的开发。在高精确性团spectrometry的最近的技术开发戏剧性地转变了proteomics并且使它可能一些彻底的地点特定的细菌的phosphoproteomes的描述。在一些细菌的phosphoproteomes的高许多酷氨酸phosphorylations在致病力建议他们的角色，特别在病原体主人相互作用的情况中；在细菌的邻蛋白质的高许多multi-phosphorylation地点是相对小的phosphorylation尺寸和蛋白质功能的精细的规定的指示物的赔偿。

简介：在蚕的格林茧，Bombyxmori，被flavonoids累积在丝绸蛋白质，丝心蛋白和丝胶引起。尽管有自然的绿茧的经济价值和flavonoids的医药价值，有在蚕调整flavonoids举起的分子的机制的有限理解，它紧与绿茧的特点被联系。这研究的目的是执行全面分析基于microarray分析在蚕理解flavonoids举起的分子的机制。学习题目是从蚕种类，G200和N100的新格林茧，在2000年代识别的一个新自发的主导的绿茧特点。调整这个特点的基因独立于以前报导的另外的绿茧基因。染色体宽的基因表示在生产种类，G200和N100，和控制取样的蚕的新格林茧之间被比较，它是生产种类872B的白茧。在这些种类之中，N100和872B是near-isogenic线。当时，结果证明130基因在绿茧种类有一致地变化的表示模式与白茧种类相比。在这些之中，我们集中了于与flavonoids新陈代谢和吸收有关的基因，例如糖transporter基因和UDP-glucosyltransferase基因。基于我们的调查结果，我们在蚕为flavonoids吸收和新陈代谢建议潜在的机制。我们的结果暗示蚕可能在药品的研究为flavonoids被用作一个内在的模型。

简介：理解扩大多拷贝microRNA(miRNA)在植物的家庭，我们局部性从到他们的染色体的Arabidopsis和米饭的报导miRNA基因，分别地并且从Arabidopsis观察了117miRNA基因中的那37%个，从米饭的173miRNA基因中的35%个是在染色体的部分复制。为了描绘表示多样化是否多发生在植物之中，拷贝miRNA家庭成员，我们设计了在Arabidopsis和米饭从10个家庭指向48位预言的miRNA先锋的PCR教材。从RT-PCR数据的结果建议在一样的miRNA家庭以内的成员的抄录先锋在不同表示层次是在场的。另外，尽管miR160和miR162序列在Arabidopsis和米饭被保存，我们发现这些基因的表示模式在二种之间不同。这些数据建议那表达式多样化发生了在多拷贝miRNA家庭，在植物增加我们miRNAs的表达式规定的理解。

简介：Inthepost-genomicera,identificationofspecificregulatorymotifsortranscrip-tionfactorbindingsites(TFBSs)innon-codingDNAsequences,whichisessentialtoelucidatetranscriptionalregulatorynetworks,hasemergedasanobstaclethatfrustratesmanyresearchers.Consequently,numerousmotifdiscoverytoolsandcorrelateddatabaseshavebeenappliedtosolvingthisproblem.However,theseexistingmethods,basedondifferentcomputationalalgorithms,showdiversemotifpredictionefficiencyinnon-codingDNAsequences.Therefore,understandingthesimilaritiesanddifferencesofcomputationalalgorithmsandenrichingthemotifdiscoveryliteraturesareimportantforuserstochoosethemostappropriateoneamongtheonlineavailabletools.Moreover,therestilllackscrediblecriteriontoassessmotifdiscoverytoolsandinstructionsforresearcherstochoosethebestaccordingtotheirownprojects.Thusintegrationoftherelatedresourcesmightbeagoodapproachtoimproveaccuracyoftheapplication.Recentstudiesintegrateregulatorymotifdiscoverytoolswithexperimentalmethodstoofferacomplemen-taryapproachforresearchers,andalsoprovideamuch-neededmodelforcurrentresearchesontranscriptionalregulatorynetworks.HerewepresentacomparativeanalysisofregulatorymotifdiscoverytoolsforTFBSs.