简介：对4000条辣椒EST序列进行筛选，获得了119条含有SSR的EST，共设计出35对EST—SSR引物，占所有EST序列的0．87％。在所有的SSR—ESTs中，二核苷酸重复含量最高，其次是三核苷酸重复。GA和AGA分别是二，三核苷酸重复中含量最高的重复基元。以不育系（cytoplasmicmalesterility，CMS），保持系基因组DNA为模板，对EST—SSR引物进行筛选，首次获得Pe21、Pe26和Pe27等3对特异引物，并扩增出特异片段分别为CMSPe2160、CMSPe260、CMSPe27300.EST—SSR标记作为功能基因的一部分，可以直接揭示或反映相关基因功能，特异标记基因的一部分序列，它的应用将对进一步研究辣椒胞质雄性不育分子机理带来一定的促进作用。

简介：普通洋葱（AlliumcepaL.）是一种开放授粉的重要蔬菜作物,在洋葱品种的纯度鉴定中因其亲本保有一定程度的异质性,所以杂交种的纯度百分率难以确定。为了有效地控制杂交种的纯度质量,本研究从收集于各文献的89对引物中筛选出了12对具有多态性的引物,利用筛选出的12对SSR引物对39份洋葱种质进行分析,检测到47条多态性带,平均有效等位基因数为7.25。可变类平均法（Flexiblegrouplinkage）聚类分析表明,SSR标记可将39份洋葱划分为三大类,聚类分析结果与洋葱的自然属性是相符合的。同时发现这些标记在常规品种、亲本自交系内,甚至在杂种一代中都显示出很高的遗传异质性。为了促进和提升繁育品种质量鉴定的准确性,本研究所提出的SSR分子标记辅助育种方案,可通过选定的SSR位点纯和的原种田,制出杂交种。该方案能在选育的几个SSR位点检测出准确的杂交率,还可以有效地监测洋葱F1代杂交种的纯度质量,并且这个方案可以用于任何表现出严重的近交衰退的异花授粉作物的SSR标记分子纯度鉴定,为促进和提升繁育品种质量鉴定的准确性提供帮助。

简介：本课题组利用圭630/台湾粳的DH群体,建立了一个水稻RFLP连锁图.该图谱含175个标记,总长1224.6cM,相邻标记间平均距离为7.0cM.但该图标记分布不够均匀,存在较多空白区,且在第4和第8染色体上分别存在一个断点.本研究试图在原有RFLP图谱的基础上,添加一些SSR标记,以使该图谱标记更加密集和均匀,并消除两个断点.共筛选了361对RM引物,获得了183对多态标记,在12条染色体上共整合了57个RM标记,染色体连锁图总长度为1811.2cM,比原图谱增长了47.9%,相邻标记间平均距离为7.8cM,与原图谱相近.不过,两条染色体上的两个断点仍无法消除,暗示这两个断点区域多态性较低或重组率较高.

简介：对甜玉米自交系1132种子经过空间诱变的材料进行表型鉴定和自交繁殖,在SP2代植株发现穗行数、穗粗、穗轴粗和穗粒重等产量性状上出现变异的果穗,通过连续自交获得穗行数、粒深、穗粗比对照明显增大的稳定变异株系,其根系也明显发达。利用分布在10条染色体的198对引物对16份稳定变异株系的进行SSR多态性分析,发现32对引物存在多态性,变异座位在玉米基因组10条染色体均有分布,但在第3、第4、第8、第9等4条染色体的变异座位明显较多,占总变异座位的69.7%。

简介：国内外关于不同地域亚洲棉遗传多样性是否存在较大差异尚无详细报道。本研究对来源于印度、越南和中国（贵州,广西和云南等省）不同地域的102份亚洲棉进行了SSR遗传多样性分析。研究结果显示，26对SSR引物共检测到103条多态性条带，平均每对引物扩增出约3.96条多态性片段；SSR引物组合平均多态性信息含量、基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.59、0.2835和0.4361；不同地域的亚洲棉遗传多样性程度不同；UPGMA聚类分析和主成分分析结果基本一致，102份亚洲棉可以聚类到三个组，来源于云南的滇亚16号与其他种质遗传距离较远，单独归为一个组。研究结果表明，亚洲棉具有丰富的遗传多样性，不同地域的亚洲棉遗传多样性不同。

简介：本研究利用SSR标记对15份葡萄种质进行了遗传多样性分析。从30对SSR引物中筛选出11对多态性引物,共扩增出107条带。每对引物可检测到等位位点数为4～22,多态率为75%～100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,15份葡萄种质的遗传相似系数在0.20～0.98,平均遗传相似系数为0.398。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.29处,15份葡萄材料可分为2大类群。第一类包含7份山葡萄资源,2个山欧杂交品种,第二类包含3个欧亚种品种、2个欧美杂种品种和1个美洲杂种品种。由此可见,山葡萄与欧亚种、美洲杂种的亲缘关系较远,欧亚种与美洲种之间亲缘关系较近。此外,引物Vmc9a2.1、VMC4F3、VMC4A1、Scu14vv分别在欧亚种‘无核白’、‘山葡萄雄株’（雄1-2,雄1-3）、山葡萄‘左山二’、山葡萄‘双丰’扩增出一条特性条带,这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据。

简介：辣椒资源遗传多样性丰富,育种的潜力大,本研究从分子水平研究不同种间辣椒种质资源的遗传多样性差异,为辣椒种质资源的收集、研究及合理利用提供参考。并首次利用基于辣椒全基因组编码区序列设计152对SSR辣椒基因组引物,用不同地理来源且性状差异显著的11个种（亚种）的24份辣椒种质资源对152对SSR引物进行筛选,从而获得条带清晰、稳定性好的41对SSR多态性引物,并利用NTSYS-pc2.10e和POPGENE32软件分析24份辣椒种质资源的遗传多样性数据。结果表明：41对SSR引物扩增出211个多态性条带,平均每对引物扩增出5.15个位点,说明SSR引物在辣椒遗传分析中有较高的实用性。有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、香农指数（Shannon-Weaver）（I）、多态信息含量（PIC）的均值结果分别为4.0861、0.4198、0.7247、1.4232、0.6654,表明辣椒遗传信息非常丰富。UPGMA方法聚类分析及主成分分析将24份辣椒聚为7类,结果基本与辣椒种类来源相符。

简介：本研究对219份茄子种植资源进行耐涝性鉴定,获得了219份材料的耐涝表型数据。用196个SSR标记对219份茄子种质资源基因组进行扫描,分析219份茄子材料的群体结构及亲缘关系,并采用TASSEL软件的一般线性模型（GLM）方法对标记与性状进行关联分析。最终得到了219份茄子材料的群体结构、亲缘关系以及与茄子耐涝性紧密关联的27个分子标记,为茄子耐涝分子标记辅助育种提供一定参考。

简介：微卫星标记（SSR）是分子育种中常用的遗传标记,葫芦科中仅有黄瓜、甜瓜、西瓜进行了大规模的SSR标记开发,其他作物均不同程度地面临SSR标记缺乏的情况。利用近源物种间分子标记具有一定的通用性,本研究合成源于黄瓜、甜瓜和西瓜的60对SSR标记,从中筛选出42对可用标记,对甜瓜、西瓜、黄瓜、南瓜、苦瓜、冬瓜、节瓜和丝瓜8种葫芦科作物进行验证,分析这三种瓜类SSR标记在葫芦科中的穿梭性。结果表明,42对标记中有29对（69%）能在8种常见葫芦科作物中都得到有效扩增,在5种及5种以上物种中有扩增的引物达到38对,占90.5%,表明这三种瓜类SSR标记在葫芦科作物中有良好的穿梭性,这为葫芦科中数目庞大的未测序作物提供一种切实可行、高效低成本的分子标记开发方法。

简介：为有效利用SSR-PCR技术分析国家一级重点保护植物银缕梅的遗传多样性,采用正交试验设计L16（43）,即3因素4水平,对影响SSR-PCR扩增结果的因素（引物,模板DNA浓度和循环数）进行优化筛选,并在此基础上对聚丙烯酰胺凝胶上样量进行优化,建立了适合银缕梅的最佳SSR-PCR反应体系：10μL2×PCRMix、40ng模板DNA、10μmol/L引物,其余用ddH_2O补齐至20μL。PCR扩增程序为：95℃预变性15min,95℃变性30s,57.5℃退火1.5min,72℃延伸1min,30个循环,循环结束后,60℃延伸30min,扩增产物4℃保存。聚丙烯酰胺凝胶电泳上样量以1.5~2.0μL为最佳。利用优化后体系进行引物筛选,从18对引物中筛选出11对具有多态性引物,说明该反应体系具有良好的稳定性。该体系的建立可以为今后利用SSR标记对银缕梅遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供基础。

简介：本研究应用ISSR和SSR技术建立了24个水稻光温敏核不育系的DNA指纹图谱,利用13个ISSR引物和20对SSR引物,分别获得174个多态性片段和62个多态性片段,平均每个ISSR引物检测到13.38个多态性片段,远远高于SSR引物的检测率.根据遗传距离进行的聚类分析表明,利用这两种标记所得的聚类结果十分相似,24个材料被聚为粳型,偏籼型和籼型三个类群,在籼型不育系类群内,又可明显的分成三个亚类群,其中7个安农S-1衍生的不育系聚为一类,与农垦58S衍生的不育系有明显的遗传差异.根据两种标记计算的遗传距离及其遗传关系,所得的结果仍有一些差异,但总体趋势是一致.研究结果表明,ISSR和SSR标记适用于构建DNA指纹图谱,进行分类鉴定和遗传分析.

简介：本研究利用SSR分子标记技术,对甘蓝型杂交油菜秦优11号的双亲及F1之间的多态性进行了引物筛选和纯度检测技术研究。结果表明,在已筛选的150对引物中,有2对引物（BN12和BN1）表现为稳定的共显性,即杂种表现为父母本互补的带型。利用这2对引物对4四个杂交油菜样品秦优11号进行纯度鉴定,结果分别为79.1%、81.6%、85.5%和86.7%,对应样品田间正季鉴定结果为83.0%、84.8%、87.8%和89.5%,样本株数为200时,误差均在容许误差范围内,这表明筛选的SSR分子标记可以用于秦优11号杂交种纯度的快速、准确鉴定。

简介：以49份申请品种保护提供的品种和47份收集的草莓已知品种为材料,通过从208对草莓SSR引物中筛选出20对多态性好的核心引物,采用变性聚丙烯酰氨凝胶电泳检测和毛细光电泳检测相结合的方式对96份草莓品种进行标记分析,检测每个标记不同等位变异大小,并为每个等位变异选取了相应的参照品种。结果显示：20对引物共检测出206个等位位点,每对引物检测到等位位点6~15个平均10.3个;共检测到600个带型,每对引物检测到带型数11~58个,平均30个,平均多态性信息含量（polymorphisminformationcontent,PI

简介：微卫星标记（SSR）在近缘物种间具有通用性,因其高效率、低成本可广泛用于跨物种间的遗传多样性分析、基因定位和图谱构建等。本试验基于甜瓜基因组测序结果开发了120对SSR标记,研究其在8种葫芦科作物间的通用性及作物内的多态性,并利用NTSYS软件分析37份不同瓜类作物材料间的遗传多样性。结果显示,114对标记均在甜瓜基因组中得到有效扩增,黄瓜中有108对标记有效扩增,通用性比率为94.7%,南瓜中能有效扩增标记最少,其通用性比率也达到了41.2%,在8种葫芦科作物间均通用的标记有29对;通过对通用性标记的多态性分析表明,甜瓜多态性比率最高为61.4%,西瓜、黄瓜、苦瓜、冬瓜、西葫芦、南瓜和丝瓜多态性比率分别为32.5%、14%、4.4%、8.8%、3.5%、13.2%和11.4%;不同作物间的平均遗传相似系数在0.70~0.83之间,其中甜瓜和黄瓜平均遗传相似系数较小,亲缘关系较近,西葫芦和南瓜间的平均遗传相似系数最小,亲缘关系最近。这些通用性标记将有利于提高葫芦科作物整体分子生物学研究水平。

简介：本研究以甜瓜杂交新品种‘西州密25号’和‘西州密17号’及其亲本种质为试验材料,利用SSR（simplesequencerepeats）分子标记检测技术,并结合大田传统鉴定方法对其种子纯度及真实性进行了分析研究。结果表明,从18对SSR引物中筛选得到多对特异性引物可以鉴定出‘西州密25号’与‘西州密17号’杂交种的纯度。‘西州密25号’三批种子纯度分别为98.42%、99.41%、99.38%;‘西州密17号’的种子纯度为99.22%。SSR分子标记鉴定结果与‘西州密25号’和‘西州密17号’的大田植物学形态特征鉴定结果符合率高达99%以上。SSR分子标记方法可以准确鉴定出杂交种纯度及真实性,且大大缩短鉴定周期,可为开展‘西州密25号’和‘西州密17号’甜瓜新品种的杂交种纯度室内鉴定快速检测提供技术支撑。

简介：以2006-2007年度全国冬油菜区试的89份参试品种为材料,运用筛选确定的25对多态性好、带纹清晰的SSR引物对这些品种进行分子标记分析,共获得106个多态性片段,平均每对引物4.2个,多态性比率平均达到77.7%,PIC平均值为0.7991,利用106个多态性片段构建了这些品种的SSR指纹图谱。遗传聚类和主成分分析结果显示,在相似系数为0.95时,89份区试品种完全区分开;同一单位育成的品种的遗传距离较近,不同地区或单位育成的品种间遗传距离较大,揭示的遗传结构与品种系谱来源相吻合;除了少数品种外,大部分品种都具有很高的特异性。对不同类型及不同区片的品种（品系）遗传多样性指数分析,结果显示,杂交种的多样性水平要明显高于常规种;长江中游区品种（品系）遗传多样性指数最高,长江上游区和长江下游区次之,黄淮区最低。

简介：为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种源鉴定方法。本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主要重复类型是单核苷酸重复;11297个SSR位点中不同核苷酸基序类型的SSR有259种,主要以单核苷酸重复基序A/T为主,其次是三核苷酸重复基序AAT/ATT。在此基础上设计、筛选得到16821对特异性引物,其中针对高多态性SSR序列的引物有8706对,随机挑选其中的20对引物对来源于贵州、江苏、福建的6个太子参样品DNA进行PCR扩增,其扩增成功率达70%~80%。太子参转录组SSR分布密度大、类型丰富、多态性潜能高、通用性好,可为开发太子参功能性标记提供前期基础,在太子参种质资源评价和优质种源筛选等方面具有极大的开发价值和良好的应用前景。

简介：简单重复序列（SSR）广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq（specific-locusamplifiedfragmentsequencing）技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个（43.1%）和349个（15.2%）。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明：SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树（无参基因组）SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。

简介：研究甘蓝型油菜种质的遗传多样性，以提高甘蓝型油菜种质的利用效率。本研究从140对甘蓝型油菜SSR引物中，筛选出40对多态性好的SSR标记，并结合植株田间农艺性状特征鉴定，对63份来自四川的甘蓝型油菜种质资源进行遗传多样性、群体结构和性状关联分析。研究结果表明：40对多态性好的引物共检测到152个等位变异，引物平均多态性位点3．8，平均多态信息量（PIC）0．8497；在带型分析基础上，根据相似系数将参试材料聚为5大类群，多数参试材料属于第2、3大类群；在SSR多态信息基础上，对参试材料进行群体结构分析，将参试材料分为4个群体，86％的参试材料Q值大于0．70。对40个SSR位点与8个主要农艺性状用TASSEL软件的GLM（generallinearmodel）模型进行关联分析，共检测到15个位点与农艺性状显著相关，其中6个位点极显著相关。这6个SSR位点分别为：yw222和ywy05标记与全株角果数极显著相关，yw140和yw134标记与主序角果数极显著相关，ywy19和yw138标记与一次分支数极显著相关；其中ywy19同时与每角粒数、主序角果数、主序有效长显著相关。研究结果表明，本研究参试材料具有较好的代表性，遗传多样性较丰富；研究分析所得与农艺性状极显著关联的SSR标记位点在提高甘蓝型油菜种质的利用效率方面具有重要的实践意义。

简介：利用SSR分子标记技术对农作物不同品种进行鉴定具有高效、准确、成本低等显著特点。为建立软枣猕猴桃资源鉴别方法,本研究选用28对SSR引物对10份软枣猕猴桃资源共16个样品进行鉴别,并结合田间农艺性状调查分析。结果表明,‘长江一号’与‘魁绿’无位点差异,其余资源间均存在3个以上的位点差异。田间农艺性状调查结果表明,‘长江一号’与‘魁绿’差异不显著,其余资源间差异显著。在遗传特性及表型上‘长江一号’与‘魁绿’相似度极高,而其余8份种质资源间均存在显著差异。本研究结果为软枣猕猴桃种质资源的鉴别提供可靠的技术支持。