简介：摘要宏基因组学利用新一代高通量测序技术，以特定环境下病原体基因组为研究对象，在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上，进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。目前，绝大部分的宏基因组学研究都集中在临床价值评价，宏基因组检测临床应用前分析性能确认的研究相对空白，北京协和医院检验科研究团队结合多年病原宏基因组检测的经验和国内外相关研究成果，就病原宏基因组项目医院本地化开展前的性能确认工作，从临床预期用途、方法学建立、性能确认、标准操作作业书4个方面提出了具体的实施方案，具体包含：标本类型和病原体范围、生物信息流程建立、生物信息分析参考盘制备和评估、湿实验流程的建立、背景核酸数据模型的建立、参考盘制备和全流程的性能确认等。

简介：摘要目的探讨本地区小儿腹泻的病原菌分布，流行趋势及细菌耐药等情况。方法对我院07年9月到09年9月期间住院及门诊临床诊断为感染性腹泻的466例儿童粪便标本作病原菌分离培养、鉴定和药敏试验，并进行回顾性分析。结果从466例小儿腹泻粪便标本中，分离出病原菌164株，总检出率为35.2%，以肺炎克雷伯菌检出率为最高，164株病原菌中，检出率最高的是婴儿期，其次是幼儿期。腹泻的病原菌可见于各个季节，但有明显的季节高峰期，夏季检出率最高为38.6%。本次肠道菌药敏试验结果显示，耐药率高的有氨苄西林78.5%，还有哌拉西林54.1%，三四代头孢类药物敏感性高。结论条件致病菌目前是小儿腹泻的主要病原菌，头孢类药物可作为经验性治疗腹泻的首选药物，避免滥用抗生素。

简介：摘要目的评估对肺泡灌洗液进行高通量测序对于肝移植术后肺部感染的病原学诊断价值。方法以8例肝移植后怀疑肺部感染引起呼吸衰竭接受有创机械通气受者为研究对象，收集受者的肺泡灌洗液(BALF)及痰标本，对BALF进行高通量测序，同时对BALF及痰标本进行培养，对检测结果进行对比。结果8例受者中，确诊肺部感染5例，高通量测序共检出10种可疑病原微生物21株，确定致病菌8株，致病菌检出率为100%(8/8)，显著高于BALF培养的50%(4/8)和痰培养的25%(2/8)；对于致病的革兰阴性菌，高通量测序与BALF培养无明显差异，两者均优于痰培养；对于真菌、病毒及结核，高通量测序检出率明显优于BALF培养及痰培养。结论BALF的高通量测序可能优于传统培养，尤其是对于部分细菌、真菌、病毒等不易培养或不能培养的病原微生物，高通量测序优势明显，可作为肝移植术后肺部感染病原体检测的新方法。

简介：[摘要]  目的：建立新冠、流感等常见呼吸道病原高通量快速检测方法，为呼吸道传染病防控提供技术支撑和技术保障。方法：采用实时荧光RT-PCR方法和恒温扩增微流控芯片法分别检测新型冠状病毒、流感病毒、呼吸道合胞病毒等多种病原，比对两种方法结果的符合率，建立高通量多病原快速检测方法。结果：719份样本实时荧光RT-PCR方法检出新冠病毒58份、流感病毒45份、呼吸道合胞病毒0份，103份阳性病毒样本恒温扩增微流控芯片法检出新冠病毒55份、流感病毒44份、呼吸道合胞病毒0份。另选新冠、流感、呼吸道合胞病毒均阴性样品30份进行检测，结果均为阴性。两种方法新冠病毒阳性检出符合率为94.83%，流感病毒阳性检出符合率为97.78%，新冠、流感、呼吸道合胞病毒均阴性符合率为100%。结论：恒温扩增微流控芯片法对引起呼吸道综合征常见病原包括新冠病毒、流感病毒、呼吸道合胞病毒等多种病原可以多指标并行检测，实现多病原快速检测，为呼吸道传染病诊断提供技术支撑。

简介：摘要宏基因组高通量测序技术通过对临床样本中微生物和宿主核酸的测序分析，可以无偏倚地检测多种病原微生物，正在逐渐应用于临床感染性疾病病原检测，然而业界对该技术的临床适应证、实验流程、质量管理、性能验证和报告解读等方面仍有困惑。中华医学会检验医学分会临床微生物学组、中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组、中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会组织专家对上述问题进行了讨论并撰写了专家共识，对一些关键问题给出了推荐意见和处理方法，希望有益于业界的良性互动，促进该技术规范和发展，为临床抗感染诊治提供帮助。

简介：摘要近年来，随着高通量测序技术，也称新一代（或下一代）测序技术（NGS）的迅猛发展，在操作流程不断简化、检测通量不断增长的同时，检测成本也大大降低，使其在感染病原检测中呈现出一定的技术优势，并得到越来越广泛的引用。采用NGS技术对临床标本直接进行病原检测的策略包括目标扩增子测序和基于宏基因组测序（mNGS），尤以后者应用更广。mNGS通过直接检测临床标本中病原核酸，帮助明确标本中微生物的种类和相对数量，无需对病原菌进行培养即能够帮助确定引起感染的病原。目前的检测服务多由专业的测序公司提供。对检测结果及其应用价值的考察和评价应从以下几项技术指标进行：测序深度、序列数量、覆盖度、置信度、相对丰度。此外，使用NGS数据对病原生物学特性（如药物敏感性）也可进行准确分析，在结核杆菌等病原的检测中已得到良好的应用。未来，NGS在检测技术、检测流程、检测性能、检测结果应用等方面的快速发展必将对临床感染病原检测带来巨大的技术和应用革新，同时也必将给相关从业者带来巨大挑战和发展机遇。

简介：

简介：目的了解我院新生儿科新生儿肺炎患儿的病原学,为临床合理抗感染治疗提供客观依据.方法回顾性分析2014年1月~2017年4月在我院新生儿病房住院的新生儿肺炎患者63例,行痰培养,采用血标本检测常见的9种呼吸道感染病原体IgM抗体,或呼吸道分泌物行病毒检测.结果新生儿肺炎病原学检出率最高的为肺炎克雷白杆菌（40.54%）,其次为大肠埃希菌（27.03%）,金黄色葡萄球菌（16.21%）,鲍曼不动杆菌（2.70%）,销绿假单胞菌（2.70%）,白色链珠菌（2.70%）,呼吸道合胞病毒（8.11%）.结论我院新生儿肺炎病原菌以革兰阴性菌为主,其中以肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌为主,金黄色葡萄球菌占第3位,呼吸道合胞病毒占第4位,对合理选择抗感染药物具有指导意义.

简介：摘要目的探讨MassARRAY技术高通量检测乙肝病毒耐药基因变异性。方法利用MassARRAY技术软件设计iPLEX引物，根据说明书要求完成PCR扩增、SAP反应、引物延伸，并且利用MALDI-TOF-MS采集、分析iPLEX反应获得的相关数据，完成基因变异位点的确定。选择2014年12月-2017年3月到医院接受治疗的慢性乙型肝炎患者138例，采集多重耐药血清标本，将MALDI-TOF-MS检测获得的HBV基因变异位点区域完成DNA测序，并且将结果与MALDI-TOF-MS结果进行比较。结果拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦等单药耐药或多重耐药有关的基因位点主要包括rtL180M、rtA181M、rtT184G及rtN236T。根据MassARRAYAssayDesign软件设计的延伸引物，MALDI-TOF-MS同时检测、分析上述位点，结果相符。取PCR反应获得的产物2uL，在1%琼脂糖电泳下可见扩增产物为800bP；利用MALDI-TOF-MS技术高通量同时完成33份标本测定，10份标本出现与DNA测序结果不一致，2份标本MALDI-TOF-MS技术高通量未能检测到，1份存在2个检测位点不同。结论将MALDI-TOF-MS技术高通量检测乙肝病毒耐药性效果理想，具有灵敏度高、准确度高，能为临床诊断、治疗及疾病监测提供依据。

简介：高通量测序技术(high-throughputsequencing),又称为下一代测序技术(next-generationsequencing,NGS),具有高准确性、高通量、高灵敏度和低运行成本等突出优势。随着高通量测序技术的迅猛发展,科研工作者开始越来越多地应用高通量测序技术来解决各种生物学问题。本文即对高通量测序技术在病原生物学的应用以及研究进展方面作以综述。

简介：摘要宏基因组下一代测序（mNGS）技术直接针对标本中核酸无偏倚检测病原微生物序列。但是，mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程，对技术平台及人员素质要求较高。为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平，在多项国家科技专项的支持下，本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。

简介：基于国内外迅猛发展的高通量测序技术（第二代测序技术）应用以及精准医学的需求,从技术和成本角度分析高通量测序技术用于同时检测单核苷酸变异（SNV）和拷贝数变异（CNV）的临床应用价值。

简介：摘要目的对沧州各区县的手足口病进行开展病原学研究，为防治提供基础数据。方法收集2011年4月至2016年9月沧州市各区县医院通过临床和病原学手段确诊的1198例患者咽拭子标本，采用实时荧光定量多聚核苷酸链式反应检测肠道病毒（EV）、肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A16型（coxA16）和其他肠道病毒（HEV）。结果1050例检出病原体，其他肠道病毒占48.30%，肠道病毒71型感染占17.10%，柯萨奇病毒A16型占13.48%。其中EV71型肠道病毒合并其他肠道病毒（HEV）占18.57%，柯萨奇病毒A16型合并其他肠道病毒（HEV）占8.09%。结论手足口病在沧州各区县发病高峰月份为5、6、7月，多发于1-5岁儿童。

简介：摘要肺炎的病原学诊断极易误诊和漏诊，是临床和实验室的共同关注点。本文拟对成人社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫受损患者肺炎的病原学检查、病原谱、注意事项、报告等进行综述。

简介：摘要目的探讨低深度高通量基因测序检测染色体拷贝数变异(copy number variation, CNV)在早期流产组织中遗传学诊断的应用价值。方法收集2017年1月至2019年8月在枣庄市妇幼保健院产前诊断中心就诊的332例在孕早期(6～13周)自然流产标本进行拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)。结果332例孕早期自然流产样本均成功检测。共检出致病性明确染色体异常210例(63.25%，210/332)，其中染色体数目异常195例(92.86%，195/210)，染色体结构异常15例(7.14%，15/210)。染色体数目异常中单体29例，三体134例，双重三体10例，三重三体2例，三倍体20例。结论胚胎染色体异常是孕早期自然流产的主要原因。CNV-seq具有检测通量高，覆盖度高，分辨率高，稳定性好等技术优势，可以很好的全面发现胚胎流产组织染色体异常改变，为再次妊娠和临床咨询提供合理咨询建议。

简介：摘要目的了解新生儿肺炎病原学分布，为临床经验性用药提供参考。方法对2011年10月至2012年9月在长沙市第一医院儿科住院临床诊断为新生儿肺炎的80例患儿，采集鼻咽部分泌物，进行痰细菌培养及直接免疫荧光法检测呼吸道病毒，分析病原学分布情况及细菌耐药性。结果80例患儿41例检出病毒阳性或痰细菌培养阳性，病原检出率51.2％，其中呼吸道病毒及痰细菌培养检出率分别为37.5％，36.3％。痰细菌培养以肺炎克雷伯菌（37.9％）最常见，超广谱?-内酰胺酶（ESBLs+）及耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）菌检出率较高，分别达80.0%，85.7%，细菌的耐药性较强。病毒感染以呼吸道合胞病毒（RSV）（66.7％）及副流感病毒3(PIV3)（23.3％）为主。结论新生儿肺炎的病原学有自己的特点，应积极进行病原学检查，根据其结果合理用药。

简介：【摘要】目的：研究和分析新冠肺炎疫情后流感病原学检测结果。方法：使用甲型/乙型流感病毒抗原检测试剂盒检测我院新冠肺炎疫情后即2023年1月-9月收治的8063例发热伴呼吸道症状患者，统计和计算2023年前3个季度的阳性率及总阳性率。结果：2023年1月-9月我院共检测8063份甲型流感标本，其中阳性2814例，阳性率39.40。第一季度是甲型流感高发期， 阳性率显著高于第二、第三季度，有统计学差异（P＜0.001）；第二季度甲型流感阳性率显著高于第三季度有统计学差异（P＜0.001）。结论：新冠肺炎疫情后的第一季度是流感病原学检测阳性高发期，且前3个季度阳性率逐月降低，进一步证实春冬季节是流感的高发期，其中第一季度甲型流感最常见，临床预防及治疗应给予足够的重视。

简介：摘要目的探讨高通量测序（high-throughput sequencing，HTS）技术在脊柱感染病原体检测中的应用价值。方法2019年1月至2020年5月收治疑似脊柱感染患者41例，男31例，女10例，年龄（59.7±11.9）岁（范围29~75岁）。有局部疼痛症状者37例、发热（≥38℃）15例、神经功能障18例。感染部位：颈椎4例，胸椎8例，腰椎29例。36例行病灶清除植骨融合内固定，5例行保守治疗（3例药物治疗，2例化疗）。开放手术获取的病灶组织送病理学检查和HTS检查。保守治疗的2例采用CT引导经皮穿刺获取组织块，1例采用B超引导经皮穿刺获取脓液，1例采集静脉血，1例行腰椎穿刺采集脑脊液。组织块送病理学检查和HTS检查，液体标本送细菌培养和HTS检查。以病理检查结果为"金标准"，计算HTS检查的敏感度和特异度。以HTS结果为依据，结合临床表现、影像学检查和病理学检查结果，术后选择针对性的抗生素或抗结核药物治疗。细菌性感染患者术后抗感染治疗3个月；结核患者采用"四联"（异烟肼+利福平+吡嗪酰胺+乙胺丁醇）抗结核治疗1年。观察治疗前后血液炎症指标变化，监测病情进展及疗效。结果HTS病原体检测结果均在48 h内获得。初期的5例行一代测序验证，符合率为100%。41例中，26例结果阳性，阳性率63.4%，其中结核分枝杆菌13例（占31.7%）、葡萄球菌6例（占14.6%）、真菌和布鲁杆菌各2例（分别占4.9%）。15例检测结果为阴性，包括肿瘤或肿瘤样病变2例。38例行病理学检查，结果提示化脓性感染7例、结核12例、肿瘤或肿瘤样病变2例，其余17例为炎症性病变。HTS的敏感度为80.0%（16/20），特异度为55.6%（10/18），阳性预测值及阴性预测值分别为66.7%（16/24）和71.4%（10/14）。所有患者均随访3个月以上，治疗后3个月白细胞计数由入院时的（7.50±3.26）×109/L降至（6.22±2.53）×109/L，差异无统计学意义（t=1.082，P=0.290）；C反应蛋白由（32.2±34.1） mg/L降至（4.5±10.5） mg/L，红细胞沉降率由（44.2±26.5） mm/1 h降至（18.6±12.1） mm/1 h，差异有统计学意义（t=8.963，P<0.001；t=5.421，P<0.001）。结论高通量测序技术在脊柱感染病原体检测中具有较高的阳性率及敏感度，具有一定的诊断价值。

简介：摘要目的分析辽宁地区手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的主要病原学构成并对柯萨奇病毒(coxsackievirus A CV-A)组6型(CV-A6)和10型(CV-A10)进行基因特征分析，为进一步做好HFMD防控工作提供依据。方法对2018年辽宁地区的4 744份临床标本进行肠道病毒的核酸检测，选择核酸阳性的688份标本进行病毒分离培养鉴定，对6株CV-A6和10株CV-A10进行VP1区核苷酸序列测定及其分子特征分析。结果发病者以1～4岁幼儿为主，高发为7～8月份。4 744份HFMD临床标本中检测到核酸阳性标本3 161份，阳性率66.63%，以除EV71和CA16以外的其他肠道病毒为主(86.68%)。2018年辽宁省分离到的病毒株以CV-A6为主。序列分析显示，CV-A6的流行株属于D3亚群，CV-A10的流行株C基因型。结论辽宁省HFMD发病人群主要以1～4岁幼儿为主，夏季为高发季节，CV-A6是2018年辽宁省HFMD病原的主要流行性别。

简介：摘要我国当前麻疹仍处于不稳定状态，已证实流行的H1基因型是绝对优势本土基因型。近年来的麻疹流行株在H基因和N基因上可能已产生了变异，现行麻疹疫苗免疫保护效果的下降可能与病毒的变异因素有关，为此本文综述麻疹病毒（MV）病原学结构蛋白H和N基因变异研究状况，为制定免疫策略及进一步消除麻疹提供参考依据。