简介：Inthisstudy,28,691genomesequencesand16,566expressedsequencetags(ESTs)ofEucalyptuswerederivedfromtheGenBankdatabase.Atotalof2292SSRlociweresoughtoutfrom1785effectivesequences.ThroughanalysesofSSRlociinformation,theSSRmotiflengthwasnegativelycorrelatedwiththeabundanceoftheSSRs.IntheESTsequencesofEucalyptus,tripletrepeatmotifswerethemostabundant,anddinucleotiderepeatsmotifshadthehighestfrequencies.Subsequently,395pairsofprimersweredesignedbasedontheSSRloci.UsingoptimizedSSR-PCRconditions,340pairsofprimersweresuccessfullyscreened,withasuccessrateof86.1%.Byconstructionofamaximumlikelihoodphylogenetictreeofsixeucalyptspecies,representedbyfivespeciesofthegenusEucalyptusandoneofthegenusCorymbia,thegeneticrelationshipsofEucalyptusurophyllaandE.camaldulensissuggestedbythistreewasfoundtodifferfromthatsuggestedbytraditionalmorphologicaltaxonomy.TheresultsprovideinsightsforevaluatinggeneticdiversityofEucalyptusandanalysisofEucalyptusphylogeneticsusingSSRmarkers.

简介：对4000条辣椒EST序列进行筛选，获得了119条含有SSR的EST，共设计出35对EST—SSR引物，占所有EST序列的0．87％。在所有的SSR—ESTs中，二核苷酸重复含量最高，其次是三核苷酸重复。GA和AGA分别是二，三核苷酸重复中含量最高的重复基元。以不育系（cytoplasmicmalesterility，CMS），保持系基因组DNA为模板，对EST—SSR引物进行筛选，首次获得Pe21、Pe26和Pe27等3对特异引物，并扩增出特异片段分别为CMSPe2160、CMSPe260、CMSPe27300.EST—SSR标记作为功能基因的一部分，可以直接揭示或反映相关基因功能，特异标记基因的一部分序列，它的应用将对进一步研究辣椒胞质雄性不育分子机理带来一定的促进作用。

简介：普通洋葱（AlliumcepaL.）是一种开放授粉的重要蔬菜作物,在洋葱品种的纯度鉴定中因其亲本保有一定程度的异质性,所以杂交种的纯度百分率难以确定。为了有效地控制杂交种的纯度质量,本研究从收集于各文献的89对引物中筛选出了12对具有多态性的引物,利用筛选出的12对SSR引物对39份洋葱种质进行分析,检测到47条多态性带,平均有效等位基因数为7.25。可变类平均法（Flexiblegrouplinkage）聚类分析表明,SSR标记可将39份洋葱划分为三大类,聚类分析结果与洋葱的自然属性是相符合的。同时发现这些标记在常规品种、亲本自交系内,甚至在杂种一代中都显示出很高的遗传异质性。为了促进和提升繁育品种质量鉴定的准确性,本研究所提出的SSR分子标记辅助育种方案,可通过选定的SSR位点纯和的原种田,制出杂交种。该方案能在选育的几个SSR位点检测出准确的杂交率,还可以有效地监测洋葱F1代杂交种的纯度质量,并且这个方案可以用于任何表现出严重的近交衰退的异花授粉作物的SSR标记分子纯度鉴定,为促进和提升繁育品种质量鉴定的准确性提供帮助。

简介：本课题组利用圭630/台湾粳的DH群体,建立了一个水稻RFLP连锁图.该图谱含175个标记,总长1224.6cM,相邻标记间平均距离为7.0cM.但该图标记分布不够均匀,存在较多空白区,且在第4和第8染色体上分别存在一个断点.本研究试图在原有RFLP图谱的基础上,添加一些SSR标记,以使该图谱标记更加密集和均匀,并消除两个断点.共筛选了361对RM引物,获得了183对多态标记,在12条染色体上共整合了57个RM标记,染色体连锁图总长度为1811.2cM,比原图谱增长了47.9%,相邻标记间平均距离为7.8cM,与原图谱相近.不过,两条染色体上的两个断点仍无法消除,暗示这两个断点区域多态性较低或重组率较高.

简介：本文通过两种方法提取红刺玫的基因组DNA，结果表明最适合的方法为磁珠法提取。以红刺玫基因组DNA为模板，优化SSR反应体系并确定反应条件，从22对SSR引物中筛选出扩增性强和稳定性好的有用引物12对；以有用引物进一步对红刺玫月季植物进行SSR，5对引物具有多态性，百分率为67～100％。该研究结果为红刺玫和月季亲缘关系分析、杂交亲本选择、以及杂交品系的鉴定奠定基础。

简介：一个直角的图案被用来作为模板优化SSR-PCR扩大系统usingPanax人参genomicDNA。五个因素(DNA模板，TaqDNApolymerase，Mg~(2+)，教材，和dNTP)和退火的温度的四个层次在thissystem独立被测试了。结果证明反应效率被这些因素影响。放大aginsengSSR地点的基于的在结果，一个马厩，生产、可再现的PCR系统和骑车的节目被获得：包含1.0UTaqDNA聚合酶的20μL系统，2.0mmol·L~(-1)Mg~(2+),0.2mmol·L~(-1)dNTPs，0.3μmol·L~(-1)SSR教材，60ng·μL~(-1)DNA模板，用94的一个程序表现了为5的℃min，为30s的94℃，为30s在56.3℃退火，为1min的72℃，37个周期，为7min在72℃完成，并且在4℃存储。

简介：对甜玉米自交系1132种子经过空间诱变的材料进行表型鉴定和自交繁殖,在SP2代植株发现穗行数、穗粗、穗轴粗和穗粒重等产量性状上出现变异的果穗,通过连续自交获得穗行数、粒深、穗粗比对照明显增大的稳定变异株系,其根系也明显发达。利用分布在10条染色体的198对引物对16份稳定变异株系的进行SSR多态性分析,发现32对引物存在多态性,变异座位在玉米基因组10条染色体均有分布,但在第3、第4、第8、第9等4条染色体的变异座位明显较多,占总变异座位的69.7%。

简介：国内外关于不同地域亚洲棉遗传多样性是否存在较大差异尚无详细报道。本研究对来源于印度、越南和中国（贵州,广西和云南等省）不同地域的102份亚洲棉进行了SSR遗传多样性分析。研究结果显示，26对SSR引物共检测到103条多态性条带，平均每对引物扩增出约3.96条多态性片段；SSR引物组合平均多态性信息含量、基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.59、0.2835和0.4361；不同地域的亚洲棉遗传多样性程度不同；UPGMA聚类分析和主成分分析结果基本一致，102份亚洲棉可以聚类到三个组，来源于云南的滇亚16号与其他种质遗传距离较远，单独归为一个组。研究结果表明，亚洲棉具有丰富的遗传多样性，不同地域的亚洲棉遗传多样性不同。

简介：从农业(USDA)米饭收集的美国部门的36个米饭条目的基因差异用103ILP(intron长度多型性)和54SSR(简单顺序重复)被估计标记。236和332等位基因的一个总数被ILP和SSR标记分别地检测。平均，SSR标记比ILP标记生产了更高的多型性信息内容价值和等位基因的数字。而Nei的基因距离测量了，使用SSR标记比用ILP标记测量了的高得多。壁炉架的测试显示有统计上重要的关联(r=0.827，P<0.001)在二个标记系统之间。基于ILP和SSR标记聚类的UPGMA导致了一致dendrograms。cophenetic关联系数(r=0.918，0.878和0.924，P<0.001为ILP，SSR和联合标记，分别地)证明高度精确的dendrogram在这些条目之中代表了基因距离。36个条目被划分成四个组。四非洲的Oryzaglaberrima就职在不同的组(I)以内被聚类，并且留下的条目被分开成三个组(II，III和IV)。所有条目能也被聚类进二个主要的组：一个人由III和IV组成，看作了indica组，并且其他人由构成我(O。glaberrima)并且II(像装饰用的梨树)。当indica组分享了混合祖先时，基于模型的簇分析表明像装饰用的梨树的组维持了很纯的祖先，特别为组III，它有七混合与组IV从19.5%～30.0%祖先分享(基于SSR标记)。ILP和SSR标记能为基因学习是很有用的并且在米饭繁殖，这被建议。

简介：利用SSR标记对22份果桑种质进行了基因组多态性分析,从20对引物中筛选出6对用于这些果桑种质的SSR扩增。结果是共扩增出60条DNA条带,其中A10引物多态性最好,有40条多态性带。单条引物扩增的条带数量范围为1~40条,平均10条。扩增产物长度分布在500~2000bp之前,大多集中在500~1500bp。利用VISIONWORKS软件进行Jaccard相似性系数分析,并通过非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析,建立亲缘关系图。22份果桑种质资源的遗传相似系数为0.25~0.68,其中种质8-奶油蜜和23-桂椹92L38遗传相似系数最大,为0.68;1-珍珠白和12-桂花蜜遗传相似系数最小,为0.25。在NG法测定下,在遗传相似系数为0.58处,22份果桑种质亲缘关系分为两个大类群。

简介：AllfactorsaffectingthePCRsysteminPinusmassonianaLambwereinvestigatedonebyone.TheresultsshowthattheoptimumPCRsystemofEST-SSRwere:2μL10×Buffer(Mg2+Free),30ngtemplateDNA,0.1875mmol/LdNTPs,3.75mmol/LMg2+,8pmolprimerpair,1.0UTaqDNApoly-meraseintotal20μLreactionsystem.Finally,atotalof11isolatesofP.massonianawasusedfortestingthestabilityofthePCRamplification.TheresultsprovethattheoptimumPCRsystemwasstable,reliable,highlyrepetitive.

简介：ToinvestigategeneticdiversitiesamongtheAAgenomeOryzaspeciesintheSoutheastandSouthAsia,atotalof428accessionsoftheAAgenomeOryzaspeciesweregenotypedusing36simplesequencerepeats(SSR)markersdistributedthroughoutthericegenome.Allofthe36SSRmarkersgeneratedpolymorphicbands,revealing100%polymorphism.Thenumberofallelesperlocusrangedfrom3to17withthemeanof8.6.TheNei’sgeneticdiversityindex(He)rangedfrom0.337atRM455to0.865atRM169withanaveragevalueof0.650.ThegeneticdiversityoftheAAgenomeOryzaspeciesintheSoutheastAsiawasobviouslyhigherthanthatintheSouthAsia.AmongthedetectedOryzaspeciesintheSouthandSoutheastAsia,O.rufipogonshowedthehighestgeneticdiversity.Meanwhile,ahighergeneticdifferentiation(Fst)wasfoundamongthedetectedOryzaspeciesintheSoutheastAsiathanintheSouthAsia.TheFstvaluebetweenO.nivaraandO.sativawasthehighest.Theresultsfromthenumberofspecificalleles,specificloci,andallelefrequencyconfirmedthegreatergeneticvariationamongthedetectedspecies.Inaddition,thespecificalleleinRM161displayedhigherfrequency(0.193),suggestingitsimportantfunctioninidentifyingOryzaspeciesofAAgenome.

简介：本研究利用SSR标记对15份葡萄种质进行了遗传多样性分析。从30对SSR引物中筛选出11对多态性引物,共扩增出107条带。每对引物可检测到等位位点数为4～22,多态率为75%～100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,15份葡萄种质的遗传相似系数在0.20～0.98,平均遗传相似系数为0.398。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.29处,15份葡萄材料可分为2大类群。第一类包含7份山葡萄资源,2个山欧杂交品种,第二类包含3个欧亚种品种、2个欧美杂种品种和1个美洲杂种品种。由此可见,山葡萄与欧亚种、美洲杂种的亲缘关系较远,欧亚种与美洲种之间亲缘关系较近。此外,引物Vmc9a2.1、VMC4F3、VMC4A1、Scu14vv分别在欧亚种‘无核白’、‘山葡萄雄株’（雄1-2,雄1-3）、山葡萄‘左山二’、山葡萄‘双丰’扩增出一条特性条带,这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据。

简介：辣椒资源遗传多样性丰富,育种的潜力大,本研究从分子水平研究不同种间辣椒种质资源的遗传多样性差异,为辣椒种质资源的收集、研究及合理利用提供参考。并首次利用基于辣椒全基因组编码区序列设计152对SSR辣椒基因组引物,用不同地理来源且性状差异显著的11个种（亚种）的24份辣椒种质资源对152对SSR引物进行筛选,从而获得条带清晰、稳定性好的41对SSR多态性引物,并利用NTSYS-pc2.10e和POPGENE32软件分析24份辣椒种质资源的遗传多样性数据。结果表明：41对SSR引物扩增出211个多态性条带,平均每对引物扩增出5.15个位点,说明SSR引物在辣椒遗传分析中有较高的实用性。有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、香农指数（Shannon-Weaver）（I）、多态信息含量（PIC）的均值结果分别为4.0861、0.4198、0.7247、1.4232、0.6654,表明辣椒遗传信息非常丰富。UPGMA方法聚类分析及主成分分析将24份辣椒聚为7类,结果基本与辣椒种类来源相符。

简介：为分析我国晒烟种质资源的遗传多样性,并构建晒烟种质资源的指纹图谱,本研究利用25对SSR标记对33份晒烟材料进行分析。结果表明,25对SSR引物共检测到112个等位基因,平均每个标记4.31个,观测杂合度（Ho）平均值为0.0028,预期杂合度（He）平均值为0.6039。Shannon’s信息指数I为1.1389,Nei’s多样性指数（H）为0.5693,33份晒烟种质资源的遗传多样性相对丰富。UPGMA聚类分析表明,在相似性系数0.345处,可将供试烟草资源分为两个类群。同时,利用25对引物构建了33个晒烟品种的指纹图谱,为晒烟品种鉴定体系的研究奠定理论基础。本研究可为我国晒烟种质资源的鉴定与利用、优异基因的挖掘、育种亲本材料的选择等提供科学依据。

简介：本研究对219份茄子种植资源进行耐涝性鉴定,获得了219份材料的耐涝表型数据。用196个SSR标记对219份茄子种质资源基因组进行扫描,分析219份茄子材料的群体结构及亲缘关系,并采用TASSEL软件的一般线性模型（GLM）方法对标记与性状进行关联分析。最终得到了219份茄子材料的群体结构、亲缘关系以及与茄子耐涝性紧密关联的27个分子标记,为茄子耐涝分子标记辅助育种提供一定参考。

简介：辣椒（CapsicumannuumL.）杂交种子纯度快速检测技术对于保证辣椒杂交品种种子生产具有重要的意义。红龙13号、红龙18号、红龙25号辣椒杂交种是新疆隆平红安生物科技有限责任公司选育并大面积栽培的主栽品种。为鉴定上述3个品种的纯度,本实验在特异性引物筛选的基础上,利用SSR标记技术对3个辣椒品种进行了种子纯度鉴定。结果表明,每个品种都有1对以上SSR引物可将其父本和母本分开,3个辣椒杂交种品种的纯度分别为95.35%、89.36%和95.25%。SSR分子标记方法可以准确鉴定辣椒杂交种纯度,且大大缩短纯度鉴定周期。

简介：微卫星标记（SSR）是分子育种中常用的遗传标记,葫芦科中仅有黄瓜、甜瓜、西瓜进行了大规模的SSR标记开发,其他作物均不同程度地面临SSR标记缺乏的情况。利用近源物种间分子标记具有一定的通用性,本研究合成源于黄瓜、甜瓜和西瓜的60对SSR标记,从中筛选出42对可用标记,对甜瓜、西瓜、黄瓜、南瓜、苦瓜、冬瓜、节瓜和丝瓜8种葫芦科作物进行验证,分析这三种瓜类SSR标记在葫芦科中的穿梭性。结果表明,42对标记中有29对（69%）能在8种常见葫芦科作物中都得到有效扩增,在5种及5种以上物种中有扩增的引物达到38对,占90.5%,表明这三种瓜类SSR标记在葫芦科作物中有良好的穿梭性,这为葫芦科中数目庞大的未测序作物提供一种切实可行、高效低成本的分子标记开发方法。

简介：鲫作为研究鱼类进化的独特材料,具有丰富的遗传多样性和多种不同倍性的亚种。采用一般线性回归模型（GLM）,对286个EST-SSR标记与鲫鱼自交F2代181尾个体的体长、体高及其比值进行单标记回归分析。Permutation检验（10000次）结果显示：共有53个标记分别与体长、体高及体长/体高具有显著相关性,其中与体长显著相关的标记有24个（P〈0.05）,极显著相关的标记有6个（P〈0.01）;与体高显著相关的标记有30个（P〈0.05）,极显著相关的标记有9个（P〈0.01）;与体长/体高显著相关的标记有23个（P〈0.05）,极显著相关的标记有9个（P〈0.01）。本研究获得的53个与3种性状相关的标记为分子辅助育种（MAS）提供了理论基础。

简介：为有效利用SSR-PCR技术分析国家一级重点保护植物银缕梅的遗传多样性,采用正交试验设计L16（43）,即3因素4水平,对影响SSR-PCR扩增结果的因素（引物,模板DNA浓度和循环数）进行优化筛选,并在此基础上对聚丙烯酰胺凝胶上样量进行优化,建立了适合银缕梅的最佳SSR-PCR反应体系：10μL2×PCRMix、40ng模板DNA、10μmol/L引物,其余用ddH_2O补齐至20μL。PCR扩增程序为：95℃预变性15min,95℃变性30s,57.5℃退火1.5min,72℃延伸1min,30个循环,循环结束后,60℃延伸30min,扩增产物4℃保存。聚丙烯酰胺凝胶电泳上样量以1.5~2.0μL为最佳。利用优化后体系进行引物筛选,从18对引物中筛选出11对具有多态性引物,说明该反应体系具有良好的稳定性。该体系的建立可以为今后利用SSR标记对银缕梅遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供基础。