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  • 简介:高通量测序技术的飞速发展让生物信息领域迎来了大数据时代。新技术在提供海量生物遗传信息的同时,也给分析这些数据带来了新的挑战。DNA序列比对是信息分析流程中的关键步骤,为后续的变异检测提供序列比对信息。2015"深圳杯"数学建模夏令营B题以DNA序列比对为研究课题,希望参赛学生给出序列快速比对的最佳方案。本文简要点评了各参赛队伍的解答情况,然后介绍了现有DNA序列比对软件中用到的算法和数据结构。

  • 标签: 字符串匹配 DNA序列比对 哈希算法 字典树 后缀数组 BWT压缩
  • 简介:DNA计算是近年来信息领域提出的一种全新的计算理念和模式,具有传统电子计算机不可比拟的优点。简要介绍了DNA计算的基本概念、特点、发展历程,4种基本的DNA计算模型及其应用,最后对DNA计算进行了展望。

  • 标签: DNA计算 粘贴系统 剪接系统 插入-删除系统
  • 简介:为二次的表格的所有类型,在几何序列和结果在1993和1997由Klapper介绍了的序列决心延长的最新定义的二次的表格之间跨关联。为计算的技术跨关联基于数由一张二次的表格和一个线性函数组成的方程的一个系统的解决方案的数字。

  • 标签: 有限域 二次型序列 几何序列 互相关性
  • 简介:ThebindingofCo(bpy)2dppz3+tocalfthymusDNAwasinvestigatedbyusingabsorptionandemissionspectroscopy,DNAmeltingtechniques,cyclicvoltammetry,viscosityandelectro-phoresismeasurements,wherebpyis2,2’-bipyridyl,dppzisdipyrido[3,2-o:2’,3’-c]phenazine.Thebindingcompoundshowsabsorptionhypochromicity,fluorescenceenhancement,andincreasingofDNAmeltingtemperatureandthespecificviscosity.CVmeasurementshowstheshiftsinoxidation-reductionpotentialandchangeinpeakcurrentwithadditionofDNA.ThecompoundisalsoshowntobemoreefficientphotosensitisersforstrandbreaksinplasmidDNA.

  • 标签: Cobalt (Ⅲ) COORDINATION compound CALF THYMUS
  • 简介:DNAcondensationisanimportantprocessinmanyfieldsincludinglifesciences,polymerphysics,andappliedtechnology.Inthenucleus,DNAiscondensedintochromosomes.Inpolymerphysics,DNAistreatedasasemi-flexiblemoleculeandapolyelectrolyte.Manyagents,includingmulti-valentcations,surfactants,andneutralpoorsolvents,cancauseDNAcondensation,alsoreferredtoascoil–globuletransition.Moreover,DNAcondensationhasbeenusedforextractionandgenedeliveryinappliedtechnology.ManyphysicaltheorieshavebeenpresentedtoelucidatethemechanismunderlyingDNAcondensation,includingthecounterioncorrelationtheory,theelectrostaticzippertheory,andthehydrationforcetheory.Recentlyseveralsingle-moleculestudieshavefocusedonDNAcondensation,sheddingnewlightonoldconcepts.Inthisdocument,themulti-fieldconceptsandtheoriesrelatedtoDNAcondensationareintroducedandclarifiedaswellastheadvancesandconsiderationsofsingle-moleculeDNAcondensationexperimentsareintroduced.

  • 标签: 脱氧核糖核酸 阳离子表面活性剂 场方法 高分子物理 缩合机理 DNA
  • 简介:TheeffectofCdionsonsalmonspermDNAwasstudiedbymeansofcirculardichroism(CD),Ramanspectroscopy,X-rayphotoelectronspectroscopy(XPS)andfluorescencespectroscopy.TheCDspectralandfluorescentprobe-acriflavineresultsindicatethattheDNAunderwentaconformationchangeupontheadditionofCdions.XPSandRamanstudiesrevealthatthereexistedinteractionsbetweenCdionsandthephosphategroupsoftheDNA.Inaddition,anewbandappearedat803cm-1intheRamanspectra,whichcanbeattributedtocharacterizing"marker"bandofA-DNA.ItisconcludedthatCdionscanbecoordinatedbythephosphategroupsoftheDNAandinducetheconformationchangesoftheDNAfromB-DNAtoA-DNA.

  • 标签: CD ion DNA RAMAN spectroscopy Conformation.
  • 简介:HydrolysisofDNAisanimportantenzymaticreaction,butitisexceedinglydifficulttomimicinthelaboratorybecauseofthestabilityofhydrolysisofDNA.Inthispaper,thecleavageactivityofcomplexesformedbetweenCu(Ⅱ)andfourdifferentaminoacidoraminoacidmethylesteronDNAisstudiedbygelelec-trophoresis.ItisfoundthatDNAcouldbecleavedbyCu(Ⅱ)-L-HisandCu(Ⅱ)-L-Hismethylestercomplexesandtheefficiencyofcleavageislargelydependentonthemetalion-to-ligandratio.FurtherexperimentsshowthatthecleavageofDNAmediatedbyCu(Ⅱ)-L-HiscomplexesoccursviaahydrolyticmechanismandtheactivechemicalspeciesthataffectsDNAcleavageisproposedtobeMI2H+andML2H22+.

  • 标签: Copper(Ⅱ) COMPLEXES DNA hydrolytic CLEAVAGE
  • 简介:针对数值计算中的乘法计算,通过编码特定的DNA分子,将所有计算中可能出现的DNA分子链设定为特殊结构的DNA分子库,建立数值乘法DNA计算的自装配模型。相对于已有的针对数值计算的DNA计算模型,这种计算模型的优点是采用了并行计算的方式,特别在计算位数比较多时,表现出DNA计算极度并行的优点,使计算更加有效。虽然讨论的是十进制数的乘法,但其方法也适用于任意的N进制乘法运算。

  • 标签: DNA计算模型 数值乘法 并行计算 DNA分子链 乘法库
  • 简介:AdoublehelixmodelofchargetransportinDNAmoleculeisgivenandthetransmissionspectraoffourDNAsequencesareobtained.ThecalculatedresultsshowthatthetransmissioncharacteristicsofDNAarenotonlyrelatedtothelongitudinaltransportbutalsotothetransversetransportofmolecule.Theperiodicsequencewiththesamecompositionhasstrongerconductionability.Withtheincreasingofbasescomposition,theconductiveabilityreduces,buttheweightofθdirectionrisesinchargetransfer.

  • 标签: 电荷运输 DNA分子 传输工具 物理
  • 简介:对赋Luxember范数或Orlicz范数的Orlicz型序列空间,诸如古典的、广义的及参数式的,本文总结、补充、比较列出了暴露点及暴露性的充分必要刻画,并对以往结果中的错误进行了修正,从而在序列空间方面系统地完成了有关暴露性的刻画。

  • 标签: N-函数 Orlicz-函数 Musielak-Orlicz-函数 序列空间 Luxember范数 ORLICZ范数
  • 简介:数据下传系统采用了直接序列扩频体制,中频实现了全数字化处理,具有较强的抗宽带干扰、多径干扰的能力。一般情况下,直接序列均使用PSK信号,而较少使用FSK或OOK。由通信原理可知,在FSK,PSK,OOK三种调制中,PSK信号是最佳调制信号,即在相同条件下误码率最小。本系统的调制方式为BPSK,采用差分BPSK信号避免产生相位模糊。

  • 标签: 直接序列扩频 机载数据下传系统 PSK信号 调制方式 相位模
  • 简介:用代数的方法证明了有关图度序列的几个不等式,并且得到了其相应的极图。

  • 标签: 度序列 极图 谱半径
  • 简介:n为非负整数序列,若存在以该序列为度序列的图,则称n为可图的,特别的,若此图是一个定向图,该序列则称为是定向可图的,本文提出了一个判断序列是否为定向可图的充分必要条件,并且在定理的证明过程中给出了一个在定理条件下构造所求定向图的有效算法。

  • 标签: 定向可图 度(偶)序列 定向图
  • 简介:Adetectionofanthracyclineantitumordrugdaunomycin(DNR)reactingwithDNAinsimulatemetabolisminvitrohasbeenmade.ItwasfoundthatDNRcouldreactwithDNAtoformDNR-DNAadducts.TheadductcompositionsofDNRwithfishspermDNAandthermallydenaturatedDNAweredetermined.TheequilibriumassociationconstantKofDNRwithfishspermDNAis1.98×10^5L/molandthatofDNRwithdenaturatedDNAis2.29×10^4L/mol.Semiquinonefreeradicals,metabolicproductsofDNR,candestroybothfishspermDNAanditsthermallydenaturatedDNA.ItisverifiedbyhyperchromiceffectincreaseobservedinUVspectrumandAFMexperiments.ThemechanismofDNAdegradationhasalsobeeninvestigated.Resultsobtainedallowonetoexplainthereasonofsideeffectofanthracyclinedrugandgivethewaytodepress,whichwereofclinicalsignificance.

  • 标签: 抗癌药物 道诺霉素 DNA 新陈代谢物 光谱化学分析