简介：摘要目的基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32～48岁)，采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4～14 d)、急性感染中期(伤后15～28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本，各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值，高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度，非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性，Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45，明显高于休克期的6.68±0.36(P<0.05或P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列，序列长度为415 bp左右，共获得1 209个OTU，所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期(Z值均为2.023，P<0.05)；出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期，Shannon指数明显高于急性感染早、中期(Z值均为2.023，P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高，与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示，大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期(Z＝3.326、2.570、2.690，P<0.05或P<0.01)，其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上，与休克期比较，急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低，变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高；上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异，休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高，成为这些时期新的优势科；出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱，急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强，休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。结论特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化，pH值升高，菌群种类及多样性减少，尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低，但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。

简介：摘要目的基于16S核糖体RNA（16S rRNA）高通量测序，探讨加味四君子汤对严重烫伤兔肠道菌群多样性的影响。方法采用实验研究方法。选取90只6~8个月龄雌雄不限日本大耳兔，按照随机数字表法分为正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组，每组18只。正常对照组兔自由饮食、饮水，单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组兔制作30%体表总面积Ⅲ度烫伤模型后分别给予生理盐水、0.2 g/mL加味四君子汤、1.0 g/mL加味四君子汤、5.0 g/mL加味四君子汤灌胃，持续给药7 d。于分组处理第1、3、7天，采用酶联免疫吸附测定法检测各组兔回肠黏膜组织中的肿瘤坏死因子α（TNF-α）、白细胞介素1β（IL-1β）、IL-10水平，各组每个时间点的样本数为6。根据前述实验结果，另外选取9只兔分为正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+中剂量组，每组3只，各组兔分组及处理方法同前。于分组处理第7天，采用高通量测序技术对3组兔回肠黏膜菌群的16S rRNA V3、V4区进行测序；采用QIIME软件统计菌群优质序列数目；使用RDP Classifier软件分析菌群的门、纲、目、科、属水平；采用Illumina MiSeq测序技术对菌群行α多样性（Ace、Chao1、Simpson、Shannon指数）和β多样性分析。对数据行析因设计方差分析、SNK检验及Bonferroni校正。结果与正常对照组相比，单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+中剂量组分组处理第1、3天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高（P<0.01），单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显升高（P<0.05或P<0.01），单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著降低（P<0.01）。与单纯烫伤组相比，烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第1天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（P<0.01），烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第1天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显降低（P<0.01），烫伤+低剂量组分组处理第7天和烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天以及烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著升高（P<0.05或P<0.01）。与烫伤+低剂量组相比，烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（P<0.01），烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均显著降低（P<0.05或P<0.01），烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著升高（P<0.05或P<0.01）。与烫伤+中剂量组相比，烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高（P<0.01），烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显降低（P<0.01），烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均显著降低（P<0.01）。与第1天比较，单纯烫伤组分组处理第3、7天以及正常对照组分组处理第3天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高（P<0.05或P<0.01），单纯烫伤组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显升高（P<0.01），烫伤+低剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天和烫伤中剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显升高（P<0.05或P<0.01）；烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第7天的兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（P<0.05或P<0.01），烫伤+中剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平明显降低（P<0.01），单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平明显降低（P<0.01）。与第3天比较，单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α、IL-1β水平及正常对照组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组和烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显升高（P<0.05或P<0.01），烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（P<0.05），烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显降低（P<0.05或P<0.01），单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平明显降低（P<0.01）。分组处理第7天，正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+中剂量组兔回肠黏膜中的菌群分别获96 023、107 365、95 921条优质序列。3组兔回肠黏膜中的菌群在门、纲、目、科、属的分类水平上均分别以拟杆菌门和厚壁菌门、梭菌纲和拟杆菌纲、梭菌目和拟杆菌目、瘤胃菌科和梭菌科及拟杆菌科、梭菌属和拟杆菌属及瘤胃菌属菌群为主，但各组菌群组成不同。3组兔回肠黏膜中菌群的Ace、Chao1、Simpson、Shannon指数均没有显著差异（P>0.05），β多样性无明显差异。结论严重烫伤后兔回肠黏膜炎症反应明显，并呈时间依赖性增加。加味四君子汤可减轻炎症反应，其治疗效果最佳质量浓度为1.0 g/mL。高通量测序法能够精准地反映肠道菌群的结构组成，加味四君子汤对严重烫伤后肠道菌群具有一定的调节作用。

简介：摘要核糖体是细胞内蛋白质合成的分子机器，对于各种正常细胞组织的生长发育起着至关重要的作用。越来越多的研究发现，核糖体在很大程度上影响着癌症的发生和发展。在核糖体蛋白(ribosome protein, RPs)和核糖体RNA(ribosome RNA, rRNA)水平以及和核糖体相互作用的蛋白水平上都观察到了核糖体的异质性，表明了特异化核糖体的存在。基于此，某些核糖体改变了蛋白质的表达程序，最终帮助实现癌前状态，这些核糖体被称之为"癌特异化"核糖体。文章回顾了核糖体的生物发生过程和癌症进展的关系，总结了rRNA和RPs在癌症进展中的作用机制。

简介：摘要由机体核糖体合成或功能障碍所导致的一组疾病称为核糖体病，多数为遗传性罕见病。其中，以造血衰竭为主要表现的核糖体病主要包括先天性纯红细胞再生障碍性贫血（Diamond-Blackfan anemia，DBA）、舒-戴综合征（Shwachma-Diamond syndrome，SDS）以及部分先天性角化不良（congenital dyskeratosis，DC）。由于该类疾病发病率低，临床异质性大，我国医师对其认识不够充分，此类疾病常被误诊、漏诊。本文从发病机制、临床特点及诊疗手段的角度，对核糖体异常相关造血衰竭疾病进行综述。

简介：摘要目的探讨脂多糖(LPS)刺激下NUFIP-1介导核糖体自噬在树突细胞(DCs)凋亡中的作用及意义。方法将培养的树突细胞系DC2.4分为空白对照组及LPS刺激6、12、24、48、72 h组(n=5)，LPS各亚组加入1 μg/mL LPS培养相应时间。采用Western blot检测各组细胞NUFIP-1及自噬相关蛋白p62和LC3B表达水平，激光共聚焦显微镜检测NUFIP-1在细胞中的表达与定位及其分别与Lyso-tracker、LC3B共定位情况。将载有沉默空载体NS及沉默慢病毒载体NUFIP-1 siRNA感染DC2.4 (n=3)，以1 μg/mL LPS刺激24 h，应用流式细胞分析术检测细胞凋亡情况，并采用Western blot检测凋亡相关蛋白包括胱天蛋白酶(cleaved-caspase-3)和Bcl-2表达水平。多组间比较采用单因素方差分析(one-way ANOVA)，采用LSD-t法进一步进行组间两两比较。以P<0.05为差异有统计学意义。结果Western blot结果提示，LPS刺激不同时间(6、12、24、48、72 h)后DC2.4中NUFIP-1蛋白表达水平呈现先升高后下降趋势，其中LPS 24 h组NUFIP-1表达水平显著高于空白对照组[空白对照组：(0.6786 ± 0.0820)；LPS 24 h组：(1.4830 ± 0.1170)，P<0.01]。同时，LPS 24 h组p62表达水平显著低于空白对照组[空白对照组：(0.9087 ± 0.1235)；LPS 24 h组：(0.3113 ± 0.5571)，P<0.01]。LPS 24 h组LC3B-I向LC3B-Ⅱ的转化显著高于空白对照组[空白对照组：(0.5542 ± 0.1248)；LPS 24 h组：(2.5310 ± 0.3119)，P<0.01]。激光共聚焦显微镜观察显示，NUFIP-1主要定位于细胞核及核周，LPS刺激后其荧光强度于6 h至24 h呈时间依赖性增强，而刺激48、72 h明显减弱。同时，NUFIP-1与Lyso-tracker及LC3B的共定位较空白对照组显著增强。采用慢病毒感染技术感染NUFIP-1 siRNA可显著下调DC2.4 NUFIP-1表达水平，与空白对照组及空载体组比较分析，差异有统计学意义[空白对照组：(0.6627 ± 0.1707)；空载体组：(0.6966 ± 0.1107)；siRNA组：(0.1428 ± 0.0296)，P<0.05]。流式细胞分析术显示，NUFIP-1 siRNA感染组在LPS刺激后较空白对照LPS 24 h组及空载体LPS 24 h组DC2.4凋亡率显著升高[空白对照LPS 24 h组：(47.91%±1.006%)；空载体LPS 24 h组：(70.26% ± 1.011%)；siRNA LPS 24 h组：(80.23% ± 2.094%)，P<0.01]。Western blot分析进一步证实，NUFIP-1 siRNA感染组相较空白对照组及空载体组在LPS刺激下DC2.4凋亡相关蛋白cleaved-caspase-3表达显著增强[空白对照LPS 24 h组：(0.4748 ± 0.0876)；空载体LPS 24 h组：(0.2849 ± 0.0418)；siRNA LPS 24 h组：(0.9733 ± 0.0525)，P<0.01]，抗凋亡蛋白Bcl-2表达则明显下调[空白对照LPS 24 h组：(0.7810 ± 0.0490)；空载体LPS 24 h组：(0.8292 ± 0.0729)；siRNA LPS 24 h组：(0.3957 ± 0.0838)，P<0.05]。结论LPS刺激后DC2.4中NUFIP-1介导核糖体自噬明显活化，且对DC2.4凋亡具有显著保护效应。

简介：AbstractObjective:To characterize and compare the microbiome signature in the maternal, intrauterine, and fetal environments and the associated bacterial species in women who experienced preterm birth and term birth.Methods:A total of 140 women with singleton pregnancies were enrolled in this study. Among them, 31 experienced spontaneous preterm delivery (gestational age < 37 weeks), and 28 of them experienced vaginal delivery at term. Maternal peripheral blood, saliva, and vaginal discharge samples and fetal membrane, amniotic fluid, and cord blood samples were collected immediately after delivery under sterile conditions. DNA was isolated from the fetal membrane and umbilical cord blood samples, and the V3-V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was sequenced. The sequence data were quality-filtered, chimera-checked, and organized into operational taxonomic units (OTUs) based on phylogeny. Principal coordinate analysis of beta diversity measures was used for visualization. The linear discriminant analysis effect size (LEfSe) algorithm and Wilcoxon test were used to differentiate the microbiomes found in the fetal membranes and cord blood in the cases of preterm birth.Results:OTU analysis based on the 16S rRNA gene showed similar microbiomes in the maternal peripheral blood, amniotic fluid, fetal membranes, and cord blood. However, the LEfSe algorithm revealed significantly different bacterial compositions in the fetal environment between the preterm and term groups, with some of the bacterial species originating from the maternal peripheral blood or saliva.Conclusions:The bacteria in the intrauterine and fetal environments may originate from other body sites through hematogenous transmission, and may cause the occurrence of preterm birth.

简介：摘要目的采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。结论16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

简介：摘要目的研究小核糖体核蛋白B（SNRPB）在肝癌组织及细胞中的表达情况，以及SNRPB对肝癌细胞增殖与转移的作用。方法通过生物信息数据库starBase v3.0和GEPIA分析SNRPB在肝癌组织和正常肝脏组织中的表达，并进行肝癌患者预后生存分析；qRT-PCR和蛋白质印迹法（Western blot）分析SNRPB mRNA和蛋白在肝癌细胞系中的表达；利用RNA干扰技术（siRNA）下调SNRPB蛋白的表达，通过MTT实验观察其对肝癌细胞增殖的作用；Transwell侵袭迁移实验检测下调SNRPB后肝癌细胞转移能力的变化；利用Western blot技术检测下调SNRPB表达后肝癌细胞上皮-间质转化（EMT）标志物的改变。数据两组间比较采用t检验，多组间比较采用方差分析。结果SNRPB在肝癌组织中的表达明显高于正常肝脏组织，且其表达水平并与肝癌患者预后相关。与永生化肝细胞LO2相比，SNRPB在肝癌细胞系中的表达显著升高（P值均< 0.01）。siRNA-SNRPB显著抑制肝癌细胞内SNRPB mRNA和蛋白表达。MTT结果显示SNRPB敲低组的吸光度值较阴性对照组降低，其中转染96 h的差值最显著（P值均< 0.01）。Transwell实验结果显示，与阴性对照组相比，SNRPB敲低组肝癌细胞的侵袭（MHCC-97H：121.27±8.12对比46.38±7.54；Huh7：126.50±6.98对比41.10±8.01）和迁移（MHCC-97H：125.20±4.77对比43.18±7.32；Huh7：132.22±8.21对比38.00±6.78）能力显著降低（P值均< 0.01）。Western blot显示下调SNRPB后上皮表型标志物E-钙黏蛋白表达水平下降，间质表型标志物N-钙黏蛋白和波形蛋白的表达水平上升,表明下调SNRPB抑制肝癌细胞EMT。结论SNRPB在肝癌组织及细胞中表达显著升高，并且参与调控肝癌细胞的增殖与转移及EMT。

简介：摘要目的通过16S rDNA测序技术探究脓毒症大鼠早期肠道微生态变化。方法将60只雄性SD大鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术（CLP）组和假手术组（Sham组），每组30只。CLP组采用CLP法制备脓毒症大鼠模型；Sham组只开腹但不进行盲肠结扎穿孔。术后24 h每组取8只大鼠肠道粪便及腹主动脉血，其余大鼠用于观察7 d存活情况。采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清肿瘤坏死因子-α（TNF-α）水平；对粪便样本进行16S rDNA测序，利用序列对比和聚类后获得的操作分类单元（OTU）信息进行多样性分析（α多样性和β多样性）、主坐标分析及线性判别分析效应量分析（LEfSe），观察脓毒症大鼠早期肠道微生态的变化并挖掘标志性菌群。结果制模后24 h，CLP组大鼠出现呼吸急促、毛发散乱等表现，且血清TNF-α水平较Sham组显著升高（ng/L：43.95±9.05比11.08±3.27，P<0.01）；制模后7 d，Sham组大鼠全部存活，而CLP组大鼠累积生存率仅31.82%。多样性分析显示，Sham组与CLP组α多样性指标比较差异无统计学意义〔物种数量（个）：520.00±52.15比492.25±86.61，Chao1丰富度估计量：707.25±65.69比668.93±96.50，Shannon指数：5.74±0.42比5.79±0.91，Simpson指数：0.93±0.03比0.94±0.05，均P>0.05〕；β多样性分析显示，无论是否根据OTU加权，组间差异均大于组内差异（丰度加权矩阵：R＝0.23，P＝0.04；丰度不加权矩阵：R＝0.32，P＝0.01）。门水平差异菌群分析显示，与Sham组相比，CLP组变形菌门和TM7菌门丰度显著升高〔18.100%（15.271%，26.665%）比6.974%（2.854%，9.764%），0.125%（0.027%，0.159%）%比0.018%（0.008%，0.021%），均P<0.05〕；在属水平上，CLP组螺杆菌属、钌杆菌属、颗粒链菌属、梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌的丰度较Sham组显著升高〔5.090%（1.812%，6.598%）比0.083%（0.034%，0.198%），0.244%（0.116%，0.330%）比0.016%（0.008%，0.029%），0.006%（0.003%，0.010%）比0.001%（0%，0.003%），0.094%（0.035%，0.430%）比0.007%（0.003%，0.030%），均P<0.05〕，而拟普雷沃菌属、罗姆布茨菌属等益生菌的丰度较Sham组显著降低〔7.345%（3.662%，11.546%）比22.504%（14.403%，26.928%），0.113%（0.047%，0.196%）比1.229%（0.809%，2.290%），均P<0.01〕。LEfSe分析结果显示，厚壁菌门所属益生菌在Sham组显著富集，罗姆布茨菌是富集最显著的菌种；而螺杆菌属、颗粒链球菌属和梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌在CLP组显著富集，螺杆菌_NGSU_2015为富集最显著的菌种。结论脓毒症早期大鼠肠道微生态结构显著改变，主要表现为拟普雷沃菌属等益生菌丰度显著降低，螺杆菌属等机会致病菌丰度显著升高。

简介：摘要目的对高尿酸血症(hyperuricemia，HUA)患者和健康对照人群的肠道菌群特征进行差异性分析，探索肠道菌群与高尿酸之间的相关性。方法在中国人民解放军战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募63名成年志愿者，其中HUA患者25例，健康对照人群38例，采集他们的粪便样本，通过使用全长16S rRNA测序技术，对所有受试者粪便样本进行分析，研究不同尿酸水平人群的肠道菌群构成特征。结果HUA组与健康对照组肠道菌群的整体组成存在差异，α多样性指数在HUA组明显降低，β多样性分析可以看出两组间存在明显差异。在菌群组成上，HUA组表现为拟杆菌门增多，厚壁菌门降低。通过LEfSe差异分析，发现HUA组具有独特的菌群结构，以普拉梭菌(Faecalibacterium prausnitzii)为代表的多种短链脂肪酸(SCFAs)产生菌明显降低；唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、Fusobacterium hwasookii、Flavonifractor plautii、黏液分枝杆菌(Mycobacterium mucogenicum B)、Blautia sp003287895在HUA组明显升高。此外，通过PICRUSt2功能基因预测发现HUA组人群肠道菌群短链脂肪酸合成途径等相关代谢降低，与特有的菌群结构一致。结论HUA人群与健康对照人群比较，存在特有的肠道菌群构成和代谢特征。

简介：摘要目的构建一种能够验证内部核糖体进入位点的双荧光素酶报告载体，为验证内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site, IRES)活性提供了方法。方法以双荧光素酶报告基因载体psiCHECK-2为基础，将发卡结构插入到海肾荧光素酶(R-Luc)基因与萤火虫荧光素酶(F-Luc)基因之间，构建载体psiCHECK-IRES。为了验证载体是否有效，通过同源重组技术将Encephalomyocarditis virus(EMCV)的IRES序列插入到psiCHECK-IRES载体的发卡结构与F-Luc之间，形成载体psiCHECK-IRES-EMCV。以psiCHECK-2质粒做模板建立F-Luc与R-Luc的扩增标准曲线。将psiCHECK-IRES与psiCHECK-IRES-EMCV质粒转染BHK-21细胞，利用RT-qPCR检测F-Luc与R-Luc的拷贝数；将psiCHECK-IRES与psiCHECK-IRES-EMCV质粒分别转染BHK-21细胞，24 h后利用双荧光素酶报告基因检测系统检测荧光素酶活性。结果经过测序证实带有发卡样结构的双荧光素酶表达载体psiCHECK-IRES的载体序列。RT-qPCR结果显示F-Luc与R-Luc mRNA的拷贝数大致相同，证明未出现异常的单顺反子转录本，避免F-Luc读数出现假阳性；插入EMCV IRES的psiCHECK-IRES-EMCV载体表达的F-Luc/R-Luc比值是空载体的53.35倍，证明EMCV的IRES序列能够在构建的载体上起始F-Luc基因的表达。结论本研究构建了可用于验证病毒或者细胞依赖IRES表达的双荧光素酶报告载体psiCHECK-IRES。

简介：摘要目的基于健康老年人群的肠道菌群组成特征，探索宏基因组测序与16S rDNA测序在后续分析上的差异。方法采用定群研究设计，对山东济南76名健康老年人进行5次重复测量，采集粪便样本并提取基因组DNA，分别进行宏基因组与16S rDNA测序，比较两种测序肠道菌群的组成与多样性；采用Pearson相关分析物种丰度与α多样性的相关性，普氏分析判断β多样性的相关性。结果76名老年人年龄（65.07±2.75）岁，体重指数为（25.03±2.40）kg/m2；男、女各38名；5次重复测量共得到345人次的粪便样品。相较于16Sr DNA测序，宏基因组测序在各个水平的注释物种数更多，且水平越低，两种测序物种数量相差越大；两种测序的物种丰度存在差异，但在门（r=0.88，P<0.001）、属（r=0.77，P<0.001）水平上物种丰度呈高度相关，其中拟杆菌门、厚壁菌门等是共同的优势物种；老年人肠道菌群多样性分析显示，两种测序的α多样性指数存在显著正相关（r=0.70，P<0.001），两组β多样性也呈显著相关（M2=0.84，P<0.05）；结论宏基因组测序注释效率远高于16S rDNA测序；两种测序方法在门水平物种丰度、物种α多样性上具有较高的一致性。

简介：摘要目的探讨作为结肠癌癌前病变的结肠腺瘤性息肉（CAP）中肠道菌群的改变特征。方法随机收集2017年11月至2018年4月在昆明医科大学第一附属医院进行结肠镜检查的结肠腺瘤性息肉患者（CAP组）30例和无腺瘤息肉的健康个体（HC组）30名。通过内镜下电凝电切治疗，收集CAP患者的腺瘤组织和健康志愿者（HC）的肠黏膜组织，提取基因组DNA，对细菌16S rRNA基因V3~V4区进行扩增，通过Illumina MiSeq平台进行序列测定，实验结果使用秩和检验（Wilcoxon检验）进行比较法分析。结果CAP患者的腺瘤组织中肠道菌群α多样性高于健康肠黏膜组织（Chao指数、Ace指数P<0.01）。门水平分析中，CAP组中拟杆菌门（FC=0.38）的丰度显著降低（P<0.01）；属水平分析中，拟杆菌属（FC=0.32）、埃希菌属（FC=0.57）、瘤胃球菌属（FC=0.42）、Blautia（FC=0.27）、Dorea（FC=0.57）在CAP组中丰度降低（P<0.05）；假单胞菌属（FC=2.43）、乳球菌（FC=2.84）、土芽孢杆菌属（FC=2.07）和不动杆菌属（FC=2.36）丰度升高（P<0.05）。结论与HC肠黏膜组织相比，CAP患者腺瘤组织中菌群的丰度和多样性存在显著的差异，表明腺瘤性息肉患者黏膜中菌群存在失衡现象。这种肠道微环境的失衡，对研究结肠腺瘤性息肉的发生和发展具有重要意义。

简介：摘要目的研究成年寻常型银屑病患者和健康人群之间肠道微生物的差异。方法采集2017年9月至2018年2月于中国医学科学院皮肤病医院确诊的22例寻常型银屑病患者和23例健康对照者粪便样本，提取肠道菌群总DNA扩增，并采用二代16S rRNA基因靶向测序技术测序，分析菌群多样性及菌群分布。对照Silva数据库进行物种注释及分类，采用秩和检验分析各层级样本物种差异；采用QIIME软件（Version 1.9.1）计算OTU数目及α多样性主要指数（Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数），t检验分析指数差异；PCoA分析反映样本β多样性差异，置换多元方差分析两组群落组成结构差异；秩和检验及LEfSe分析评估物种差异。结果银屑病组OTU数目（147.55 ± 57.07）与健康对照组（148.96 ± 50.45）比较，差异无统计学意义（t = 0.088，P = 0.930）。银屑病组Shannon指数（4.08 ± 0.80）、Chao1指数（169.52 ± 63.17）、Simpson指数（0.87 ± 0.07）与健康对照组（分别为4.11 ± 0.94、175.36 ± 53.59、0.86 ± 0.90）比较，差异均无统计学意义（t = 0.12、0.34、0.27，均P > 0.05）。PCoA分析银屑病组与健康对照组的第一主成分差异为49.8%，第二主成分差异为15.62%，置换多元方差分析显示两组间β多样性差异有统计学意义（P = 0.011）。银屑病组与健康对照组有差异的菌群包括在银屑病组中显著升高的厚壁菌门、梭菌纲、梭菌目，丹毒丝菌目、丹毒丝菌科，健康对照组中显著升高的艾普西隆变形杆菌纲、弯曲杆菌目、弯曲杆菌科、弯曲杆菌属，拟杆菌目、拟杆菌科。结论寻常型银屑病患者与健康人的肠道菌群存在一定差异，肠道菌群有可能成为寻常型银屑病的潜在生物标志物。

简介：摘要目的探索肠道菌群与血清二胺氧化酶(diamine oxidase，DAO)水平之间的相关性，对DAO高水平(DAO-H)人群和正常人群的肠道菌群特征进行差异性分析。方法在战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募62名成年志愿者，其中DAO-H人群31名，正常人群31名，采集粪便样本，通过使用16S rRNA全长基因测序技术，对所有受试者粪便样本进行分析，研究不同DAO水平人群的肠道菌群构成特征。结果DAO-H人群肠道菌群α多样性与正常人群差异无统计学意义，但是菌群结构和功能改变：共生细菌减少，如Phocaeicola、拟杆菌科细菌等；潜在致病菌增加，如肺炎克雷伯菌。DAO-H组的菌群代谢发生变化，菌群鞘脂代谢水平降低，万古霉素类抗生素生物合成(biosynthesis of vancomycin group antibiotics)、叶酸一碳库(one carbon pool by folate)、萜类骨架生物合成(terpenoid backbone biosynthesis)、细胞周期-Caulobacter(cell cycle-Caulobacter)、蛋白质输出(protein export)、碱基切除修复(base excision repair)、氮代谢(nitrogen metabolism)水平较正常组升高。结论血清中DAO-H人群与正常人群比较，存在特有的肠道菌群构成与菌群代谢特征。

简介：摘要目的探讨五肽重复结构域3(PTCD3)在前列腺癌(PCa)中的表达及其临床意义。方法下载癌症基因组图谱数据库PCa数据集，利用R语言包"ggsignif"、"survival"、"clusterProfiler"和"GSVA"分析PTCD3在PCa组织中的表达量及其与PCa患者临床特征和生存预后以及其发挥作用的相关机制；构建干扰PTCD3表达的PCa细胞株DU145，分别为空白组(DU145 si-NC)和干扰组(DU145 si-PTCD3)，利用细胞增殖-毒性检测试剂盒、细胞体外侵袭实验和海马实验检测细胞的增殖、侵袭能力和线粒体功能。组间分析采用独立样本t检验。结果PTCD3在PCa组织表达增多(PCa比良性前列腺为2.546±0.306比2.443±0.236，P<0.01)。PTCD3在PCa组织中的高表达与高Gleason评分(Gleason评分≥8分比Gleason评分<8分为2.631±0.324比2.485±0.277，P<0.01)，肿瘤转移(转移比非转移为2.637±0.356比2.526±0.291，P<0.01)和高临床分期(≥T3A比<T3A为2.570±0.311比2.502±0.286，P<0.05)有关。高表达PTCD3的PCa患者总生存期[风险比(HR)＝0.233，P<0.05]和无疾病进展生存期更短(HR＝0.526，P<0.01)。PTCD3相关的生物学进程为细胞器裂变，参与组成浓缩的染色体，调控腺苷三磷酸酶活性。PTCD3高表达相关基因主要富集的信号通路为G2M检测点和E2F靶点；低表达相关基因主要富集在活性氧通路和异生物质代谢相关通路。成功构建低表达PTCD3的DU145细胞株。沉默PTCD3后，DU145细胞的增殖(si-PTCD3比si-NC为1.267±0.037比2.057±0.069，t＝22.480，P<0.01)和侵袭能力(si-PTCD3比si-NC为323.700±28.150比709.300±81.220，t＝7.771，P<0.01)减弱；基础呼吸率[si-PTCD3比si-NC为(27.230±6.328) pmol/min比(50.010±4.134) pmol/min，t＝5.221，P<0.01]、ATP相关呼吸率[si-PTCD3比si-NC为(20.510±4.542) pmol/min比(43.000±2.109) pmol/min，t＝7.778，P<0.01]和最大呼吸率均下降[si-PTCD3比si-NC为(30.020±5.273) pmol/min比(60.070±4.364) pmol/min，t＝7.602，P<0.01]。上述结果差异均有统计学意义。结论PTCD3在PCa组织中表达升高，高表达PTCD3提示患者预后不佳，PTCD3可能参与调控PCa细胞线粒体的氧化磷酸化活性以及细胞分裂的生物学进程，进而调控PCa的进展。

简介：摘要目的比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本，提取甲屑菌群总DNA，以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区（ITS）作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序，对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析，采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析，采用相似性分析（Anosim）进行β多样性分析，采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果入组甲真菌病患者31例，男16例，女15例，按年龄分青年组（18 ~ 35岁）10例，中年组（36 ~ 60岁）11例，老年组（大于60岁）10例。α多样性分析显示，病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组（W = 290，P = 0.007），而Simpson指数明显高于健康甲组（W = 663，P = 0.010），病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组，病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示，基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义（细菌菌群：R = 0.0052，P = 0.331；真菌菌群：R = 0.0036，P = 0.337）；基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义（均P = 0.001）。在物种组成上，病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属，而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌，而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。结论甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异，真菌菌群仅丰度存在一定的差异，其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。

简介：摘要目的观察有氧运动对非酒精性脂肪肝大鼠肝组织雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、核糖体蛋白S6激酶1(S6K1)、固醇调节元件结合蛋白1c(SREBP-1c)表达的影响。方法选取健康雄性SD大鼠30只，按随机数字表法分为正常组、模型组和运动组。正常组喂食基础饲料，模型组和运动组均喂食高脂饲料，运动组大鼠进行12周跑台训练。3组大鼠均于实验12周后取材，肝脏称重，并进行肝组织苏木精-伊红(HE)染色观察和肝组织炎症活动度评分，同时测定血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、游离脂肪酸(FFA)、谷草转氨酶(AST)和谷丙转苷酶(ALT)含量的变化，采用免疫印迹方法检测肝组织mTOR、S6K1、SREBP-1c蛋白的表达。结果正常组大鼠肝脏组织形态学基本正常，肝索排列整齐，肝小叶结构完整清晰，未见脂肪变性及炎症细胞浸润；模型组大鼠可见弥漫性肝细胞脂肪变性，肝索紊乱，炎性细胞浸润；运动组大鼠肝索排列较模型组整齐，肝细胞脂滴明显减少，炎症细胞浸润减轻。运动组大鼠肝组织炎症活动度评分显著低于模型组(P<0.01)；模型组大鼠血清TC、TG、FFA、ALT、AST水平均显著高于正常组(P<0.01)；运动组大鼠血清TC、TG、FFA、ALT、AST水平均显著低于模型组(P<0.01)。模型组大鼠肝组织mTOR、S6K1、SREBP-1c的蛋白表达分别(1.12±0.24)、(1.34±0.35)、(0.84±0.12)，均显著高于正常组(P<0.01)；运动组大鼠肝组织mTOR、S6K1、SREBP-1c的蛋白表达分别为(0.54±0.18)、(0.61±0.21)、(0.41±0.15)，均显著低于模型组(P<0.01)。结论有氧运动可以发挥防治非酒精性脂肪肝的作用，其机制可能与mTOR/S6K1/SREBP-1c信号通路的抑制相关。

简介：摘要目的基于16S rRNA基因测序技术分析成人隐匿性自身免疫糖尿病（LADA）患者肠道菌群的特征。方法本研究为病例对照研究。选取2019年9月到2020年10月就诊于山西省长治医学院附属和济医院内分泌科的LADA及2型糖尿病（T2DM）患者作为研究对象，并从该院体检中心同期体检的人群中选取健康人群作为正常对照（NCP）者。收集研究对象谷氨酸脱羧酶抗体（GADA）、蛋白酪氨酸磷酸酶2抗体（IA-2A）等，收集研究对象粪便16S rRNA基因序列。使用微生物组分析软件QIIME（version 1.8.0）分析反映肠道菌群丰富性和多样性的alpha多样性指标和反映组间结构相似性的Beta多样性指标，采用t检验或单因素方差分析、Mann‐Whitney U检验或Kruskal-Wallis H检验、χ2检验进行组间比较，基于PICRUST分析微生物功能基因和代谢预测途径的变化特征，采用Spearman相关性分析法分析肠道菌群与各生化及免疫指标的相关性。结果共纳入42例研究对象，NCP组14名，T2DM组14例，LADA组14例。3组间的alpha多样性指数差异均无统计学意义（P>0.05），Beta多样性差异有统计学意义（P<0.05）。与NCP组相比，LADA组的短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属（Lac_Lachnospira）、罗氏菌属（Lac_Roseburia）、瘤胃球菌属（毛螺菌科）［Lac（Ruminococcus）］均降低（P<0.05），与T2DM组相比，LADA组的瘤胃球菌属（毛螺菌科）降低（P<0.05）。与NCP组相比，LADA组的苯丙氨酸合成、初级胆汁酸生物合成、次级胆汁酸生物合成等代谢预测功能途径降低（P<0.05）。Spearman相关性分析结果显示，GADA抗体滴度与瘤胃球菌属（毛螺菌科）呈负相关（r=-0.44），与普雷沃菌属（r=0.38）、小类杆菌属（r=0.34）、瘤胃球菌属（瘤胃球菌科）（r=0.53）均呈正相关（均P<0.05）；IA-2A抗体滴度与巨球菌属呈正相关（r=0.13，P<0.05）。结论LADA患者存在较为特异的肠道微生物群结构，并伴随着短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属、罗氏菌属和瘤胃球菌属（毛螺菌科）的减少，以及苯丙氨酸合成、胆汁酸生物合成等重要的生物功能基因和代谢预测途径的降低。此外，LADA患者胰岛自身抗体与瘤胃球菌属（毛螺菌科）、普雷沃菌属和小类杆菌属等菌属具有相关性。

简介：摘要目的探索对细菌16S rRNA区域和真菌内源转录间隔区(ITS)二代测序技术(NGS)在肾移植受者泌尿系感染(UTI)病原微生物检测中的应用价值。方法收集2017年1月至2019年12月在南方医科大学附属南方医院就诊的90例肾移植受者UTI中段尿标本，对同一份样本分别进行NGS微生物检测和传统尿培养，比较两者病原学检测结果。结果90例样本中，有21例样本因培养出3种及以上微生物而考虑被污染；余69例样本中，16S rRNA基因测序结果阳性36例(52.17%)，尿细菌培养检测阳性25例(36.23%)，两者比较差异有统计学意义(P<0.05)；ITS基因测序结果阳性34例(49.28%)，尿真菌培养检测阳性4例(5.80%)，两者比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论对于肾移植受者UTI的中段尿样本，NGS技术较尿微生物培养有更高的细菌和真菌检出率。随着NGS检测费用的降低，传统尿培养和NGS微生物检测技术的结合可以提高病原微生物的检出率和准确性，更好地进行移植受者泌尿系感染的个体化治疗。