简介：Microarraydataareoftenextremelyasymmetricindimensionality,suchasthousandsoreventensofthousandsofgenesbutonlyafewhundredsofsamplesorless.Suchextremeasymmetrybetweenthedimensionalityofgenesandsamplescanleadtoinaccuratediagnosisofdiseaseinclinic.Therefore,ithasbeenshownthatselectingasmallsetofmarkergenescanleadtoimprovedclassificationaccuracy.Inthispaper,asimplemodifiedantcolonyoptimization(ACO)algorithmisproposedtoselecttumor-relatedmarkergenes,andsupportvectormachine(SVM)isusedasclassifiertoevaluatetheperformanceoftheextractedgenesubset.Experimentalresultsonseveralbenchmarktumormicroarraydatasetsshowedthattheproposedapproachproducesbetterrecognitionwithfewermarkergenesthanmanyothermethods.IthasbeendemonstratedthatthemodifiedACOisausefultoolforselectingmarkergenesandmininghighdimensiondata.

简介：Humantumornecrosisfactorα(hTNFα),apleiotropiccytokinewithactivitiesrangingfromhostdefensemechanismsininfectionandinjurytoseveretoxicityinsepticshockorotherrelateddiseases,isapromisingtargetfordrugscreening.UsingtheSELEX(systematicevolutionofligandsbyexponentialenrichment)process,weisolatedoligonucleotideligands(aptamers)withhighaffinitiesforhTNFα.Aptamerswereselectedfromastartingpoolof40randomizedsequencescomposedofabout1015RNAmolecules.RepresentativeaptamersweretruncatedtotheminimallengthwithhighaffinityforhTNFαandwerefurthermodifiedbyreplacementof2'-OHwith2'-Fand2'-NH2atallribopurinepositions.ThesemodifiedRNAaptamerswereresistanttonuclease.ThespecificityoftheseaptamersforhTNFαwasconfirmed,andtheiractivitytoinhibitthecytotoxicityofhTNFαonmouseL929cellswasdetermined.Resultsdemonstratedthatfour2'-NH2-modifiedaptamersboundtohTNFαwithhighaffinityandblockedthebindingofhTNFαtoitsreceptor,thusprotectingtheL929cellsfromthecytotoxicityofhTNFα.OligonucleotideaptamersdescribedherearepotentialtherapeuticsanddiagnosticsforhTNFc-relateddiseases.

简介：单个核苷酸多型性(SNP)是决定任何二个无关的个人之间的差别的基因变化。各种各样的人口组能用SNP与对方被区分开来。例如，HapMap数据集与大约1000万SNP有四个人口组。为人的进化，种族变化，和人口赋值上的更多的卓见，我们建议发现哪个SNP在决定人口组是重要的然后作为输入特征用这些相关SNP分类不同人口。在这研究，我们开发了评价措施的修改t测试并且把它用于HapMap遗传型数据。第一，我们为赋值包括F统计和增进知识的海角与另外的特征重要性措施比较评价所有SNP。第二，我们作为输入选择最高度评价的SNP的不同数字到一个分类器，例如支持向量机器，以便发现最好的特征相应于最好的分类精确性的子集。试验性的结果证明建议方法在发现在决定人口组是重要的SNP是很有效的，与减少的计算负担和更好的分类精确性。

简介：高原一种短耳野兔(Ochotonacurzoniae)的一个充实microsatellite的图书馆根据与biotin和streptavidin的强壮的亲密关系被构造。第一，genomicDNA被ultrasonication碎裂，它是在传统的方法上的主要改进。绑扎连接器的DNA碎片是有biotinylatedmicrosatellite探针的hybridized，然后受到streptavidin涂的磁性的祷告。PCR扩大被执行获得包含microsatellites的双strandedDNA碎片。结扎和转变被使用pGEM-T向量系统执行我和EscherichiacoliDH10B能干的房间。定序结果证明80.2%克隆包含了microsatellite重复主题。几修正使这个协议比传统的时间有效、技术上容易；特别地，在高原一种短耳野兔染色体的作文和相对许多microsatellite重复真正通过优化PCR条件被代表。这个方法成功地也被使用了构造中国仓鼠(Cricetulusgriseus)的充实microsatellite的genomic图书馆，表明它的可行性和稳定性并且小鲍鱼[Haliotisdiversicolor(穿)]与积极克隆的高率。