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  • 简介:摘要诺如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一,极易突变和重组,型别众多。研究早期采用VP1区氨基酸序列对诺如病毒进行及鉴定。由于处在或接近聚合酶和衣壳区的重叠区为重组发生的热点区域,因此国际上提出使用聚合酶和衣壳区的双区域系统。目前基于2 s标准的双区域方法,聚合酶区可分为10个基因组及76种基因,包括2个暂定基因组及16种暂定基因,VP1可分为12个基因组及53种基因,包括2个暂定基因组及5种暂定基因。暂定基因组和基因有待进一步型别鉴定和基因组划分。本文对诺如病毒分子特征、不同分方法的原理、序列扩增方法、在线工具及最新的基因研究进展进行综述。

  • 标签: 诺如病毒 基因分型 聚合酶区 衣壳区
  • 简介:摘要目的对2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒全长基因组进行系统进化分析。方法收集2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒毒株,采用一步法RT-PCR对基因组全长进行分段扩增,应用BioEdit软件分析核苷酸相似性和氨基酸变异情况,采用BEAST软件分别构建衣壳蛋白(major capsid protein,VP1)区和RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)区全长序列的贝叶斯进化树,结合流行病学资料对毒株进化特征进行分析。结果测得44个毒株的全基因组序列,其VP1和RdRp基因一致。进化分析显示北京市2017年5月以后毒株形成新亚群并分为两个分支,分别以2017—2018年和2018—2019年毒株为主。该亚群毒株在VP1区均存在Val256Ile点突变,但RdRp区没有发现氨基酸变异位点。流行病学数据表明,北京市GII.2[P16]诺如病毒从2016年10月输入,2017年3月至6月为暴发高峰,2017年7月以后暴发数量明显降低,但2018年底暴发又有所增加。结论北京市GII.2[P16]诺如病毒新变异株2017年5月之后基因特征有所改变,暴发强度降低,但仍具有传播风险。

  • 标签: 诺如病毒 全基因组 进化分析